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万見
- PDB-7unb: Crystal structure of malaria transmission-blocking antigen Pfs48/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7unb
タイトルCrystal structure of malaria transmission-blocking antigen Pfs48/45-6C variant in complex with human antibodies RUPA-117 and RUPA-47
要素
  • (RUPA-117 Fab ...) x 2
  • Gametocyte surface protein P45/48
  • RUPA-47 Fab heavy chain
  • RUPA-47 Fab kappa chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pfs48/45 / human transmission-blocking antibodies / Plasmodium falciparum / Malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gametocyte surface protein P45/48
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Hailemariam, S. / McLeod, B. / Julien, J.-P.
資金援助 米国, カナダ, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI148557-01A1 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1156262 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)428410 カナダ
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1179906 米国
CIFAR Azrieli Global Scholars カナダ
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Vaccination with a structure-based stabilized version of malarial antigen Pfs48/45 elicits ultra-potent transmission-blocking antibody responses.
著者: McLeod, B. / Mabrouk, M.T. / Miura, K. / Ravichandran, R. / Kephart, S. / Hailemariam, S. / Pham, T.P. / Semesi, A. / Kucharska, I. / Kundu, P. / Huang, W.C. / Johnson, M. / Blackstone, A. / ...著者: McLeod, B. / Mabrouk, M.T. / Miura, K. / Ravichandran, R. / Kephart, S. / Hailemariam, S. / Pham, T.P. / Semesi, A. / Kucharska, I. / Kundu, P. / Huang, W.C. / Johnson, M. / Blackstone, A. / Pettie, D. / Murphy, M. / Kraft, J.C. / Leaf, E.M. / Jiao, Y. / van de Vegte-Bolmer, M. / van Gemert, G.J. / Ramjith, J. / King, C.R. / MacGill, R.S. / Wu, Y. / Lee, K.K. / Jore, M.M. / King, N.P. / Lovell, J.F. / Julien, J.P.
履歴
登録2022年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RUPA-47 Fab kappa chain
R: Gametocyte surface protein P45/48
E: RUPA-117 Fab kappa chain
H: RUPA-47 Fab heavy chain
F: RUPA-117 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7296
ポリマ－111,5085
非ポリマー2211
水10,701594
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.669, 127.160, 132.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 LEHF

#1: 抗体 RUPA-47 Fab kappa chain


分子量: 23490.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): epithelial / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic kidney
#3: 抗体 RUPA-117 Fab kappa chain


分子量: 23523.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): epithelial / 細胞株 (発現宿主): 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic kidney
#4: 抗体 RUPA-47 Fab heavy chain


分子量: 23725.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): epithelial / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic kidney
#5: 抗体 RUPA-117 Fab heavy chain


分子量: 24253.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): epithelial / 細胞株 (発現宿主): 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic kidney

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タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 596分子 R

#2: タンパク質 Gametocyte surface protein P45/48


分子量: 16515.447 Da / 分子数: 1 / Mutation: G397L, H308Y, and I402V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF45/48, PFS45-48, PFS45/48, PF13_0247, PF3D7_1346700
Cell (発現宿主): epithelial / 細胞株 (発現宿主): 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic kidney / 参照: UniProt: Q8I6T1
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) polyethylene glycol 3350, and 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→29.43 Å / Num. obs: 65804 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.18→2.21 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2596 / CC1/2: 0.603 / Rpim(I) all: 0.281 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17.1-3660精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GHG for RUPA-47; unpublished in-house structure for other components

6ghg


解像度: 2.18→29.43 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 2006 3.05 %
Rwork0.178 63715 -
obs0.1798 65721 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.08 Å2 / Biso mean: 33.1884 Å2 / Biso min: 6.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7730 0 14 594 8338
Biso mean--63.25 36.42 -
残基数----1017
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.18-2.230.3411420.265445134655
2.23-2.290.28521420.249344874629
2.29-2.360.2891340.229544784612
2.36-2.440.31351510.2244884639
2.44-2.530.25661370.211345184655
2.53-2.630.28481430.210745154658
2.63-2.750.26871440.207244934637
2.75-2.890.25851410.204645264667
2.89-3.070.23031450.18745494694
3.07-3.310.20721350.175345484683
3.31-3.640.22591440.164645564700
3.64-4.170.21421500.149945944744
4.17-5.240.16761460.126946494795
5.25-29.430.19071520.168948014953
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9781.0945-0.19552.8748-0.07730.18820.03080.08530.22140.1490.04440.0865-0.09210.032-0.07230.22290.00530.00870.28190.00750.2536-7.35827.31519.712
20.29520.263-0.27730.4189-0.26950.5236-0.05660.04350.0301-0.05810.052-0.02230.0651-0.00450.01260.20640.0089-0.00960.2306-0.00710.22065.7133.193-36.189
30.62570.387-0.11562.11620.45070.80790.0407-0.14140.11260.04850.0131-0.1356-0.13150.0892-0.06080.1875-0.00110.01020.2933-0.02360.256410.48725.78418.684
41.64680.1187-0.65512.3335-0.13072.5983-0.0245-0.0456-0.08120.12570.00470.03990.13050.06470.02630.1752-0.0182-0.0260.1856-0.01740.166-5.286-14.8154.174
50.64930.4136-0.79670.7998-0.89971.96110.08330.02780.16930.09260.01670.1767-0.2004-0.0027-0.12610.2288-0.00070.00740.2352-0.00220.30725.49720.714-31.267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:214 )H1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN F AND ( RESID 1:216 OR RESID 301:301 ) )F1 - 216
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN F AND ( RESID 1:216 OR RESID 301:301 ) )F301
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 1:213 )L1 - 213
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN R AND RESID 292:429 )R292 - 429
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:214 )E1 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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