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- PDB-7umx: Crystal structure of Acinetobacter baumannii FabI in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7umx
タイトルCrystal structure of Acinetobacter baumannii FabI in complex with NAD and (R,E)-3-(7-amino-8-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrido[2,3-b]azepin-3-yl)-N-methyl-N-((3-methylbenzofuran-2-yl)methyl)acrylamide
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードANTIBIOTIC / enoyl reductase / FabI / antimicrobial resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-NQF / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Hajian, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: An Iterative Approach Guides Discovery of the FabI Inhibitor Fabimycin, a Late-Stage Antibiotic Candidate with In Vivo Efficacy against Drug-Resistant Gram-Negative Infections
著者: Parker, E.N. / Cain, B.N. / Hajian, B. / Ulrich, R.J. / Geddes, E.J. / Barkho, S. / Lee, H.Y. / Williams, J.D. / Raynor, M. / Caridha, D. / Zaino, A. / Rohde, J.M. / Zak, M. / Shekhar, M. / ...著者: Parker, E.N. / Cain, B.N. / Hajian, B. / Ulrich, R.J. / Geddes, E.J. / Barkho, S. / Lee, H.Y. / Williams, J.D. / Raynor, M. / Caridha, D. / Zaino, A. / Rohde, J.M. / Zak, M. / Shekhar, M. / Munoz, K.A. / Rzasa, K.M. / Temple, E.R. / Hunt, D. / Jin, X. / Vuong, C. / Pannone, K. / Kelly, A.M. / Mulligan, M.P. / Lee, K.K. / Lau, G.W. / Hung, D.T. / Hergenrother, P.J.
履歴
登録2022年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,57618
ポリマ－174,1696
非ポリマー6,40712
水3,045169
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,38412
ポリマ－116,1124
非ポリマー4,2728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,38412
ポリマ－116,1124
非ポリマー4,2728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)255.120, 79.250, 89.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.296, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 197 or (resid 198...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 18 or (resid 19...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 3 through 18 or (resid 19...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 3 through 18 or (resid 19...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 3 through 18 or (resid 19...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 3 through 18 or (resid 19...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNTHRA1 - 254
d_12ens_1METSERA257 - 260
d_21ens_1GLNTHRD1 - 254
d_22ens_1METSERD257 - 260
d_31ens_1GLNTHRG1 - 254
d_32ens_1METSERG257 - 260
d_41ens_1GLNTHRJ1 - 254
d_42ens_1METSERJ257 - 260
d_51ens_1GLNTHRM1 - 254
d_52ens_1METSERM257 - 260
d_61ens_1GLNSERP1 - 258

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.807474872754, -0.00189966719175, -0.589898907556), (0.0129434946371, -0.999811121986, -0.0144978032493), (-0.58975994762, -0.0193419651804, 0.807346946836)75.364801134, 42.8411700874, 24.7881205617
2given(0.795532162046, 0.160745724118, 0.584199787169), (0.159331618407, -0.985732846424, 0.0542603985955), (0.58458704615, 0.0499156053548, -0.809794058891)-4.77071098491, 36.164490674, 4.40550141605
3given(-0.98648994715, -0.163750459335, 0.004834381058), (-0.163820968061, 0.986149665643, -0.0259138452633), (-0.000524019198947, -0.0263557208291, -0.99965249031)76.4636534725, 6.7652337342, 30.2702930432
4given(0.993165421557, 0.048896082032, -0.105979330931), (-0.0474652888655, 0.998745012544, 0.0159826866431), (0.106627818957, -0.0108431121611, 0.994239878069)-20.1121453085, -39.0667602286, -60.0174824468
5given(0.73443328402, 0.11333728227, 0.669150515035), (0.136072541072, -0.990527572034, 0.0184226112753), (0.664900003677, 0.0775228320415, -0.742898509638)-54.8433066008, -2.89782601704, 27.727914754

-
要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 29028.088 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
株: 19606 / 遺伝子: fabI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D0CAD5, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NQF / (2E)-3-[(7R)-7-amino-8-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrido[2,3-b]azepin-3-yl]-N-methyl-N-[(3-methyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]prop-2-enamide


分子量: 404.462 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 6.5-7.5 20% PEG 4K 15%-20% 2-propanolol

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→44.95 Å / Num. obs: 65755 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.39
反射 シェル解像度: 2.39→2.47 Å / Num. unique obs: 6497 / CC1/2: 0.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AHE

6ahe


解像度: 2.39→44.95 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.13 / 位相誤差: 27.3448
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 2030 3.09 %
Rwork0.2076 63725 -
obs0.213 65755 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→44.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11611 0 444 169 12224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002712312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.655316736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03991875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00482136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.60961729
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.652840930354
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.713601350098
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.687871789064
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.755144700156
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.761715262806
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.450.3461420.29724435X-RAY DIFFRACTION94.93
2.45-2.520.30161440.27514595X-RAY DIFFRACTION96.94
2.52-2.590.28431460.27574578X-RAY DIFFRACTION96.87
2.59-2.680.25961410.28134614X-RAY DIFFRACTION96.89
2.68-2.770.2961390.26394577X-RAY DIFFRACTION97.01
2.77-2.880.30731470.26094585X-RAY DIFFRACTION96.75
2.88-3.010.29811420.24324584X-RAY DIFFRACTION96.81
3.01-3.170.30691440.2444595X-RAY DIFFRACTION96.17
3.17-3.370.25361440.23134521X-RAY DIFFRACTION95.78
3.37-3.630.27211430.21714559X-RAY DIFFRACTION95.08
3.63-40.24711340.19274416X-RAY DIFFRACTION93.18
4-4.580.23741400.17054463X-RAY DIFFRACTION93.54
4.58-5.760.20381470.16634559X-RAY DIFFRACTION94.76
5.76-44.950.22151510.18424670X-RAY DIFFRACTION95.02
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.2002283689 Å / Origin y: 8.363654185 Å / Origin z: 12.0847402076 Å
111213212223313233
T0.255104829288 Å20.0218403181852 Å20.0688835344866 Å2-0.288508370898 Å20.0515726985957 Å2--0.295154048958 Å2
L0.124266293883 °2-0.0172246432172 °20.0111678782436 °2-0.404945043324 °20.107176086446 °2--0.278956367846 °2
S-0.0242643352099 Å °-0.0121453458861 Å °-0.0360516772176 Å °-0.00926955697371 Å °-0.00266634388898 Å °0.0469614223527 Å °-0.0472953795036 Å °0.0642603736478 Å °0.044803022507 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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