PDB-7umw: Crystal structure of E. Coli FabI in complex with NAD and Fabimyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7umw

タイトル

Crystal structure of E. Coli FabI in complex with NAD and Fabimycin ((S,E)-3-(7-amino-8-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrido[2,3-b]azepin-3-yl)-N-methyl-N-((3-methylbenzofuran-2-yl)methyl)acrylamide)

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

キーワード

ANTIBIOTIC / enoyl reductase / FabI / antimicrobial resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Hajian, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: An Iterative Approach Guides Discovery of the FabI Inhibitor Fabimycin, a Late-Stage Antibiotic Candidate with In Vivo Efficacy against Drug-Resistant Gram-Negative Infections
著者: Parker, E.N. / Cain, B.N. / Hajian, B. / Ulrich, R.J. / Geddes, E.J. / Barkho, S. / Lee, H.Y. / Williams, J.D. / Raynor, M. / Caridha, D. / Zaino, A. / Rohde, J.M. / Zak, M. / Shekhar, M. / ...

履歴

登録	2022年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2023年8月16日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7umw.cif.gz	271 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7umw.ent.gz	183.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7umw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7umw_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7umw_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7umw_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	7umw_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7um8C 7umxC 7umyC 4jqcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

ヘテロ分子

58.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.540, 79.540, 323.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-526- HOH
2	1	B-505- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / ENR / NADH-dependent enoyl-ACP reductase 分子量: 28260.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fabI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AEK4, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NUC / (2E)-3-[(7S)-7-amino-8-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrido[2,3-b]azepin-3-yl]-N-methyl-N-[(3-methyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]prop-2-enamide 分子量: 404.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Tris pH 7.5-8.5 0.5-1.5 M sodium citrate tribasic.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→58.06 Å / Num. obs: 156032 / % possible obs: 93.92 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 11.25 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.06
反射シェル	解像度: 1.54→1.595 Å / Num. unique obs: 6889 / CC_1/2: 0.913

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JQC

4jqc

解像度: 1.54→58.06 Å / SU ML: 0.2109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4761
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2447	3656	2.34 %
R_work	0.2135	152376	-
obs	0.2143	156032	91.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→58.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3829	0	148	353	4330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	4071
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2651	5532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0656	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	710
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4625	579

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.56	0.2948	104	0.284	4545	X-RAY DIFFRACTION	70.09
1.56-1.58	0.2873	114	0.2716	4742	X-RAY DIFFRACTION	75
1.58-1.6	0.3042	118	0.2809	4970	X-RAY DIFFRACTION	77.02
1.6-1.63	0.2746	119	0.2795	4942	X-RAY DIFFRACTION	77.52
1.63-1.65	0.3165	122	0.2763	5227	X-RAY DIFFRACTION	81.88
1.65-1.68	0.3096	135	0.2767	5360	X-RAY DIFFRACTION	84.1
1.68-1.71	0.3432	132	0.276	5403	X-RAY DIFFRACTION	84.7
1.71-1.74	0.2787	128	0.2786	5505	X-RAY DIFFRACTION	85.61
1.74-1.77	0.3275	137	0.2693	5570	X-RAY DIFFRACTION	87.21
1.77-1.81	0.365	133	0.2753	5687	X-RAY DIFFRACTION	88.8
1.81-1.85	0.3189	140	0.268	5776	X-RAY DIFFRACTION	90.42
1.85-1.89	0.2872	140	0.2577	5913	X-RAY DIFFRACTION	92.48
1.89-1.94	0.2795	144	0.2463	6066	X-RAY DIFFRACTION	94.58
1.94-1.99	0.2943	153	0.2382	6193	X-RAY DIFFRACTION	96.96
1.99-2.05	0.2383	154	0.2382	6237	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.05-2.11	0.298	153	0.2258	6312	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.11-2.19	0.2381	149	0.222	6402	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.19-2.28	0.2569	152	0.2193	6393	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.28-2.38	0.259	153	0.2174	6364	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.38-2.51	0.2147	153	0.22	6423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.66	0.2303	156	0.2119	6387	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.66-2.87	0.2223	158	0.2038	6376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.16	0.2406	153	0.2045	6386	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.62	0.2196	150	0.1787	6426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-4.56	0.2037	148	0.1424	6368	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-58.06	0.1461	158	0.1503	6403	X-RAY DIFFRACTION	99.98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -35.8600580592 Å / Origin y: 35.5684760772 Å / Origin z: -18.7602826598 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0274931588424 Å²	0.028973844603 Å²	-0.00394228064055 Å²	-	0.0543352959542 Å²	-0.0301457757974 Å²	-	-	0.0698610269887 Å²
L	0.631802882406 °²	0.704416799374 °²	0.709265846054 °²	-	1.21000918338 °²	1.07534204287 °²	-	-	1.22396520934 °²
S	-0.0399209291554 Å °	0.0292922777422 Å °	-0.00922176574213 Å °	0.00944137160867 Å °	0.0488095727979 Å °	-0.0083330046105 Å °	-0.111053384194 Å °	0.171662661408 Å °	0.0487172318942 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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