PDB-7ump: CRYSTAL STRUCTURE OF PHD2 CATALYTIC DOMAIN (CID 7465) IN COMPLEX ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ump

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF PHD2 CATALYTIC DOMAIN (CID 7465) IN COMPLEX WITH AKB-6548 AT 1.8 A RESOLUTION

要素

Egl nine homolog 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / METAL BINDING PROTEIN / EGLN1 / PHD2

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Davie, D.R. / Abendroth, J. / Boyd, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Pharmacol.Exp.Ther. / 年: 2022
タイトル: Preclinical Characterization of Vadadustat (AKB-6548), an Oral Small Molecule Hypoxia-Inducible Factor Prolyl-4-Hydroxylase Inhibitor, for the Potential Treatment of Renal Anemia.
著者: Zuk, A. / Si, Z. / Loi, S. / Bommegowda, S. / Hoivik, D. / Danthi, S. / Molnar, G. / Csizmadia, V. / Rabinowitz, M.

履歴

登録	2022年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ump.cif.gz	106.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ump.ent.gz	78.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ump.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ump_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ump_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7ump_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	7ump_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7ump ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7ump	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ouhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (13) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (13)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.400, 111.400, 40.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20 分子量: 24327.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1Z / Vadadustat / GSK128863 / AKB-6548 分子量: 306.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁ClN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化	温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.5, 21% PEG1500, 15% MPD, 300 MM MGSO4, 4 MM AKB-6548 PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 26873 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.29 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Num. unique obs: 1644 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OUH

3ouh

解像度: 1.8→32.71 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	2051	7.64 %
R_work	0.169	-	-
obs	-	26856	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1656	0	25	129	1810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.906	2379
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.834	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8001-1.842	0.2895	127	0.2512	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.842-1.8881	0.2549	153	0.2053	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8881-1.9391	0.2045	149	0.186	1631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9391-1.9962	0.2127	141	0.1731	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9962-2.0606	0.1871	146	0.1621	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0606-2.1342	0.225	122	0.1673	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1342-2.2196	0.2037	125	0.1701	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2196-2.3206	0.2025	125	0.169	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.4429	0.1996	131	0.1603	1629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5959	0.1967	166	0.1731	1624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5959-2.7963	0.1863	139	0.1697	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7963-3.0775	0.2068	136	0.167	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0775-3.5224	0.2218	123	0.1649	1685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5224-4.436	0.179	118	0.1541	1711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.436-10	0.196	150	0.1736	1715	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8448	0.1061	-0.9819	2.8736	-0.001	1.7252	0.0506	-0.1722	-0.2825	0.0802	0.1853	1.0727	0.2265	-0.4222	-0.0812	0.1877	-0.0181	0.0645	0.2723	0.1046	0.4579	22.5315	-28.4775	-9.2098
2	5.0969	4.2467	-1.038	4.1889	-1.1066	2.7976	0.1646	-0.6253	1.3301	0.813	-0.0182	0.6481	-0.3042	-0.2559	-0.2708	0.4786	0.0826	0.1184	0.2738	-0.0417	0.2921	33.4971	-9.7266	1.0915
3	5.4434	0.964	-2.5938	5.1026	-0.9678	5.3626	-0.1728	0.7777	0.8865	-0.253	0.2263	-0.784	-0.4032	0.5031	0.3151	0.3136	-0.0713	-0.0156	0.4372	0.0808	0.3669	51.8129	-9.2916	-12.2712
4	5.5675	-0.1355	1.0525	3.1227	0.8102	2.2574	-0.0711	0.1207	0.3875	0.3778	-0.1638	-0.4439	-0.0532	0.2572	0.1769	0.3102	-0.0005	-0.0781	0.161	0.0253	0.239	46.2681	-13.8263	-5.031
5	1.9272	-1.0443	0.274	2.5721	-0.3876	1.7434	0.0184	-0.1666	-0.3154	0.5248	0.0615	0.3717	0.0803	-0.2726	0.0079	0.2564	-0.0151	0.0668	0.2398	0.059	0.2144	33.9276	-28.4495	-3.0914
6	2.5927	1.0108	-0.453	5.1885	-1.0486	2.0562	-0.0734	0.2083	0.1159	-0.1672	0.0323	0.1943	-0.1014	-0.1607	0.0349	0.1602	-0.0004	-0.0127	0.1521	0.0259	0.1216	36.908	-17.9891	-14.9608
7	2.2261	-2.2012	-2.6325	4.3522	5.327	6.6614	0.2087	1.0413	-0.2131	-1.3583	-0.335	0.8055	0.5311	-0.3807	0.2135	0.539	-0.0221	-0.1196	0.3953	-0.0114	0.26	31.2123	-22.2485	-24.5769
8	3.0978	-0.137	-0.4803	6.2345	-0.1234	2.1017	-0.0959	0.236	-0.0479	-0.3646	0.0826	0.4986	-0.0285	-0.219	0.0455	0.1758	-0.0104	-0.04	0.1779	0.0364	0.1171	33.3368	-20.0924	-16.071
9	2.1903	-3.5598	0.6992	5.7854	-0.914	0.4825	0.0998	0.1065	-0.1361	-0.0954	-0.1232	-0.0426	0.0744	0.0489	-0.0263	0.2233	-0.0118	0.0196	0.1746	0.0187	0.2133	41.8268	-30.8172	-8.436

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 188 through 215 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 216 through 231 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 232 through 246 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 247 through 266 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 267 through 303 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 304 through 342 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 343 through 356 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 357 through 382 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 383 through 402 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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