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- PDB-7um9: Human ALDH1A1 with bound compound CM38 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7um9
タイトルHuman ALDH1A1 with bound compound CM38
要素Retinal dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / Fructose catabolism ...fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / Fructose catabolism / aldehyde metabolic process / Ethanol oxidation / RA biosynthesis pathway / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / androgen binding / cellular detoxification of aldehyde / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / retinol metabolic process / negative regulation of cold-induced thermogenesis / retinoid metabolic process / GTPase activator activity / NAD binding / axon / synapse / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-NQR / YTTERBIUM (III) ION / Aldehyde dehydrogenase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hurley, T.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA214567 米国
引用ジャーナル: Cancers (Basel) / 年: 2022
タイトル: A Novel ALDH1A1 Inhibitor Blocks Platinum-Induced Senescence and Stemness in Ovarian Cancer.
著者: Muralikrishnan, V. / Fang, F. / Given, T.C. / Podicheti, R. / Chtcherbinine, M. / Metcalfe, T.X. / Sriramkumar, S. / O'Hagan, H.M. / Hurley, T.D. / Nephew, K.P.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4377
ポリマ－54,9251
非ポリマー1,5126
水3,855214
1
A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,74828
ポリマ－219,6984
非ポリマー6,04924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
Buried area28420 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area57720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.108, 109.108, 83.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number89
Space group name H-MP422
Space group name HallP42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Retinal dehydrogenase 1 / RalDH1 / ALDH-E1 / ALHDII / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A1 / Aldehyde dehydrogenase / cytosolic


分子量: 54924.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A1, ALDC, ALDH1, PUMB1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P00352, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, retinal dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-NQR / (4-methylfuro[3,2-c]quinolin-2-yl)(piperidin-1-yl)methanone


分子量: 294.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.2, 200 mM NaCl, 5 mM YbCl3, 500 uM CM38

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.79 Å / Num. obs: 44719 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 22.21 Å2 / CC1/2: 0.926 / CC star: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1783 / CC1/2: 0.926 / CC star: 0.981 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.528 / Χ2: 0.856 / % possible all: 77.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JWU

7jwu


解像度: 1.8→48.79 Å / SU ML: 0.1937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7236
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 2000 4.47 %Random
Rwork0.1782 42700 --
obs0.1799 44700 95.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3816 0 70 214 4100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00644041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89515499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0518604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2827574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.31791140.25232432X-RAY DIFFRACTION77.67
1.85-1.90.29781200.23772565X-RAY DIFFRACTION82.11
1.9-1.950.26021300.22122760X-RAY DIFFRACTION87.52
1.95-2.020.24711360.22012897X-RAY DIFFRACTION92.08
2.02-2.090.23541430.20643080X-RAY DIFFRACTION98.2
2.09-2.170.26381490.20213161X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.270.26571480.19223161X-RAY DIFFRACTION99.97
2.27-2.390.23371480.18783161X-RAY DIFFRACTION99.94
2.39-2.540.25181480.1893177X-RAY DIFFRACTION99.7
2.54-2.740.23651500.18833183X-RAY DIFFRACTION99.97
2.74-3.010.22931490.18663199X-RAY DIFFRACTION99.97
3.01-3.450.21031510.18123219X-RAY DIFFRACTION99.82
3.45-4.340.19621530.15093262X-RAY DIFFRACTION100
4.35-48.790.15521610.14753443X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.501790681450.175772229620.7081909696940.6565393891030.08697754718110.979676662695-0.0775380653045-0.0163298631252-0.3020901946540.103722997126-0.09270985720180.182659534510.3638889360650.08846246205090.03106200824220.3189849106740.06126365983310.1837011895680.2503532198920.1659628613670.40474558265654.5520036156-33.806776190723.6970344414
20.8791859244180.230297492817-0.1825516681240.397754351241-0.1324740211370.652077440442-0.134838423124-0.245561464987-0.3224544726880.101266151658-0.02977432640850.06890558684060.1111085094790.08378776213780.1049804740520.2602190828030.06653617681520.1015302962230.2362568844270.1209471271810.28897401374259.2941974991-23.690818468826.5399616031
30.7919086311560.0891219732049-0.2889850421790.523380225785-0.1024387041330.439281211231-0.12747021457-0.108925475109-0.1521780875260.06264554282760.01007421356150.1060727409770.05464484982730.01199516077650.08355429122740.1801208029550.03740615519670.06916656155340.1674368515670.03687407722040.19360965396654.4458070268-17.00279906417.1809761367
40.7608983603210.01085041245980.2451787605290.741686517517-0.286952227011.07877203428-0.139976455827-0.0899108100838-0.08177085404580.08738698746950.06971093098990.3599292785350.0995655159383-0.209888103570.04438074004150.200633743156-0.0006302734910360.1015659660780.2518987768940.02611391625240.38485587266623.1923211668-11.226169606317.4924295079
50.855670402954-0.1717682633420.006840133923270.5965883241610.1605644572040.436919894989-0.117216365435-0.193343401951-0.404826201180.1467027590280.090376034171-0.007584957921970.0970212011291-0.07250940644560.04870968415530.3288326030190.03846945775780.2284159098040.2883353128960.09306541070910.45332679916627.1732462363-22.120347598731.009499547
60.4432375865380.319355623756-0.3230912455630.798642471446-0.4314360339460.938007562908-0.0449008789671-0.1214734469030.08070606822320.2411089774340.1171209942420.348817641539-0.096166213638-0.0827190142048-0.04662188575980.2239722979990.04728186110.07844576981950.233449361160.01529902340360.28230378279827.3241191346-2.1264520345920.0432402934
70.220280305656-0.000357179024380.01231433305930.05041567745850.03894916253020.0218060207714-0.135769641791-0.0457802409939-0.02758530914680.03869370928730.02833978651170.0008679189896910.0386481524221-0.0003825094617480.08235854483070.2003910768720.008758506476310.02096071397250.207881950450.008243501485680.18905705026354.0517567131-2.388590160979.70726254842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 81 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 269 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 270 through 329 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 330 through 384 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 385 through 454 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 455 through 501 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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