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- PDB-7um8: Crystal structure of E. Coli FabI in complex with NAD and (R,E)-3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7um8
タイトルCrystal structure of E. Coli FabI in complex with NAD and (R,E)-3-(7-amino-8-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrido[2,3-b]azepin-3-yl)-N-methyl-N-((3-methylbenzofuran-2-yl)methyl)acrylamide
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
キーワードANTIBIOTIC / enoyl reductase / FabI / antimicrobial resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic / protein-containing complex ...NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-NQF / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hajian, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: An Iterative Approach Guides Discovery of the FabI Inhibitor Fabimycin, a Late-Stage Antibiotic Candidate with In Vivo Efficacy against Drug-Resistant Gram-Negative Infections
著者: Parker, E.N. / Cain, B.N. / Hajian, B. / Ulrich, R.J. / Geddes, E.J. / Barkho, S. / Lee, H.Y. / Williams, J.D. / Raynor, M. / Caridha, D. / Zaino, A. / Rohde, J.M. / Zak, M. / Shekhar, M. / ...著者: Parker, E.N. / Cain, B.N. / Hajian, B. / Ulrich, R.J. / Geddes, E.J. / Barkho, S. / Lee, H.Y. / Williams, J.D. / Raynor, M. / Caridha, D. / Zaino, A. / Rohde, J.M. / Zak, M. / Shekhar, M. / Munoz, K.A. / Rzasa, K.M. / Temple, E.R. / Hunt, D. / Jin, X. / Vuong, C. / Pannone, K. / Kelly, A.M. / Mulligan, M.P. / Lee, K.K. / Lau, G.W. / Hung, D.T. / Hergenrother, P.J.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6566
ポリマ－56,5212
非ポリマー2,1364
水9,332518
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,31312
ポリマ－113,0414
非ポリマー4,2728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)79.630, 79.630, 323.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

21B-527-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / ENR / NADH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 28260.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: fabI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEK4, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NQF / (2E)-3-[(7R)-7-amino-8-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrido[2,3-b]azepin-3-yl]-N-methyl-N-[(3-methyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]prop-2-enamide


分子量: 404.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris pH 7.5-8.5 0.5-1.5 M sodium citrate tribasic.

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.2 Å / Num. obs: 69000 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 22.85 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.018 / Net I/σ(I): 19.55
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 6632 / CC1/2: 0.896

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JQC

4jqc


解像度: 1.7→47.2 Å / SU ML: 0.2111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.3292
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1898 1999 2.92 %
Rwork0.1654 66571 -
obs0.1661 68570 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3825 0 148 518 4491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01884051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.68435498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0135704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4266574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.3051390.28284639X-RAY DIFFRACTION99.79
1.74-1.790.28081400.23894628X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.840.26781400.22154669X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.90.23791410.1934704X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.970.22281390.18214629X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.040.22981410.18644721X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.140.21951410.18984660X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.250.19681420.17214717X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.390.20851410.16434729X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.570.191430.16444755X-RAY DIFFRACTION99.98
2.58-2.830.18541440.16884770X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.240.18611450.16284819X-RAY DIFFRACTION100
3.24-4.090.15581470.14734902X-RAY DIFFRACTION100
4.09-47.20.15871560.13815229X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.4388821674 Å / Origin y: 35.6519143368 Å / Origin z: -18.804627356 Å
111213212223313233
T0.124146256702 Å20.023417575478 Å2-0.0203398346831 Å2-0.158922795663 Å2-0.0454683750497 Å2--0.129274226289 Å2
L0.172502061345 °20.278760660408 °20.293783298214 °2-0.451343564373 °20.475060460549 °2--0.495541086847 °2
S-0.031666927309 Å °0.0044583445055 Å °0.0445545948399 Å °-0.075406028945 Å °0.0140156296253 Å °0.0302884682948 Å °-0.0787300650181 Å °0.0278057281492 Å °-0.0637670984864 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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