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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7um1 | ||||||
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タイトル | Structure of bacteriophage AR9 non-virion RNAP polymerase holoenzyme determined by cryo-EM | ||||||
要素 | (DNA-directed RNA ...) x 5 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / RNAP / deoxyuridine / template-strand promoter / sigma-like factor / gp226 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus phage AR9 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Leiman, P.G. / Fraser, A. / Sokolova, M.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of template strand deoxyuridine promoter recognition by a viral RNA polymerase. 著者: Alec Fraser / Maria L Sokolova / Arina V Drobysheva / Julia V Gordeeva / Sergei Borukhov / John Jumper / Konstantin V Severinov / Petr G Leiman / 要旨: Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template ...Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template strand of the double-stranded DNA molecule ~10 nucleotides upstream of the transcription start site. Here, we explain the mechanism by which the phage AR9 non-virion RNAP (nvRNAP), a bacterial RNAP homolog, recognizes the -10 element of its deoxyuridine-containing promoter in the template strand. The AR9 sigma-like subunit, the nvRNAP enzyme core, and the template strand together form two nucleotide base-accepting pockets whose shapes dictate the requirement for the conserved deoxyuridines. A single amino acid substitution in the AR9 sigma-like subunit allows one of these pockets to accept a thymine thus expanding the promoter consensus. Our work demonstrates the extent to which viruses can evolve host-derived multisubunit enzymes to make transcription of their own genes independent of the host. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7um1.cif.gz | 501.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7um1.ent.gz | 334.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7um1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7um1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7um1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA ... , 5種, 5分子 AdcDC
#1: タンパク質 | 分子量: 54917.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Promoter-specificity subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g226 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JIC8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51947.844 Da / 分子数: 1 / Mutation: N-terminal His-tag / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal part of beta-prime subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g270 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JIH0 |
#3: タンパク質 | 分子量: 58112.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal part of beta subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JI16 |
#4: タンパク質 | 分子量: 73100.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal part of beta-prime subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g154 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JI62, DNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 76978.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal part of beta subunit / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g089 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A172JHZ2, DNA-directed RNA polymerase |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bacteriophage AR9 non-virion RNA polymerase holoenzyme タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bacillus phage AR9 (ファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) Star |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 43.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104471 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7S01 Accession code: 7S01 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 120.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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