PDB-7ulz: Crystal Structure of Methionine-tRNA ligase / Methionyl-tRNA synt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ulz

タイトル

Crystal Structure of Methionine-tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

Methionine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS / Pseudomonas aeruginosa / tRNA(fMet) aminoacylation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Methionine-tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ulz.cif.gz	266.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ulz.ent.gz	176.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ulz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ulz_validation.pdf.gz	658.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ulz_full_validation.pdf.gz	659.5 KB	表示
XML形式データ	7ulz_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	7ulz_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h99S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Methionine--tRNA ligase

ヘテロ分子

63.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.900, 167.900, 72.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS 分子量: 62749.160 Da / 分子数: 1 / 断片: PsaeA.10201.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: metG, PA3482 / プラスミド: PsaeA.10201.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYC7, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.12 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Anatrace MCSG1 screen, condition D8: 1.5M Ammonium sulfate + BisTris/HCl pH 6.5: PsaeA.10201.a.B1.PW38931 at 23mg/ml + 3mM L-Methionine + 3mM AMP. Tray 320141 d7: cryo: 20% EG + compounds: puck egi5-5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月10日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 29094 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.261 % / B_iso Wilson estimate: 44.871 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 0.889 / Net I/σ(I): 13.11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.8-2.87	6.323	0.62	2.88	2123	0.933	0.677	100
2.87-2.95	6.302	0.543	3.36	2089	0.929	0.593	99.9
2.95-3.04	6.341	0.433	4.14	2019	0.954	0.472	99.9
3.04-3.13	6.342	0.352	4.97	1951	0.966	0.384	100
3.13-3.23	6.3	0.312	5.51	1902	0.977	0.34	99.9
3.23-3.35	6.312	0.226	7.13	1845	0.99	0.247	99.9
3.35-3.47	6.324	0.18	9.13	1786	0.99	0.196	100
3.47-3.61	6.33	0.138	11.11	1716	0.995	0.151	99.9
3.61-3.78	6.283	0.12	13.09	1643	0.994	0.131	99.9
3.78-3.96	6.283	0.103	15.44	1581	0.994	0.113	100
3.96-4.17	6.289	0.087	17.6	1500	0.997	0.095	99.9
4.17-4.43	6.264	0.072	20.39	1424	0.997	0.079	100
4.43-4.73	6.279	0.067	22.37	1328	0.997	0.073	99.9
4.73-5.11	6.251	0.06	23.55	1265	0.998	0.066	100
5.11-5.6	6.205	0.071	21.33	1160	0.996	0.078	99.9
5.6-6.26	6.156	0.072	21.15	1042	0.996	0.078	99.9
6.26-7.23	6.176	0.063	23.52	938	0.997	0.069	100
7.23-8.85	6.031	0.044	30.56	802	0.998	0.048	100
8.85-12.52	5.826	0.034	38.69	622	0.999	0.038	100
12.52-50	5.268	0.036	36.25	358	0.998	0.04	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1 4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3h99 as per Morda

3h99

解像度: 2.8→48.47 Å / SU ML: 0.3494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9012
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1999	1880	6.48 %	0
R_work	0.175	27136	-	-
obs	0.1766	29016	99.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4073	0	44	125	4242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0043	4262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6526	5797
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0425	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6496	1519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.88	0.36	153	0.2899	2057	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.88-2.96	0.2758	123	0.2647	2080	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.96-3.06	0.2764	146	0.2588	2050	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.06-3.16	0.277	148	0.2371	2069	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.17-3.29	0.2983	136	0.2237	2082	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.29-3.44	0.2226	144	0.2136	2073	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.44-3.62	0.235	166	0.2065	2047	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.62-3.85	0.1883	139	0.167	2072	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.85-4.15	0.1672	141	0.1499	2097	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.15-4.56	0.1481	153	0.1284	2097	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.56-5.22	0.154	137	0.1266	2115	X-RAY DIFFRACTION	100
5.22-6.58	0.1855	151	0.1601	2110	X-RAY DIFFRACTION	99.91
6.58-48.47	0.1463	143	0.1386	2187	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.55345147017	-0.69904127636	2.21493899514	4.32650424115	0.793897143279	3.61097494833	0.230267656333	-0.806264029224	-0.578933049714	0.340288359005	-0.0492049722875	-0.173841506452	-0.386650502634	0.522503326515	-0.198507065525	0.645301772822	-0.0958582220426	-0.0322009536776	0.804104532283	-0.11340090332	0.359347869608	-77.713	20.459	8.158
2	1.02219004109	-0.47780016411	-0.280046544479	3.26833666808	0.175771379943	1.70158517813	-0.0237199057557	0.0851193240652	0.0854652939219	-0.169511305172	-0.0190142901716	-0.344117201234	-0.156309450544	0.29167943217	0.0536355489686	0.356203769648	-0.00910067012662	-0.0103802347686	0.40618924548	-0.0421468152592	0.228538668289	-79.634	16.275	0.802
3	4.37662902336	1.58224210032	5.0923990664	0.624238570334	1.76097337807	5.91611944841	0.0127871831832	0.34029038081	-0.0435506898425	-0.043842994792	0.148262078075	0.0734981478363	-0.506987780538	0.834346415341	-0.115080520126	0.821536982823	-0.0948716732346	0.083914265474	0.486412432352	0.0179740841501	0.404690977511	-72.379	41.257	16.003
4	0.498645219948	0.692525380251	-0.503312232094	1.05933045304	0.298703481164	0.87389341746	0.010263590145	-0.0972325907443	0.0792725975659	0.0733876088121	-0.000392362480638	0.013549805313	-0.391247440843	0.199705711257	0.0146458118017	0.499716643508	-0.00711022649001	-0.0390598490957	0.44396310032	-0.0217937105569	0.28729348496	-83.541	24.997	10.328
5	0.89630873976	0.685504992657	-0.0216683122849	1.64441501761	0.0713402134554	2.11241304531	0.0133585440531	-0.0865781972943	-0.137603207102	0.106076657044	-0.0514233429324	-0.0957714243868	0.4110217262	0.152742622662	0.0207276748459	0.513182840971	0.0871817036583	0.02083066193	0.436495373554	-0.0138768747083	0.288583024402	-80.241	-14.028	7.088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 608:608 )	A	608
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 3:115 )	A	3 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 116:169 )	A	116 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 170:341 )	A	170 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 342:548 )	A	342 - 548

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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