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- PDB-7ulz: Crystal Structure of Methionine-tRNA ligase / Methionyl-tRNA synt... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ulz | ||||||
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Title | Crystal Structure of Methionine-tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 | ||||||
![]() | Methionine--tRNA ligase | ||||||
![]() | LIGASE / SSGCID / Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS / Pseudomonas aeruginosa / tRNA(fMet) aminoacylation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Methionine-tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 Authors: Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 266.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 176.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3h99S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 62749.160 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: PsaeA.10201.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: metG, PA3482 / Plasmid: PsaeA.10201.a.B1 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-MET / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.75 Å3/Da / Density % sol: 74.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Anatrace MCSG1 screen, condition D8: 1.5M Ammonium sulfate + BisTris/HCl pH 6.5: PsaeA.10201.a.B1.PW38931 at 23mg/ml + 3mM L-Methionine + 3mM AMP. Tray 320141 d7: cryo: 20% EG + compounds: puck egi5-5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Mar 10, 2022 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 29094 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.261 % / Biso Wilson estimate: 44.871 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.889 / Net I/σ(I): 13.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 3h99 as per Morda Resolution: 2.8→48.47 Å / SU ML: 0.3494 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.9012 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→48.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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