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- PDB-7ulr: recombinant kappa-bungarotoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ulr
タイトルrecombinant kappa-bungarotoxin
要素Kappa-bungarotoxin
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / recombinant / alpha neurotoxin / refolded
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-bungarotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Xu, J. / Lei, X. / Chen, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM064642 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of recombinant kappa-bungarotoxin at 1.8 Angstroms resolution.
著者: Xu, J. / Lei, X. / Chen, L.
履歴
登録2022年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa-bungarotoxin
B: Kappa-bungarotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8272
ポリマ－14,8272
非ポリマー00
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.090, 30.990, 39.430
Angle α, β, γ (deg.)70.440, 75.970, 71.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 16 or resid 18...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 16 or resid 18...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ARGARGPROPROAA2 - 162 - 16
d_12GLYGLYLYSLYSAA18 - 3018 - 30
d_13CYSCYSSERSERAA32 - 3332 - 33
d_14GLYGLYTYRTYRAA36 - 5436 - 54
d_15SERSERHISHISAA56 - 6756 - 67
d_21ARGARGPROPROBB2 - 162 - 16
d_22GLYGLYLYSLYSBB18 - 3018 - 30
d_23CYSCYSSERSERBB32 - 3332 - 33
d_24GLYGLYTYRTYRBB36 - 5436 - 54
d_25SERSERHISHISBB56 - 6756 - 67

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.587694993783, 0.666264657981, 0.459027232098), (0.673119754988, -0.717416186923, 0.17950991668), (0.448914679787, 0.203483218636, -0.87009780485)ベクター: 7. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.587694993783, 0.666264657981, 0.459027232098), (0.673119754988, -0.717416186923, 0.17950991668), (0.448914679787, 0.203483218636, -0.87009780485)
ベクター: 7.37827888574, -3.9776115974, -20.2002997055)

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要素

#1: タンパク質 Kappa-bungarotoxin / Kappa-bgt / Kappa-1-bungarotoxin / Long neurotoxin 2 / Neuronal bungarotoxin / nBgt / Toxin F


分子量: 7413.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01398
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 117 mg/ml in 200 mM NH4Ac, pH 7.0, 1:1 with 0.15 M DL-malic acid pH 7.0, 20% PEG 3350 at 4 degree centigrade

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→36.71 Å / Num. obs: 19608 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique obs: 574 / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.13 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KBA

1kba


解像度: 1.8→36.71 Å / SU ML: 0.1471 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 20.5678
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1901 1006 5.13 %
Rwork0.1653 18596 -
obs0.1666 19602 93.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1018 0 0 160 1178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00691036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00821404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0564160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2489392
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.14223440479 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.890.20061480.19692517X-RAY DIFFRACTION89.79
1.89-2.010.19921280.16562588X-RAY DIFFRACTION91.57
2.01-2.170.17561360.16112637X-RAY DIFFRACTION91.88
2.17-2.390.21121640.172639X-RAY DIFFRACTION93.12
2.39-2.730.18881390.17822709X-RAY DIFFRACTION94.3
2.73-3.440.17181500.1752732X-RAY DIFFRACTION95.43
3.44-36.710.19651410.1452774X-RAY DIFFRACTION97.36
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.793520574425 Å / Origin y: -3.23208132999 Å / Origin z: -10.9890284254 Å
111213212223313233
T0.0720545319483 Å20.000311405656763 Å20.00118045836134 Å2-0.0526466030608 Å20.00369817518449 Å2--0.0357954355758 Å2
L0.48914815974 °20.215188658333 °2-0.0446665606378 °2-0.419228106256 °2-0.102348548972 °2--0.377110355559 °2
S-0.0431493185186 Å °0.0722880686899 Å °0.0732188522853 Å °-0.216902883827 Å °-0.024774314649 Å °-0.0944612718423 Å °0.0817819425746 Å °-0.0121078146936 Å °-0.0039181793137 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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