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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ulo | ||||||
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タイトル | Potato leafroll virus N-terminal readthrough domain | ||||||
要素 | (Minor capsid protein P3-RTD) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Viral transmission / dimer / vector interaction | ||||||
機能・相同性 | Potato leaf roll virus readthrough protein / Potato leaf roll virus readthrough protein / Luteovirus group 1 coat protein / Luteovirus coat protein / Viral coat protein subunit / viral capsid / structural molecule activity / Readthrough protein / Readthrough protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Potato leafroll virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Schiltz, C.J. / Chappie, J.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Polerovirus N-terminal readthrough domain structures reveal molecular strategies for mitigating virus transmission by aphids 著者: Schiltz, C.J. / Wilson, J.R. / Hosford, C.J. / Adams, M.C. / Preising, S.E. / DeBlasio, S.L. / MacLeod, H.J. / Van Eck, J. / Heck, M.L. / Chappie, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ulo.cif.gz | 114.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ulo.ent.gz | 75.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ulo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ulo_validation.pdf.gz | 453 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ulo_full_validation.pdf.gz | 456.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ulo_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ulo_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ulnC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24105.619 Da / 分子数: 2 断片: N-terminal readthrough domain (UNP residues 230-436) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Potato leafroll virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8QYP3 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2446.726 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 437-458) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Potato leafroll virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D5MCF4 #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.25 M ammonium sulfate, 14% PEG8000, 3% ethylene glycol, 5 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.21→65.15 Å / Num. obs: 22427 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 54.54 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 115339 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→56.01 Å / SU ML: 0.4485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.7 / 位相誤差: 36.1557 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→56.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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