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- PDB-7uln: Turnip yellows virus N-terminal readthrough domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uln
タイトルTurnip yellows virus N-terminal readthrough domain
要素Minor capsid protein P3-RTD
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral transmission / dimer / vector interaction
機能・相同性Potato leaf roll virus readthrough protein / Potato leaf roll virus readthrough protein / Luteovirus group 1 coat protein / Luteovirus coat protein / host cell plasmodesma / host cell periplasmic space / viral capsid / structural molecule activity / Readthrough protein P3-RTD
機能・相同性情報
生物種Turnip yellows virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Schiltz, C.J. / Chappie, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA)2019-05200 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Polerovirus N-terminal readthrough domain structures reveal molecular strategies for mitigating virus transmission by aphids
著者: Schiltz, C.J. / Wilson, J.R. / Hosford, C.J. / Adams, M.C. / Preising, S.E. / DeBlasio, S.L. / MacLeod, H.J. / Van Eck, J. / Heck, M.L. / Chappie, J.S.
履歴
登録2022年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor capsid protein P3-RTD
B: Minor capsid protein P3-RTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8902
ポリマ－53,8902
非ポリマー00
水10,575587
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.434, 74.859, 130.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Minor capsid protein P3-RTD / P74 / Readthrough protein / RT protein


分子量: 26945.105 Da / 分子数: 2
断片: N-terminal readthrough domain (UNP residues 224-461)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Turnip yellows virus (ウイルス) / 遺伝子: ORF3/ORF5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09514
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.7, 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→130.78 Å / Num. obs: 69780 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.53-1.556.30.7292025732060.7320.310.7942.293.1
8.36-130.7860.04130625140.9990.0170.04562.399.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7ULO

7ulo


解像度: 1.53→65.389 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1964 3428 4.92 %
Rwork0.174 66276 -
obs0.1751 69704 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.99 Å2 / Biso mean: 24.9293 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.53→65.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3740 0 0 587 4327
Biso mean---33.58 -
残基数----472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.53-1.54880.26021250.2207252492
1.5488-1.5720.23121510.20452708100
1.572-1.59650.23681300.2032768100
1.5965-1.62270.24931320.20152717100
1.6227-1.65070.25581270.19252764100
1.6507-1.68070.23331360.19522727100
1.6807-1.7130.24651510.20632759100
1.713-1.7480.25241380.20642724100
1.748-1.7860.26921380.20172798100
1.786-1.82760.25811240.19482717100
1.8276-1.87330.26231560.18692768100
1.8733-1.92390.21121530.18342741100
1.9239-1.98050.21231600.17942701100
1.9805-2.04450.17351490.16952757100
2.0445-2.11750.22111390.17322762100
2.1175-2.20230.17031480.17292778100
2.2023-2.30260.20641180.17172776100
2.3026-2.4240.21811380.17592798100
2.424-2.57580.21971660.18322769100
2.5758-2.77470.20111650.18152776100
2.7747-3.05390.17331360.18132795100
3.0539-3.49580.19071190.16332842100
3.4958-4.40420.14631420.1447285399
4.4042-65.3890.18121870.1681295499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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