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万見

- PDB-7ulh: Crystal Structure of a Short chain dehydrogenase from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ulh

タイトル

Crystal Structure of a Short chain dehydrogenase from Mycobacterium avium 104

要素

Short chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Short chain dehydrogenase / short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family / MAV_1937 / Mycobacterium avium / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

: / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Short chain dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium avium 104 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Crystal Structure of a Short chain dehydrogenase from Mycobacterium avium 104
著者: Abendroth, J. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ulh.cif.gz	911.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ulh.ent.gz	627.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ulh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3qljS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

-
集合体

登録構造単位

A: Short chain dehydrogenase

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

E: Short chain dehydrogenase

F: Short chain dehydrogenase

G: Short chain dehydrogenase

241 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Short chain dehydrogenase

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

E: Short chain dehydrogenase

F: Short chain dehydrogenase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
207 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

G: Short chain dehydrogenase

x 6

登録者が定義した集合体
207 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-y+1,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_565	-x+y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_455	y-1/3,x+1/3,-z+1/3	1
crystal symmetry operation	11_565	x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/3	1
crystal symmetry operation	12_555	-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	241.810, 241.810, 241.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 20 or (resid 21...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 2 through 5 or (resid 6...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	THR	THR	A	1 - 40
d_1	2	ens_1	LYS	ASP	A	49 - 52
d_1	3	ens_1	VAL	GLU	A	54 - 83
d_1	4	ens_1	ALA	VAL	A	85 - 112
d_1	5	ens_1	ASP	GLY	A	114 - 201
d_1	6	ens_1	PHE	ARG	A	213 - 289
d_2	1	ens_1	THR	THR	B	1 - 40
d_2	2	ens_1	LYS	ASP	B	49 - 52
d_2	3	ens_1	VAL	GLU	B	54 - 83
d_2	4	ens_1	ALA	VAL	B	85 - 112
d_2	5	ens_1	ASP	GLY	B	114 - 201
d_2	6	ens_1	PHE	ARG	B	213 - 289
d_3	1	ens_1	THR	THR	C	1 - 40
d_3	2	ens_1	LYS	ASP	C	44 - 47
d_3	3	ens_1	VAL	GLU	C	49 - 78
d_3	4	ens_1	ALA	VAL	C	80 - 107
d_3	5	ens_1	ASP	GLY	C	109 - 196
d_3	6	ens_1	PHE	ARG	C	208 - 284
d_4	1	ens_1	THR	THR	D	2 - 41
d_4	2	ens_1	LYS	ASP	D	50 - 53
d_4	3	ens_1	VAL	GLU	D	55 - 84
d_4	4	ens_1	ALA	VAL	D	86 - 113
d_4	5	ens_1	ASP	GLY	D	115 - 202
d_4	6	ens_1	PHE	ARG	D	205 - 281
d_5	1	ens_1	THR	THR	E	1 - 40
d_5	2	ens_1	LYS	ASP	E	42 - 45
d_5	3	ens_1	VAL	GLU	E	47 - 76
d_5	4	ens_1	ALA	VAL	E	78 - 105
d_5	5	ens_1	ASP	ARG	E	107 - 271
d_6	1	ens_1	THR	THR	F	1 - 40
d_6	2	ens_1	LYS	ASP	F	44 - 47
d_6	3	ens_1	VAL	GLU	F	49 - 78
d_6	4	ens_1	ALA	VAL	F	80 - 107
d_6	5	ens_1	ASP	GLY	F	109 - 196
d_6	6	ens_1	PHE	ARG	F	205 - 281
d_7	1	ens_1	THR	THR	G	1 - 40
d_7	2	ens_1	LYS	ASP	G	45 - 48
d_7	3	ens_1	VAL	GLU	G	50 - 79
d_7	4	ens_1	ALA	VAL	G	81 - 108
d_7	5	ens_1	ASP	GLY	G	110 - 197
d_7	6	ens_1	PHE	ARG	G	209 - 285

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.442478621819, 0.674284673969, -0.591229944847), (0.673491074335, -0.185456865448, -0.715552600337), (-0.592133804157, -0.71480481917, -0.372064011249)	-51.9797497359, 91.8550554559, 55.6009498205
2	given	(-0.00492037278048, -0.930506482012, 0.36624237448), (-0.353690207385, 0.344192370287, 0.869732631006), (-0.93534968174, -0.125256932619, -0.330804585366)	121.38944028, 90.5562179058, 3.15609370344
3	given	(-0.840225828097, -0.100399803245, 0.532860617149), (-0.121640183056, -0.922762251885, -0.365668555337), (0.528416714029, -0.37206142773, 0.763116026781)	57.2713915994, 188.73730534, 22.0587492977
4	given	(-0.0481355550181, -0.341735711926, -0.938562556007), (-0.917707181095, 0.386094332153, -0.0935130816812), (0.394330442788, 0.856824293466, -0.332198181839)	36.0594401575, 78.1149929306, -121.567426009
5	given	(0.339401991803, 0.704230780542, 0.623590647539), (0.724748863807, -0.618378969626, 0.303885725781), (0.599621023956, 0.348807192674, -0.720269512036)	-45.143554179, 155.836443127, -82.1445647197
6	given	(-0.274475593265, 0.176750671426, -0.945210214107), (0.761775470821, 0.639830530441, -0.101562908442), (0.586823040411, -0.747914495424, -0.310262190375)	-31.9200662116, 58.3884240563, 98.0904810285

-
要素

#1: タンパク質	Short chain dehydrogenase 分子量: 34416.688 Da / 分子数: 7 / 断片: MyavA.01582.c.A1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium 104 (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: MAV_1937 / プラスミド: MyavA.01582.c.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZRP4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Molecular dimensions / Calibre PACT screen, condition F1: 200mM sodium fluoride, 20% (w/V) PEG 3350: MyavA.01582.a.A1.PW29034 at 10mg/ml: tray: 217324 F1: cryo: 25% EG: puck: doh7-8.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月18日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 83023 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.653 % / B_iso Wilson estimate: 30.949 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 0.909 / Net I/σ(I): 12.22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	5.698	0.587	3.01	6082	0.83	0.646	100
2.67-2.74	5.69	0.497	3.59	5955	0.86	0.548	100
2.74-2.82	5.698	0.435	4.1	5773	0.893	0.479	100
2.82-2.91	5.694	0.351	5.05	5639	0.93	0.388	100
2.91-3	5.694	0.311	5.74	5435	0.944	0.343	99.9
3-3.11	5.684	0.267	6.63	5285	0.959	0.294	100
3.11-3.22	5.682	0.22	8.03	5119	0.97	0.243	100
3.22-3.36	5.691	0.179	9.83	4892	0.98	0.197	100
3.36-3.51	5.667	0.139	12.26	4715	0.988	0.153	100
3.51-3.68	5.658	0.115	14.72	4506	0.991	0.127	100
3.68-3.88	5.665	0.106	15.66	4260	0.993	0.117	100
3.88-4.11	5.636	0.089	18.22	4078	0.995	0.098	100
4.11-4.39	5.631	0.078	20.31	3814	0.995	0.086	100
4.39-4.75	5.603	0.067	22.98	3581	0.997	0.074	99.9
4.75-5.2	5.587	0.072	21.53	3282	0.996	0.08	100
5.2-5.81	5.523	0.085	18.35	2974	0.995	0.095	100
5.81-6.71	5.488	0.081	18.78	2652	0.995	0.09	99.9
6.71-8.22	5.63	0.054	26.05	2240	0.998	0.06	100
8.22-11.63	5.574	0.032	38.87	1753	0.999	0.035	99.7
11.63-50	5.328	0.027	41.08	988	0.999	0.03	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3qlj as per Morda

3qlj

解像度: 2.6→48.37 Å / SU ML: 0.2466 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7799
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1932	1914	2.31 %	0
R_work	0.1582	81092	-	-
obs	0.159	83006	99.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14468	0	0	1274	15742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0041	14754
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6245	20039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0465	2325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	2612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.0966	5135

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.241559600436
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.342659615297
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.335883062805
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.298522934681
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.378022074347
ens_1	d_7	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.514973727045

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.67	0.2481	133	0.2053	5720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.74	0.2207	139	0.1923	5763	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.74-2.82	0.2431	122	0.1833	5736	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.82-2.91	0.2336	153	0.1765	5769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.01	0.2277	136	0.1839	5737	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.01-3.13	0.2361	160	0.184	5741	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.13-3.28	0.2133	142	0.1764	5769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.45	0.2049	123	0.1587	5790	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.45-3.66	0.1799	130	0.1497	5829	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.66-3.95	0.1912	133	0.1467	5783	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.95-4.34	0.1521	135	0.1247	5797	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.97	0.1308	123	0.1177	5825	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.97-6.26	0.1721	128	0.1576	5866	X-RAY DIFFRACTION	99.95
6.26-48.37	0.182	157	0.1608	5967	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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42	2.2354069854	-1.38230407862	-0.905807849195	2.11567206932	0.629756011758	0.363690188474	0.0158673341496	-0.0373831957477	0.18032070137	0.0217824776885	0.0236649687286	-0.158912289324	-0.040025353152	0.0654104477777	-0.0325396563033	0.0967088988126	-0.0321847669395	-0.0190048630853	0.13796359788	0.0203150669341	0.111009701384	-3.08831755695	123.269409734	39.7833080464
43	2.68650065732	-1.2896607115	-1.37954161877	3.6177839648	-0.423495836805	1.41943122236	0.00245459215877	-0.269229937479	-0.105906501572	0.35740816507	-0.114233099256	-0.143136925347	-0.358667297972	0.0849168771	0.0465252185354	0.143205769071	-0.0138772126828	-0.00677590503338	0.173620787239	-0.0112887729783	0.0895400102096	-20.5061499918	143.699832542	49.85492461

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 17 )	A	A	2 - 17	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 18 through 61 )	A	A	18 - 61	17 - 60
3	3	chain 'A' and (resid 62 through 90 )	A	A	62 - 90	61 - 89
4	4	chain 'A' and (resid 91 through 189 )	A	A	91 - 189	90 - 188
5	5	chain 'A' and (resid 190 through 236 )	A	A	190 - 236	189 - 221
6	6	chain 'A' and (resid 237 through 283 )	A	A	237 - 283	222 - 268
7	7	chain 'A' and (resid 284 through 304 )	A	A	284 - 304	269 - 289
8	8	chain 'B' and (resid 2 through 17 )	B	B	2 - 17	1 - 16
9	9	chain 'B' and (resid 18 through 61 )	B	B	18 - 61	17 - 60
10	10	chain 'B' and (resid 62 through 90 )	B	B	62 - 90	61 - 89
11	11	chain 'B' and (resid 91 through 192 )	B	B	91 - 192	90 - 191
12	12	chain 'B' and (resid 193 through 222 )	B	B	193 - 222	192 - 207
13	13	chain 'B' and (resid 223 through 236 )	B	B	223 - 236	208 - 221
14	14	chain 'B' and (resid 237 through 283 )	B	B	237 - 283	222 - 268
15	15	chain 'B' and (resid 284 through 304 )	B	B	284 - 304	269 - 289
16	16	chain 'C' and (resid 2 through 17 )	C	C	2 - 17	1 - 16
17	17	chain 'C' and (resid 18 through 50 )	C	C	18 - 50	17 - 44
18	18	chain 'C' and (resid 51 through 192 )	C	C	51 - 192	45 - 186
19	19	chain 'C' and (resid 193 through 236 )	C	C	193 - 236	187 - 216
20	20	chain 'C' and (resid 237 through 304 )	C	C	237 - 304	217 - 284
21	21	chain 'D' and (resid 1 through 37 )	D	D	1 - 37	1 - 37
22	22	chain 'D' and (resid 38 through 75 )	D	D	38 - 75	38 - 75
23	23	chain 'D' and (resid 76 through 192 )	D	D	76 - 192	76 - 192
24	24	chain 'D' and (resid 193 through 236 )	D	D	193 - 236	193 - 213
25	25	chain 'D' and (resid 237 through 283 )	D	D	237 - 283	214 - 260
26	26	chain 'D' and (resid 284 through 305 )	D	D	284 - 305	261 - 282
27	27	chain 'E' and (resid 2 through 17 )	E	E	2 - 17	1 - 16
28	28	chain 'E' and (resid 18 through 75 )	E	E	18 - 75	17 - 67
29	29	chain 'E' and (resid 76 through 112 )	E	E	76 - 112	68 - 104
30	30	chain 'E' and (resid 113 through 145 )	E	E	113 - 145	105 - 137
31	31	chain 'E' and (resid 146 through 189 )	E	E	146 - 189	138 - 181
32	32	chain 'E' and (resid 190 through 254 )	E	E	190 - 254	182 - 221
33	33	chain 'E' and (resid 255 through 283 )	E	E	255 - 283	222 - 250
34	34	chain 'E' and (resid 284 through 305 )	E	E	284 - 305	251 - 272
35	35	chain 'F' and (resid 2 through 17 )	F	F	2 - 17	1 - 16
36	36	chain 'F' and (resid 18 through 75 )	F	F	18 - 75	17 - 69
37	37	chain 'F' and (resid 76 through 305 )	F	F	76 - 305	70 - 282
38	38	chain 'G' and (resid 2 through 29 )	G	G	2 - 29	1 - 28
39	39	chain 'G' and (resid 30 through 50 )	G	G	30 - 50	29 - 45
40	40	chain 'G' and (resid 51 through 192 )	G	G	51 - 192	46 - 187
41	41	chain 'G' and (resid 193 through 236 )	G	G	193 - 236	188 - 217
42	42	chain 'G' and (resid 237 through 283 )	G	G	237 - 283	218 - 264
43	43	chain 'G' and (resid 284 through 305 )	G	G	284 - 305	265 - 286

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