PDB-7ulb: recombinant Mambalgin-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ulb

タイトル

recombinant Mambalgin-1

要素

Mambalgin-1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / recombinant / alpha neurotoxin / refolded

機能・相同性

: / Snake toxin cobra-type / ion channel regulator activity / Snake toxin-like superfamily / toxin activity / extracellular region / Mambalgin-1

機能・相同性情報

生物種

Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Xu, J. / Lei, X. / Chen, L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of recombinant mambalgin at 2.49 Angstroms resolution.
著者: Xu, J. / Lei, X. / Chen, L.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ulb.cif.gz	135.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ulb.ent.gz	88.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ulb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ulb_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ulb_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	7ulb_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	7ulb_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5du1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mambalgin-1

B: Mambalgin-1

C: Mambalgin-1

D: Mambalgin-1

ヘテロ分子

30.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mambalgin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
7.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mambalgin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mambalgin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Mambalgin-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.984, 80.753, 54.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 13 or resid 15...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 13 or resid 15...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 13 or resid 15...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 1 through 13 or resid 15...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LEU	HIS	A	4 - 16
d_1	2	ens_1	ASP	MET	A	18 - 19
d_1	3	ens_1	PHE	THR	A	21 - 47
d_1	4	ens_1	ASN	ASN	A	49 - 50
d_1	5	ens_1	CYS	ASN	A	52 - 59
d_2	1	ens_1	LEU	HIS	B	4 - 16
d_2	2	ens_1	ASP	MET	B	18 - 19
d_2	3	ens_1	PHE	THR	B	21 - 47
d_2	4	ens_1	ASN	ASN	B	49 - 50
d_2	5	ens_1	CYS	ASN	B	52 - 59
d_3	1	ens_1	LEU	HIS	D	1 - 13
d_3	2	ens_1	ASP	MET	D	15 - 16
d_3	3	ens_1	PHE	THR	D	18 - 44
d_3	4	ens_1	ASN	ASN	D	46 - 47
d_3	5	ens_1	CYS	ASN	D	49 - 56
d_4	1	ens_1	LEU	HIS	E	3 - 15
d_4	2	ens_1	ASP	MET	E	17 - 18
d_4	3	ens_1	PHE	THR	E	20 - 46
d_4	4	ens_1	ASN	ASN	E	48 - 49
d_4	5	ens_1	CYS	ASN	E	51 - 58

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.450527213891, -0.137498336091, -0.882110785058), (-0.309638175743, -0.950802519347, -0.00993827580315), (-0.83734666039, 0.277612637997, -0.470937143957)	-48.8777983698, -23.3973745802, -24.0134095311
2	given	(-0.662740167259, 0.663523586627, 0.347148269032), (0.619937908738, 0.226097368879, 0.751370061352), (0.420062447753, 0.713173492059, -0.561187232759)	-26.5047816977, 6.12071482651, -14.1534913632
3	given	(-0.78573691386, -0.402985446594, 0.469276285392), (-0.435437610496, -0.178482021925, -0.88234814853), (0.439330842945, -0.89763405555, -0.0352351068425)	-36.5725578337, -28.6783061942, -23.7095044256

#1: タンパク質	Mambalgin-1 / Mamb-1 / Pi-Dp1 分子量: 7536.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DKR6
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: rec-Mambalgin-1(122 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0)), 1:1 (v/v) with 0.1 M HEPES, pH 7.0, 32% Jeffamine M600, 0.1 M KSCN, 18 degree centigrade

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.439→80.94 Å / Num. obs: 8923 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 55.19 Å² / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 19.58
反射シェル	解像度: 2.49→2.579 Å / R_merge(I) obs: 0.04624 / Num. unique obs: 880 / CC_1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DU1

5du1

解像度: 2.49→25.42 Å / SU ML: 0.4152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.4832
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2666	901	10.1 %
R_work	0.2174	8016	-
obs	0.2225	8917	94.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→25.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1845	0	15	32	1892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	1888
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1651	2520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0575	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8918	725

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.732152486933
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.03967443867
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.907176899059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.49-2.64	0.3707	146	0.332	1289	X-RAY DIFFRACTION	93.12
2.64-2.85	0.4058	156	0.33	1379	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.85-3.13	0.3143	150	0.2884	1349	X-RAY DIFFRACTION	96.71
3.13-3.58	0.3128	152	0.2285	1347	X-RAY DIFFRACTION	96.59
3.59-4.51	0.212	148	0.1855	1316	X-RAY DIFFRACTION	93.01
4.51-25.42	0.2245	149	0.1741	1336	X-RAY DIFFRACTION	93.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.83653392678	4.99215704023	6.35325368578	5.29145345698	6.01304604322	8.01777284314	-0.767266941765	0.836773800284	-0.0290345411712	-2.11680440081	0.513608633892	-0.565278887963	-1.10237779191	1.041569778	0.201354206389	0.688808090562	-0.100688927861	0.1347568615	0.573004630747	-0.0783911626615	0.512013825562	-11.473083865	-15.6307500045	-36.1947467202
2	6.75656315412	-2.08636389222	-0.304852455353	3.24987965258	1.47877311846	6.0719464267	0.191993855247	0.527642534288	-0.361125662989	0.441912921096	-1.6185717879	1.22583391951	2.3664046304	-2.15818076912	1.06764293286	0.762846089999	-0.203576424125	0.121306842669	0.678760129122	-0.0809776990069	0.597484106929	-16.139571327	-18.6138134469	-29.3655396489
3	2.22647497844	-0.624440076422	-0.208690360339	7.6385455606	-5.34936838666	9.64294550114	-0.811598660332	-0.400486951016	1.04348114428	0.407999699302	0.484027438812	0.125040444945	-1.31734813587	-0.56583094155	0.924639417933	0.484232681446	-0.0158592933375	-0.022602305088	0.465981514461	-0.126110443691	0.592810917702	-8.52821101665	-3.40515326566	-12.4624066747
4	6.14775866092	-2.26745325173	-2.39209904427	6.88969719291	4.58003053513	3.5645173953	0.104936880179	0.00913001769822	-0.892772952834	0.886197656322	-0.669726753263	1.43248380094	0.411793107592	-1.88568166908	0.573709868453	0.712477222248	-0.0722213166923	0.156064614158	0.735160273735	-0.0841694538095	0.696784661561	-17.3867489593	-13.5176222236	-23.2801812518
5	2.39796601398	1.20894786379	1.18256921074	3.42554418621	2.98907475841	6.08720777434	0.234247331081	0.667592246018	0.779743333301	-0.962637577415	-1.61659120331	0.467083016524	-1.09556833862	-1.34413776785	1.27781923442	0.725422789557	0.222974066014	-0.145658958189	1.05473946668	-0.126812049496	0.618590629496	-19.437061906	-12.3469525193	-32.3176455477
6	2.93432151397	4.53124143884	2.18459328531	9.69363380832	3.95596641886	3.53362413669	0.6880610476	-1.34793051057	-0.516673945056	-0.327492003453	-0.360108682497	-1.19656473495	0.0305485778443	-0.29926711722	-0.0410076771271	0.477497117314	0.199440655382	-0.105056281981	1.01634547737	-0.324618932089	0.800886659733	-19.6699775672	-2.44284959448	0.471767680006
7	1.35373540505	0.195267003016	0.586687313349	9.14372758565	6.82356114102	6.15466346462	-0.996913049343	-0.225527056152	0.679609211105	-1.99508324687	1.05774033289	-0.215619943719	-1.49834432739	0.973909156802	-0.192671469423	0.667388825819	0.118227567982	-0.197261916347	0.974550648786	-0.402996157806	1.11536371139	-21.5799606959	-0.222387488187	-3.41856302377
8	4.59706079606	5.14498856587	4.19904814369	5.41221440574	4.5124115798	3.82164945324	0.827105815742	-1.84814328567	1.2143696744	0.669700690814	-1.29494519879	1.25065820274	1.18056419452	0.536284670423	0.780887350604	0.660372811487	0.137564007542	-0.1481240752	0.858854085986	-0.278077349265	0.713798583577	-32.283893226	-5.89901636492	-1.95234898188
9	6.43543422321	-6.35950448703	-0.761676555324	7.7362311626	3.27026159663	4.68480969636	-0.0288388494059	-1.19024701441	0.254484832018	-0.108466789751	-0.231662262086	0.27064519624	2.12303501179	0.667993203393	0.709686860233	0.52974436475	-0.0281148477947	0.00809329518832	0.401802017549	0.065101633117	0.669081816899	-41.2680273413	-17.4795777831	-12.1582865576
10	3.13564577127	0.819374729877	0.222178035562	8.62089170847	3.98938415266	2.89014315498	0.0217947916801	-1.28542390196	1.03587367331	1.74518269791	0.544194537303	0.790238744968	0.151176118814	-0.252051694979	-0.104472452911	0.558222496111	0.152006199584	0.0346686564035	0.957424875392	-0.289184599833	0.783043298063	-34.2114679309	-4.81036670677	-2.21601345203
11	8.05038193677	3.21464384287	4.53174819318	6.08390789273	-0.177429597745	3.23097852762	1.79684905503	-0.97756350382	-0.441255374108	1.79914664828	-1.48823801833	-0.588770552152	2.17591323507	0.233820612723	-0.348549553136	0.85312150856	0.384486158786	-0.382162441243	1.48849786996	-0.182017369306	0.622486354561	-27.2361418526	-6.06356881053	3.75704230619
12	5.60261692119	2.43911929498	3.79338229635	3.0868194606	4.342322118	6.30589276356	1.18640180189	-1.16213792498	0.125605786526	-3.76571818856	-0.908702483279	-1.79982114094	0.88250344018	-1.67133300709	0.804694023476	1.39901350465	0.03006794041	-0.057531999618	0.718835525687	0.412586167641	0.698585215447	-40.0559873156	-31.5244194659	-10.2655546836
13	6.89675227216	-0.624679161698	-3.82200941957	6.99364915192	-3.38830691369	4.15064883303	0.0751521529848	-1.51586079664	-0.344833776644	0.979888076238	0.0900214494385	0.831306990845	0.72045541813	0.277003327647	-0.11493125658	0.958373363631	0.147954809164	-0.124025606001	0.648295673247	0.117579363334	0.516139275684	-42.1979238155	-27.5705285505	-7.66497826922
14	1.98523538824	-9.90745440998	-3.57984770543	8.36430959298	2.01018887033	4.01506462335	-5.20624019057	0.652678884791	-1.93903674163	0.282953543698	1.33176699188	1.19497329969	-1.8070154638	-2.30155687735	2.64253430944	3.00062799047	-0.430338441969	-0.0761815600233	1.5053222425	0.103659159732	0.543647418592	-44.6372130064	-35.0243990706	-19.3983414128
15	4.82557616326	-1.46278980438	-0.823128349575	4.34296934065	3.34630161536	5.82084335158	-0.623315834679	-0.853104828505	-0.15814988646	0.011118317371	1.16931522553	-1.88984586222	1.23343940429	1.6934218646	-0.495493805283	0.783551174824	0.149592191102	0.0833964511792	0.46584427026	-0.028365480285	0.53377700952	-30.0187726605	-17.3182622891	-14.4874948544
16	5.31877706461	5.07722488566	0.549456296906	4.92093110311	0.266079605321	2.20824389538	-0.386375340104	-0.0988825735748	-1.38325233275	-1.50187145748	0.557889162055	-1.67672803677	2.02429643349	0.692844577236	-0.464233487903	0.95164991092	0.159985086687	-0.0406527323959	0.651333294842	-0.0114499036816	0.607672268625	-36.0555807094	-23.2187373034	-14.5850410951
17	7.21428737281	2.49888056939	7.9357222548	3.35218365797	2.09528740011	9.15591578007	-0.0362648222161	0.89721384101	-2.43629244182	-1.41872946082	1.93779073367	-1.20028047125	1.66994713521	1.56138438628	1.03370691202	1.65385311991	0.00233282941398	0.324940642082	0.807195432658	-0.248338231949	0.928579416518	-28.8137741071	-27.3290639003	-21.5648345194
18	0.489922611089	-0.105817856686	0.0138274818309	2.93672605569	-0.551070256864	0.663302612229	-1.16703301306	-1.25026060637	-0.877096319336	-1.44944441834	0.684248783874	-1.95287099541	0.464121505217	0.550706002222	1.03864609806	2.50898185505	0.460684335581	0.662082002062	0.301358518313	0.599477001249	1.0247726601	-32.3088928161	-32.0809886823	-13.4725681801
19	2.13471860581	-1.33587801364	-2.19744828446	8.82360941784	3.5771565084	2.69514180346	-0.847051665666	-0.336976779461	1.32619427389	0.651779868401	0.854261279692	1.40404143091	-2.0402166528	0.141268998624	-0.0557724191626	1.18037004992	-0.0667811919935	-0.229637291338	0.461800534429	-0.045825143907	0.752191451558	-38.2268752099	10.4825354938	-13.860785514
20	8.51217152376	-5.68409625294	-1.28274711182	7.95471719573	0.0151231145651	0.944718266955	-1.34512898883	-3.12823351804	0.739847994544	0.794338996662	0.944444050324	-0.482043672275	-1.98592585772	1.54897937674	0.165387750484	1.39680311779	0.00886462528715	-0.625077743981	1.05080031165	-0.229743489552	1.32389016737	-29.7617278314	13.0128481075	-6.63386620379
21	3.78362356604	4.63291815592	5.62771393424	6.19770072772	7.19753380774	8.61943384007	-0.31900927473	0.459869785451	0.617977716681	-2.46984940435	-0.590560858122	-1.78533214503	-2.69965353014	1.74399401314	0.650780048322	0.827413923017	-0.31407032815	-0.0133797049553	0.829718497988	0.0261091325129	0.579563091994	-30.3431114862	2.93936063872	-18.5148761205
22	8.73478481385	-0.258094951075	3.13778472014	3.06778538142	4.25276842695	8.6340325638	0.298981029913	-0.0448995959284	-0.778549729328	-1.49256928134	1.54812190699	-0.247112246469	0.0978468415759	1.96106375118	-1.29821519545	0.513534397023	0.0235874694597	0.0684060844093	0.632268433117	-0.0488264212751	0.518735000472	-34.7690535706	-13.3595040285	-24.2445035743
23	5.15070193083	2.66707586109	3.70250738212	8.29852982903	4.57650198405	3.56509203075	-0.56719577258	-0.212371719047	2.09916455446	0.192907507059	-0.369544059229	-0.158194153242	-0.659779119808	-0.191032409809	0.712754144709	0.574777881723	-0.0475019608859	-0.0765632351337	0.48335772234	-0.158518585934	0.642872319608	-33.4285525099	1.03355091828	-15.9342388208
24	9.85367842071	-2.1855837051	-4.54792065437	3.87789837075	-2.83952761415	6.35747368665	-0.208278690409	0.0622052197819	1.1663309375	0.39792960219	1.16802874273	-0.567036326834	-0.505937597166	-0.280601850169	-0.737032223632	0.72201460377	-0.195562406984	0.163871162047	0.970203243075	-0.305726519372	1.19109945357	-23.8119284984	2.79093295795	-20.0578085428
25	1.16379078889	2.73021854866	1.05338627674	9.05663028729	-1.33958993003	8.1098551801	-0.760734554133	0.764290365106	-0.632024903853	-0.90848701804	1.16000001733	-0.80631133536	-2.04741179224	0.680723599188	-0.268910749799	1.07904929581	-0.380263031789	-0.131312226408	0.845879169142	-0.0674733348041	0.766607715917	-32.1919402361	10.0059433362	-20.4451613104

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -2 through 11 )	A	A	-2 - 11	1 - 14
2	2	chain 'A' and (resid 12 through 24 )	A	A	12 - 24	15 - 27
3	3	chain 'A' and (resid 25 through 31 )	A	A	25 - 31	28 - 34
4	4	chain 'A' and (resid 32 through 46 )	A	A	32 - 46	35 - 49
5	5	chain 'A' and (resid 47 through 56 )	A	A	47 - 56	50 - 59
6	6	chain 'B' and (resid -2 through 5 )	B	B	-2 - 5	1 - 8
7	7	chain 'B' and (resid 6 through 17 )	B	B	6 - 17	9 - 20
8	8	chain 'B' and (resid 18 through 24 )	B	B	18 - 24	21 - 27
9	9	chain 'B' and (resid 25 through 31 )	B	B	25 - 31	28 - 34
10	10	chain 'B' and (resid 32 through 46 )	B	B	32 - 46	35 - 49
11	11	chain 'B' and (resid 47 through 57 )	B	B	47 - 57	50 - 60
12	12	chain 'C' and (resid 1 through 5 )	C	D	1 - 5	1 - 5
13	13	chain 'C' and (resid 6 through 11 )	C	D	6 - 11	6 - 11
14	14	chain 'C' and (resid 12 through 17 )	C	D	12 - 17	12 - 17
15	15	chain 'C' and (resid 18 through 31 )	C	D	18 - 31	18 - 31
16	16	chain 'C' and (resid 32 through 38 )	C	D	32 - 38	32 - 38
17	17	chain 'C' and (resid 39 through 45 )	C	D	39 - 45	39 - 45
18	18	chain 'C' and (resid 46 through 56 )	C	D	46 - 56	46 - 56
19	19	chain 'D' and (resid -1 through 11 )	D	E	-1 - 11	1 - 13
20	20	chain 'D' and (resid 12 through 17 )	D	E	12 - 17	14 - 19
21	21	chain 'D' and (resid 18 through 24 )	D	E	18 - 24	20 - 26
22	22	chain 'D' and (resid 25 through 31 )	D	E	25 - 31	27 - 33
23	23	chain 'D' and (resid 32 through 38 )	D	E	32 - 38	34 - 40
24	24	chain 'D' and (resid 39 through 46 )	D	E	39 - 46	41 - 48
25	25	chain 'D' and (resid 47 through 57 )	D	E	47 - 57	49 - 59

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)