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- PDB-7ujl: Bacteriophage Lambda Red-Beta N-terminal domain helical assembly ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ujl
タイトルBacteriophage Lambda Red-Beta N-terminal domain helical assembly in complex with dsDNA
要素
  • Complementary DNA
  • Recombination protein bet
  • Template DNA
キーワードRECOMBINATION/DNA / Annealase / Synaptase / SSAP / Single-strand annealing protein / DNA annealing intermediate / Recombinase / Two-component recombinase / Viral / DNA-binding / RECOMBINATION-DNA complex
機能・相同性Bacteriophage lambda, Recombination protein bet / RecT family / RecT family / DNA recombination / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / Recombination protein bet
機能・相同性情報
生物種Escherichia virus Lambda (ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Newing, T.P. / Tolun, G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1184012 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Redβ annealase structure reveals details of oligomerization and λ Red-mediated homologous DNA recombination.
著者: Timothy P Newing / Jodi L Brewster / Lucy J Fitschen / James C Bouwer / Nikolas P Johnston / Haibo Yu / Gökhan Tolun /
要旨: The Redβ protein of the bacteriophage λ red recombination system is a model annealase which catalyzes single-strand annealing homologous DNA recombination. Here we present the structure of a ...The Redβ protein of the bacteriophage λ red recombination system is a model annealase which catalyzes single-strand annealing homologous DNA recombination. Here we present the structure of a helical oligomeric annealing intermediate of Redβ, consisting of N-terminal residues 1-177 bound to two complementary 27mer oligonucleotides, determined via cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to a final resolution of 3.3 Å. The structure reveals a continuous binding groove which positions and stabilizes complementary DNA strands in a planar orientation to facilitate base pairing via a network of hydrogen bonding. Definition of the inter-subunit interface provides a structural basis for the propensity of Redβ to oligomerize into functionally significant long helical filaments, a trait shared by most annealases. Our cryo-EM structure and molecular dynamics simulations suggest that residues 133-138 form a flexible loop which modulates access to the binding groove. More than half a century after its discovery, this combination of structural and computational observations has allowed us to propose molecular mechanisms for the actions of the model annealase Redβ, a defining member of the Redβ/RecT protein family.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination protein bet
B: Template DNA
C: Complementary DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8713
ポリマ－37,8713
非ポリマー00
水00
1
A: Recombination protein bet
B: Template DNA
C: Complementary DNA
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,272,241180
ポリマ－2,272,241180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 60 / Rise per n subunits: 2.078 Å / Rotation per n subunits: -12.947 °)

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要素

#1: タンパク質 Recombination protein bet / Red-beta annealase


分子量: 21275.008 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-177) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia virus Lambda (ウイルス)
遺伝子: bet, betA, red-beta, redB / プラスミド: pET24a
詳細 (発現宿主): pET24a containing the truncated N-terminal 177-residue fragment of the bet gene followed by a SSHHHHHH tag under the control of the lac repressor system
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03698
#2: DNA鎖 Template DNA


分子量: 8244.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 Complementary DNA


分子量: 8351.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1RedBeta177 oligomeric helical assembly bound to two complementary 27mer ssDNA oligonucleotidesCOMPLEXHelical complex assembled through sequential addition of complementary oligonucleotides in a controlled environmentall0MULTIPLE SOURCES
2Red-beta annealase N-terminal domainCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Template ssDNACOMPLEX27mer ssDNA oligonucleotide#21RECOMBINANT
4Complementary ssDNACOMPLEX27mer ssDNA oligonucleotide#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11114.18 kDa/nmNO
21102.26 kDa/nmNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia virus Lambda (ウイルス)10710
33Escherichia coli (大腸菌)562
34Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008pET24a
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMpotassium phosphateKH2PO41
25 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 59500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4710
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / 詳細: Installed but not used
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC3CTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3初期オイラー角割当
11cryoSPARC3最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13cryoSPARC3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -12.947 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.078 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 922280
詳細: 922280 particles were initially selected using cryoSPARC filament tracing
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26525 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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