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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ujl | ||||||
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タイトル | Bacteriophage Lambda Red-Beta N-terminal domain helical assembly in complex with dsDNA | ||||||
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![]() | RECOMBINATION/DNA / Annealase / Synaptase / SSAP / Single-strand annealing protein / DNA annealing intermediate / Recombinase / Two-component recombinase / Viral / DNA-binding / RECOMBINATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | Bacteriophage lambda, Recombination protein bet / RecT family / RecT family / DNA recombination / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / Recombination protein bet![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Newing, T.P. / Tolun, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Redβ annealase structure reveals details of oligomerization and λ Red-mediated homologous DNA recombination. 著者: Timothy P Newing / Jodi L Brewster / Lucy J Fitschen / James C Bouwer / Nikolas P Johnston / Haibo Yu / Gökhan Tolun / ![]() 要旨: The Redβ protein of the bacteriophage λ red recombination system is a model annealase which catalyzes single-strand annealing homologous DNA recombination. Here we present the structure of a ...The Redβ protein of the bacteriophage λ red recombination system is a model annealase which catalyzes single-strand annealing homologous DNA recombination. Here we present the structure of a helical oligomeric annealing intermediate of Redβ, consisting of N-terminal residues 1-177 bound to two complementary 27mer oligonucleotides, determined via cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to a final resolution of 3.3 Å. The structure reveals a continuous binding groove which positions and stabilizes complementary DNA strands in a planar orientation to facilitate base pairing via a network of hydrogen bonding. Definition of the inter-subunit interface provides a structural basis for the propensity of Redβ to oligomerize into functionally significant long helical filaments, a trait shared by most annealases. Our cryo-EM structure and molecular dynamics simulations suggest that residues 133-138 form a flexible loop which modulates access to the binding groove. More than half a century after its discovery, this combination of structural and computational observations has allowed us to propose molecular mechanisms for the actions of the model annealase Redβ, a defining member of the Redβ/RecT protein family. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26566MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
2 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 60 / Rise per n subunits: 2.078 Å / Rotation per n subunits: -12.947 °) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21275.008 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-177) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: bet, betA, red-beta, redB / プラスミド: pET24a 詳細 (発現宿主): pET24a containing the truncated N-terminal 177-residue fragment of the bet gene followed by a SSHHHHHH tag under the control of the lac repressor system 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 8244.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: DNA鎖 | 分子量: 8351.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K 詳細: Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 59500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4710 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / 詳細: Installed but not used |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -12.947 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.078 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 922280 詳細: 922280 particles were initially selected using cryoSPARC filament tracing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26525 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |