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万見
- PDB-7ujj: Stx2a and DARPin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ujj
タイトルStx2a and DARPin complex
要素
  • (Shiga-like toxin 2 subunit ...) x 2
  • DARPin
キーワードANTITOXIN / DARPin / shiga toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated modulation of host virulence / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Enterotoxin / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / FORMIC ACID / Shiga-like toxin 2 subunit A / Shiga-like toxin 2 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Synthetic construct (人工物)
Escherichia phage 933W (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Jiang, M. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationA1863 米国
引用ジャーナル: Bioengineering (Basel) / 年: 2022
タイトル: A Multi-Specific DARPin Potently Neutralizes Shiga Toxin 2 via Simultaneous Modulation of Both Toxin Subunits.
著者: Yu Zeng / Mengqiu Jiang / Sally Robinson / Zeyu Peng / Vikas Chonira / Rudo Simeon / Saul Tzipori / Junjie Zhang / Zhilei Chen /
要旨: Shiga toxin-producing (STEC) is a common cause of bloody diarrhea. The pathology of STEC infection derives from two exotoxins-Shiga toxin 1 (Stx1) and Shiga toxin 2 (Stx2)-that are secreted by STEC ...Shiga toxin-producing (STEC) is a common cause of bloody diarrhea. The pathology of STEC infection derives from two exotoxins-Shiga toxin 1 (Stx1) and Shiga toxin 2 (Stx2)-that are secreted by STEC in the gut, from where they are systemically absorbed, causing severe kidney damage leading to hemolytic uremic syndrome (HUS). Currently, there is no effective treatment for HUS, and only supportive care is recommended. We report the engineering of a panel of designed ankyrin repeat proteins (DARPin) with potent neutralization activity against Stx2a, the major subtype associated with HUS. The best dimeric DARPin, SD5, created via a combination of directed evolution and rational design, neutralizes Stx2a with a half maximal effective concentration (EC) of 0.61 nM The two monomeric DARPin constituents of SD5 exhibit complementary functions-SHT targets the enzymatic A subunit of Stx2a and inhibits the toxin's catalytic activity, while DARPin #3 binds the B subunit, based on the cryo-EM study, and induces a novel conformational change in the B subunit that distorts its five-fold symmetry and presumably interferes with toxin attachment to target cells. SD5 was fused to an albumin-binding DARPin, and the resulting trimeric DARPin DA1-SD5 efficiently protects mice in a toxin challenge model, pointing to a high potential of this DARPin as a therapeutic for STEC infection. Finally, the unprecedented toxin conformational change induced by DARPin #3 represents a novel mode of action for neutralizing Stx2 toxicity and reveals new targets for future drug development.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DARPin
A: Shiga-like toxin 2 subunit A
B: Shiga-like toxin 2 subunit B
C: Shiga-like toxin 2 subunit B
D: Shiga-like toxin 2 subunit B
E: Shiga-like toxin 2 subunit B
F: Shiga-like toxin 2 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,13536
ポリマ－92,2157
非ポリマー1,92129
水9,206511
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 G

#1: タンパク質 DARPin


分子量: 19863.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)

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Shiga-like toxin 2 subunit ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#2: タンパク質 Shiga-like toxin 2 subunit A / SLT-2 A subunit / SLT-2a / SLT-IIa / Verocytotoxin 2 subunit A / Verotoxin 2 subunit A / rRNA N-glycosidase 2


分子量: 33228.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage 933W (ファージ)
遺伝子: stxA2, stx2A, L0103
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P09385, rRNA N-glycosylase
#3: タンパク質
Shiga-like toxin 2 subunit B / SLT-2 B subunit / SLT-2b / SLT-IIb / Verocytotoxin 2 subunit B / Verotoxin 2 subunit B


分子量: 7824.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage 933W (ファージ)
遺伝子: stxB2, stx2B, L0104
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P09386

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非ポリマー , 5種, 540分子

#4: 化合物
ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS


分子量: 201.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3S
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of stx2 and DARPinCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Shiga-like toxin 2 subunit ACOMPLEX1RECOMBINANT
3Shiga-like toxin 2 subunit BCOMPLEX2RECOMBINANT
4DARPinCOMPLEX3RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia phage 933W (ファージ)10730
31Escherichia phage 933W (ファージ)10730
41Synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)1182032
33Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)1182032
44Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)1182032
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108744 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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