PDB-7uj6: Outer Surface Protein C Type K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uj6

タイトル

Outer Surface Protein C Type K

要素

Outer surface protein C

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Outer Surface Protein Borrelia Burgdorferi

機能・相同性

Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Outer surface protein C

機能・相同性情報

生物種

Borreliella burgdorferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Structural Elucidation of a Protective B Cell Epitope on Outer Surface Protein C (OspC) of the Lyme Disease Spirochete, Borreliella burgdorferi.
著者: Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Haque, H.M.E. / Weis, D.D. / Vance, D.J. / Piazza, C.L. / Ejemel, M. / Cavacini, L. / Wang, Y. / Mbow, M.L. / Gilmore, R.D. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2022年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uj6.cif.gz	258 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uj6.ent.gz	209.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7uj6_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uj6_full_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示
XML形式データ	7uj6_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	7uj6_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/7uj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/7uj6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7uijC 7uj2C 1ggqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer surface protein C

B: Outer surface protein C

C: Outer surface protein C

D: Outer surface protein C

70.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer surface protein C

B: Outer surface protein C

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Outer surface protein C

D: Outer surface protein C

ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.316, 52.343, 116.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 42 through 67 or resid 69...
2	1	(chain B and (resid 42 through 67 or resid 69...
3	1	(chain C and (resid 42 through 67 or resid 69...
4	1	(chain D and (resid 42 through 67 or resid 69...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain A and (resid 42 through 67 or resid 69...	A	A	42 - 67	5 - 30
1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	(chain A and (resid 42 through 67 or resid 69...	A	A	69 - 95	32 - 58
1	3	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain A and (resid 42 through 67 or resid 69...	A	A	97 - 115	60 - 78
1	4	GLU	GLU	ALA	ALA	(chain A and (resid 42 through 67 or resid 69...	A	A	119 - 144	82 - 107
1	5	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain A and (resid 42 through 67 or resid 69...	A	A	42 - 197	5 - 160
1	6	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain A and (resid 42 through 67 or resid 69...	A	A	151 - 166	114 - 129
1	7	ASP	ASP	VAL	VAL	(chain A and (resid 42 through 67 or resid 69...	A	A	168 - 196	131 - 159
2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain B and (resid 42 through 67 or resid 69...	B	B	42 - 67	5 - 30
2	2	ILE	ILE	GLY	GLY	(chain B and (resid 42 through 67 or resid 69...	B	B	69 - 95	32 - 58
2	3	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain B and (resid 42 through 67 or resid 69...	B	B	97 - 115	60 - 78
2	4	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain B and (resid 42 through 67 or resid 69...	B	B	42 - 196	5 - 159
2	5	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain B and (resid 42 through 67 or resid 69...	B	B	151 - 166	114 - 129
2	6	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain B and (resid 42 through 67 or resid 69...	B	B	151 - 166	114 - 129
2	7	ASP	ASP	VAL	VAL	(chain B and (resid 42 through 67 or resid 69...	B	B	168 - 196	131 - 159
3	1	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain C and (resid 42 through 67 or resid 69...	C	C	42 - 67	5 - 30
3	2	ILE	ILE	GLY	GLY	(chain C and (resid 42 through 67 or resid 69...	C	C	69 - 95	32 - 58
3	3	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain C and (resid 42 through 67 or resid 69...	C	C	97 - 144	60 - 107
3	4	LEU	LEU	GLU	GLU	(chain C and (resid 42 through 67 or resid 69...	C	C	146 - 149	109 - 112
3	5	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain C and (resid 42 through 67 or resid 69...	C	C	151 - 166	114 - 129
3	6	ASP	ASP	VAL	VAL	(chain C and (resid 42 through 67 or resid 69...	C	C	168 - 196	131 - 159
4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain D and (resid 42 through 67 or resid 69...	D	D	42 - 67	5 - 30
4	2	ILE	ILE	GLY	GLY	(chain D and (resid 42 through 67 or resid 69...	D	D	69 - 95	32 - 58
4	3	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain D and (resid 42 through 67 or resid 69...	D	D	97 - 144	60 - 107
4	4	LEU	LEU	GLU	GLU	(chain D and (resid 42 through 67 or resid 69...	D	D	146 - 149	109 - 112
4	5	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain D and (resid 42 through 67 or resid 69...	D	D	151 - 166	114 - 129
4	6	ASP	ASP	VAL	VAL	(chain D and (resid 42 through 67 or resid 69...	D	D	168 - 196	131 - 159

#1: タンパク質	Outer surface protein C 分子量: 17651.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Type K 由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア) 株: 297 / 遺伝子: ospC, Bbu297_B19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4QRR2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 40% PEG 400, 200 mM Li2SO4, 10 mM 2-Aminoethanesulfonic acid.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 45203 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.149 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.165 / Χ²: 1.149 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 237937

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	5	1.311	2233	0.535	0.639	1.464	0.327	99.2
1.98-2.02	5.3	1.017	2287	0.63	0.49	1.133	0.354	98.7
2.02-2.06	5.5	0.855	2274	0.785	0.407	0.95	0.388	99
2.06-2.1	5.5	0.692	2277	0.826	0.328	0.768	0.427	98.8
2.1-2.15	5.6	0.574	2210	0.884	0.27	0.636	0.467	98.7
2.15-2.2	5.6	0.49	2326	0.904	0.231	0.543	0.485	98.9
2.2-2.25	5.5	0.401	2260	0.898	0.193	0.446	0.591	98.5
2.25-2.31	5.4	0.334	2259	0.947	0.16	0.372	0.653	98.6
2.31-2.38	5.3	0.277	2295	0.957	0.137	0.311	0.686	99
2.38-2.46	5.2	0.251	2237	0.969	0.124	0.281	0.773	98.7
2.46-2.54	5	0.227	2293	0.967	0.112	0.254	0.808	98.5
2.54-2.65	4.8	0.203	2250	0.97	0.101	0.228	0.953	97.5
2.65-2.77	4.2	0.162	2204	0.97	0.087	0.185	1.203	95.5
2.77-2.91	5.2	0.155	2290	0.984	0.075	0.173	1.381	98.6
2.91-3.1	5.5	0.135	2254	0.987	0.063	0.15	1.748	97.6
3.1-3.33	5.5	0.108	2269	0.991	0.05	0.119	2.159	98.4
3.33-3.67	5.4	0.089	2252	0.993	0.041	0.098	2.436	97.1
3.67-4.2	5	0.072	2200	0.994	0.035	0.081	2.487	94.8
4.2-5.29	4.6	0.064	2147	0.994	0.032	0.072	2.435	90.1
5.29-50	6	0.054	2386	0.998	0.024	0.059	2.317	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GGQ

1ggq

解像度: 1.951→39.782 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	2184	4.84 %
R_work	0.1929	42973	-
obs	0.1945	45157	97.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.96 Å² / B_iso mean: 44.7944 Å² / B_iso min: 13.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.951→39.782 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4656	0	0	358	5014
B_iso mean	-	-	-	41.28	-
残基数	-	-	-	-	621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.517	6332
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	786
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.497	2992

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2765	X-RAY DIFFRACTION	8.159	TORSIONAL
1	2	B	2765	X-RAY DIFFRACTION	8.159	TORSIONAL
1	3	C	2765	X-RAY DIFFRACTION	8.159	TORSIONAL
1	4	D	2765	X-RAY DIFFRACTION	8.159	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9511-1.9935	0.3106	152	0.2653	2648	98
1.9935-2.0399	0.2615	146	0.2295	2675	99
2.0399-2.0909	0.2225	142	0.2095	2732	98
2.0909-2.1474	0.2221	134	0.192	2626	99
2.1474-2.2106	0.2379	154	0.1891	2722	99
2.2106-2.2819	0.2663	121	0.1859	2716	99
2.2819-2.3635	0.236	121	0.1869	2701	99
2.3635-2.4581	0.2309	143	0.1855	2694	99
2.4581-2.5699	0.2242	149	0.199	2679	98
2.5699-2.7054	0.2499	109	0.2002	2695	97
2.7054-2.8749	0.2393	118	0.1917	2683	97
2.8749-3.0968	0.2732	139	0.1988	2718	98
3.0968-3.4082	0.241	121	0.1913	2691	98
3.4082-3.9011	0.2015	143	0.1725	2684	97
3.9011-4.9135	0.1931	151	0.1774	2540	92
4.9135-39.782	0.2167	141	0.2041	2769	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6415	0.5746	0.9475	2.0401	0.3402	5.4004	-0.2283	-0.8039	0.0414	0.7709	-0.0405	-0.2724	-0.0401	0.1275	0.254	0.4151	0.0544	-0.0139	0.4643	0.0156	0.2683	21.8257	-53.8934	36.9786
2	3.157	0.3525	-0.7736	3.8299	-1.1038	2.8587	-0.0157	-0.1897	0.0679	0.1552	-0.0215	-0.2528	0.0555	0.021	0.0459	0.0759	-0.0119	-0.0344	0.172	0.0033	0.3226	21.5629	-52.1222	17.774
3	3.5485	0.7082	-2.4381	4.2182	-1.2767	4.6963	0.1052	-0.5776	-0.5912	0.7696	-0.2586	-0.0344	0.898	0.007	0.2456	0.3648	-0.0759	-0.0011	0.2703	0.1123	0.4591	13.6366	-65.256	25.0109
4	4.3753	-2.2285	-1.8872	5.7434	2.5338	7.7156	0.0798	0.4059	-0.4178	0.0497	-0.2419	0.122	0.0379	-0.3959	0.1551	0.0866	-0.0393	-0.0151	0.1754	-0.0051	0.2993	11.6333	-54.3038	9.3685
5	4.3947	1.2876	3.3441	3.8731	2.2455	2.6545	-0.1751	-1.3298	-0.1294	1.0554	-0.0379	0.1445	0.2306	-1.1538	0.2578	0.4584	0.0472	0.0371	0.5379	0.0591	0.3095	12.2694	-55.7724	36.1063
6	2.8856	-0.2787	-0.8922	3.152	-0.0858	2.3218	-0.1027	-1.0218	0.2473	0.793	-0.0374	0.2039	-0.0681	0.2131	0.2409	0.3947	-0.009	0.0018	0.6018	-0.1254	0.414	26.6664	-47.9092	37.1341
7	5.4454	6.0429	0.1565	9.165	-1.6553	2.0621	-0.1962	0.5108	-0.5852	-0.4225	0.0164	-0.0164	0.4437	0.035	0.111	0.1947	-0.0257	0.0498	0.2415	-0.101	0.4507	25.8413	-59.6417	7.0345
8	4.5831	1.9218	2.6396	3.1884	1.9981	8.4371	0.0358	-0.3126	0.8331	0.2083	-0.1455	0.0669	-0.3004	-0.2172	0.2002	0.1397	0.0117	-0.0116	0.1692	-0.0354	0.4722	25.3857	-41.2578	20.9974
9	3.4814	1.8594	4.0437	8.1841	0.8979	4.9239	-0.371	-2.1453	1.0701	2.3656	-0.032	-0.1564	-1.6355	0.7512	0.3277	0.981	-0.0883	0.0205	1.4078	-0.384	0.475	30.4808	-35.7745	41.832
10	1.6712	0.0402	-0.6868	0.98	-0.4759	4.3463	0.1151	-0.4307	0.466	0.2044	0.2208	-0.1003	-1.2221	0.525	-0.3088	0.3065	-0.0231	-0.0164	0.2905	-0.1409	0.6306	34.299	-35.7127	25.8289
11	2.2662	-0.6823	-3.9859	2.2818	-0.4947	8.43	0.1777	0.4891	1.0015	-0.4849	-0.161	0.3253	-0.3305	-0.3406	-0.0982	0.1358	0.0395	0.0195	0.228	0.1062	0.5014	31.4118	-42.1356	4.435
12	3.1209	2.0892	2.561	2.4181	-0.6701	9.0163	-0.0653	0.1242	0.1937	-0.0522	-0.1788	-0.5835	0.2229	0.9097	0.0718	0.1429	0.0039	0.0184	0.2251	0.0269	0.5452	39.0023	-47.6183	12.3504
13	5.9952	1.391	-6.791	4.8079	-2.3733	6.967	-0.3138	-1.7234	0.2441	1.046	-0.0287	-0.002	0.3131	2.1115	0.2275	0.4293	0.0874	-0.0644	0.6722	-0.1174	0.5097	36.2315	-45.6303	35.2239
14	2.7881	0.1561	0.4064	3.0722	0.3841	2.5738	-0.0488	-0.8691	0.1125	1.0395	-0.2487	0.0938	0.3257	-0.0701	0.2778	0.5884	0.0072	0.0539	0.4009	-0.0532	0.3276	-6.2926	-21.2181	37.521
15	7.7805	-3.2699	1.441	1.8615	-0.6098	2.1376	-0.4091	0.5561	-0.2956	-0.5814	0.3091	-0.9619	-0.6212	0.4624	0.0147	0.0391	-0.0183	0.1374	0.2519	-0.0534	0.6427	7.8226	-21.698	8.0747
16	5.448	-1.8381	-4.5106	3.5966	2.7627	4.1558	-0.1594	-0.0147	-0.1902	0.3538	-0.1249	0.3508	0.5629	-0.3402	0.2975	0.2131	-0.0344	0.0315	0.1688	-0.0294	0.3385	-11.5634	-22.2691	20.6161
17	6.5378	-1.7602	-2.7244	6.5654	6.8106	8.0577	-0.1875	-1.9391	-0.1965	2.3354	-0.7849	1.5924	0.9409	-1.7316	0.9543	0.7479	0.0338	0.0884	0.8673	-0.0898	0.5145	-17.4604	-16.5719	40.4483
18	2.9086	-0.6995	-1.2547	3.4056	0.736	4.3655	0.0384	-0.2343	0.2796	0.5349	-0.1196	0.4145	0.0336	-1.0056	0.1168	0.2315	-0.0126	0.0645	0.2504	-0.0756	0.5098	-17.3527	-13.3057	25.0477
19	1.5099	0.6562	0.0207	5.0325	3.4569	6.6738	-0.0038	0.0624	0.4343	-0.2184	-0.1738	0.197	-0.3583	-0.2335	0.0979	0.1357	0.0232	0.0026	0.1562	0.0141	0.4191	-6.5827	-11.3783	9.6723
20	2.9322	-0.3823	1.6772	4.2771	-2.9402	2.6407	-0.1415	-0.7743	0.0599	1.4791	-0.2635	0.0601	-1.3432	0.1296	0.3669	0.5782	-0.0135	0.0334	0.4206	-0.0826	0.3645	-7.7577	-12.2075	38.5777
21	3.4908	0.3762	1.6779	3.0441	1.7905	8.0192	-0.2356	-0.7938	0.2435	0.9275	-0.3796	0.162	0.1577	-0.6771	0.4938	0.4783	0.0211	-0.014	0.3186	-0.0104	0.3541	-0.5171	-26.3306	37.0429
22	4.3739	0.0061	2.0219	2.8345	-0.7003	4.1493	-0.0162	-0.1814	0.1267	0.2305	-0.0812	-0.1252	-0.0787	-0.0564	0.0813	0.1981	0.0016	0.0292	0.0733	-0.0445	0.3293	-0.8223	-26.1084	17.6715
23	2.7479	-0.4339	-0.2945	3.1287	0.6856	2.4029	0.0138	-0.3784	-0.0994	0.8062	0.3125	-0.7544	0.284	0.8326	-0.2784	0.3395	0.0594	-0.1576	0.2942	-0.04	0.6446	11.9446	-34.1361	26.2609
24	4.8871	0.1321	-1.7142	2.6682	-1.9684	8.7689	-0.1348	0.0147	-0.547	-0.1265	-0.0551	-0.3994	0.2563	0.016	0.1433	0.1443	0.0157	0.0156	0.1147	-0.0504	0.4163	2.3266	-35.9289	9.7725
25	5.0233	-1.369	-3.624	3.6182	3.0108	3.4537	-0.4424	-0.9514	-0.3844	1.7809	-0.0477	-0.0914	1.4707	0.3385	0.6296	0.8686	0.0241	-0.0306	0.3911	0.0546	0.3892	0.9591	-35.2554	38.739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 75 )	A	42 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 121 )	A	76 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 141 )	A	122 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 170 )	A	142 - 170
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 171 through 197 )	A	171 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 75 )	B	42 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 94 )	B	76 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 95 through 113 )	B	95 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 114 through 121 )	B	114 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 122 through 141 )	B	122 - 141
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 142 through 152 )	B	142 - 152
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 153 through 170 )	B	153 - 170
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 171 through 196 )	B	171 - 196
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 41 through 75 )	C	41 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 76 through 94 )	C	76 - 94
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 95 through 113 )	C	95 - 113
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 114 through 121 )	C	114 - 121
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 122 through 141 )	C	122 - 141
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 142 through 170 )	C	142 - 170
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 171 through 200 )	C	171 - 200
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 42 through 75 )	D	42 - 75
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 76 through 121 )	D	76 - 121
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 122 through 141 )	D	122 - 141
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 142 through 170 )	D	142 - 170
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 171 through 200 )	D	171 - 200

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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