PDB-7uii: Cryo-EM of self-assembled cannula CanA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uii

タイトル

Cryo-EM of self-assembled cannula CanA

要素

CanA

キーワード

PROTEIN FIBRIL / self-assemble / cannula / helical tube / donor strand

生物種

Pyrodictium abyssi (古細菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Wang, F. / Miller, J.G. / Egelman, E.H. / Conticello, V.P.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	NSF-DMR-1533958	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM122510	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	K99GM138756	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM of self-assembled cannula CanA
著者: Wang, F. / Miller, J.G. / Egelman, E.H. / Conticello, V.P.

履歴

登録	2022年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uii.cif.gz	45.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uii.ent.gz	31.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uii_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uii_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7uii_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	7uii_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7uii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7uii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26546MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

a: CanA

ヘテロ分子

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

a: CanA

ヘテロ分子

x 93

representative helical assembly
根拠: microscopy
1.87 MDa, 93 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
helical asymmetric unit

3

登録構造と同一
helical asymmetric unit, std helical frame

対称性

らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 93 / Rise per n subunits: 1.59 Å / Rotation per n subunits: -173.747 °)

#1: タンパク質	CanA 分子量: 19989.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrodictium abyssi (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: CanA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Pyrodictium abyssi (古細菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -173.747 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.59 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 659059 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	80360
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.59	109816
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.793	10696
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.051	12880
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	14112

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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