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- PDB-7uid: Thyclotides peptide nucleic acid in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uid
タイトルThyclotides peptide nucleic acid in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
  • Thyclotide
キーワードDNA/PEPTIDE NUCLEIC ACID / thyclotides / peptide nucleic acid / PNA / PEPTIDE NUCLEIC ACID-DNA complex / DNA-PEPTIDE NUCLEIC ACID complex
機能・相同性DNA / PEP_NUC
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Botos, I. / Appella, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)ZIA-DK031143 米国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Variation of Tetrahydrofurans in Thyclotides Enhances Oligonucleotide Binding and Cellular Uptake of Peptide Nucleic Acids.
著者: Zheng, H. / Clausse, V. / Amarasekara, H. / Mazur, S.J. / Botos, I. / Appella, D.H.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 3.02025年7月2日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
B: Thyclotide
D: Thyclotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,11412
ポリマ－11,6514
非ポリマー4638
水2,810156
1
A: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
B: Thyclotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0576
ポリマ－5,8262
非ポリマー2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
D: Thyclotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0576
ポリマ－5,8262
非ポリマー2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.286, 64.098, 71.244
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')


分子量: 2794.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: Peptide nucleic acid Thyclotide


分子量: 3030.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10% PEG 3350, 200mM Zinc Acetate, 100mM Sodium Acetate, pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月15日 / 詳細: VariMAX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.62 Å / Num. obs: 8493 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / Num. unique obs: 622 / CC1/2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDS2021データ削減
XDS2021データスケーリング
AutoSol1.19位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→35.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.264 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2646 443 -RANDOM
Rwork0.2321 ---
obs0.2339 8482 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0091 Å20 Å20 Å2
2--0.6524 Å20 Å2
3----2.6615 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 372 426 156 954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0121172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.091922HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d206SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes70HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it876HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion54SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact903SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion29.65
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 22 -
Rwork0.2368 --
obs0.2372 386 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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