+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ui8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Intramolecular ester bond-containing repeat domain from E. columbae adhesin (split and religated) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | CELL ADHESION / Repeat domain / adhesin / intramolecular ester bond / Ig-like fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() T-Q ester bond containing domain / T-Q ester bond containing domain / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Cna protein B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wardega, J.K. / Squire, C.J. / Young, P.G. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Intramolecular ester bond-containing repeat domain from E. columbae adhesin (split and religated) 著者: Wardega, J.K. / Squire, C.J. / Young, P.G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 26.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 430.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ni6S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13678.986 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal portion of domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: I568_02374 / プラスミド: pPROEXT-HTa / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2649.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: complementary strand to complete split domain chain A 由来: (合成) ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 3.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95366 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.37→45.44 Å / Num. obs: 8323 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.54 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 17.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 206 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.593 / Χ2: 0.43 / % possible all: 94.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4NI6 解像度: 2.373→40.003 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.298 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.229 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.756 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.373→40.003 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
|