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万見
- PDB-7ui8: Intramolecular ester bond-containing repeat domain from E. columb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ui8
タイトルIntramolecular ester bond-containing repeat domain from E. columbae adhesin (split and religated)
要素
  • GLY-ASP-THR-LYS-HIS-GLU-VAL-ARG-HIS-GLU-ASN-PRO-GLN-ASP-GLU-ALA-GLN-THR-ILE-VAL-VAL-ASN-LYS
  • Split ester bond-containing adhesin repeat domain
キーワードCELL ADHESION / Repeat domain / adhesin / intramolecular ester bond / Ig-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #3930 / T-Q ester bond containing domain / T-Q ester bond containing domain / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Cna protein B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain ...Immunoglobulin-like - #3930 / T-Q ester bond containing domain / T-Q ester bond containing domain / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Cna protein B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TQXA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus columbae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.373 Å
データ登録者Wardega, J.K. / Squire, C.J. / Young, P.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Intramolecular ester bond-containing repeat domain from E. columbae adhesin (split and religated)
著者: Wardega, J.K. / Squire, C.J. / Young, P.G.
履歴
登録2022年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Split ester bond-containing adhesin repeat domain
B: GLY-ASP-THR-LYS-HIS-GLU-VAL-ARG-HIS-GLU-ASN-PRO-GLN-ASP-GLU-ALA-GLN-THR-ILE-VAL-VAL-ASN-LYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3292
ポリマ－16,3292
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.775, 120.775, 45.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Split ester bond-containing adhesin repeat domain


分子量: 13678.986 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal portion of domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus columbae (バクテリア)
遺伝子: I568_02374 / プラスミド: pPROEXT-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1N325
#2: タンパク質・ペプチド GLY-ASP-THR-LYS-HIS-GLU-VAL-ARG-HIS-GLU-ASN-PRO-GLN-ASP-GLU-ALA-GLN-THR-ILE-VAL-VAL-ASN-LYS


分子量: 2649.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: complementary strand to complete split domain chain A
由来: (合成) Enterococcus columbae (バクテリア) / 参照: UniProt: S1N325
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95366 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→45.44 Å / Num. obs: 8323 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.54 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 17.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 206 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.593 / Χ2: 0.43 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NI6

4ni6


解像度: 2.373→40.003 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.298 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.229 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 401 4.862 %
Rwork0.226 7846 -
all0.228 --
obs-8247 98.956 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.035 Å20.017 Å20 Å2
2--0.035 Å2-0 Å2
3----0.113 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.373→40.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1016 0 0 10 1026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0131028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.015971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2991.6551394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.131.5882248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2575134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.37926.27943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43915179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.493152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0370.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1670.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1390.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0690.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1630.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1310.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3216.248542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3176.246541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6319.365674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.639.367675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2966.674486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2936.675487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1979.825720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1949.825720
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.6171.7211004
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.60571.5371001
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.373-2.7390.3611430.33425940.33528190.6750.69397.09120.325
2.739-3.350.2861100.25223120.25424220.8680.91000.228
3.35-4.7220.228950.18318250.18619200.9430.9571000.166
4.722-40.0030.244530.21711150.21811680.9270.9521000.206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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