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- PDB-7ui4: Crystal structure of the DNA preQ0 insertase DpdA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ui4
タイトルCrystal structure of the DNA preQ0 insertase DpdA
要素DNA-guanine transglycosylase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / 2'-deoxy-7-cyano-7-deazaguanosine / dPreQ0 / DNA modification / DNA-guanine transglycosylase
機能・相同性
機能・相同性情報


pentosyltransferase activity / tRNA modification
類似検索 - 分子機能
: / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-guanine transglycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Montevideo (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Hung, S.-H. / Swairjo, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM110588-06A1 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: 7-Deazaguanines in DNA: functional and structural elucidation of a DNA modification system.
著者: Gedara, S.H. / Wood, E. / Gustafson, A. / Liang, C. / Hung, S.H. / Savage, J. / Phan, P. / Luthra, A. / de Crecy-Lagard, V. / Dedon, P. / Swairjo, M.A. / Iwata-Reuyl, D.
履歴
登録2022年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-guanine transglycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4102
ポリマ－50,3451
非ポリマー651
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.102, 141.768, 42.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 DNA-guanine transglycosylase


分子量: 50344.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Montevideo (サルモネラ菌)
遺伝子: AIG37_01840, APO85_00905, AU259_04380, AVH73_05845, AVH73_21940, AXU14_04585, AXU32_02035, B0D32_05855, B0D32_22885, B5881_18565, B6C67_03300, B6C67_22040, BIW02_04385, BIW02_22200, C2689_ ...遺伝子: AIG37_01840, APO85_00905, AU259_04380, AVH73_05845, AVH73_21940, AXU14_04585, AXU32_02035, B0D32_05855, B0D32_22885, B5881_18565, B6C67_03300, B6C67_22040, BIW02_04385, BIW02_22200, C2689_01835, C2689_23730, CW117_05915, D0215_03875, D0215_23815, D2K49_10730, DK664_02155, DK664_23285, DPL19_04880, DPL19_23835, DQS63_22335, DT992_19130, DT992_25255, DYO72_07125, DYO72_24190, DYT96_02055, E0U36_08570, E0U36_22475, E4933_05800, E4S88_01055, E4S88_22855, EIC46_05430, FEH78_03570, G2910_01835, G2910_23335, G2911_06635, G2911_23200, G3401_000792, G4B33_001303, G4Y15_003124, G4Y21_000316, G4Y22_001365, G9254_000030, G9254_004691, G9G43_001321, G9G43_004619, II32_05770
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A3V8XDB8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: mixing 2 ul sample containing 4.0 mg/ml protein (81.5 uM), 0.5 mM guanine, 50 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl and 1 mM DTT with 3 ul reservoir solution containing 10% (w/v) polyethylene glycol ...詳細: mixing 2 ul sample containing 4.0 mg/ml protein (81.5 uM), 0.5 mM guanine, 50 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl and 1 mM DTT with 3 ul reservoir solution containing 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 8% (v/v) ethylene glycol (EG), 100 mM HEPES (pH 7.5), 0.1 mM ZnCl2, 3 mM reduced glutathione (GSH) and 3 mM oxidized glutathione (GSSG)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.28149, 0.98397, 1.28268
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.281491
20.983971
31.282681
反射解像度: 2.51→73.59 Å / Num. obs: 16179 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 21.8 / Num. measured all: 207845
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.51-2.658.80.9641160013240.920.3411.0252.350.4
7.94-73.5912.10.03582516830.9990.010.03655.899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSvJan26, 2018データ削減
SOLVE2.13位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.51→54.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.1785 / WRfactor Rwork: 0.1298 / FOM work R set: 0.9054 / SU B: 15.95 / SU ML: 0.144 / SU Rfree: 0.2264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1785 790 4.9 %RANDOM
Rwork0.1298 ---
obs0.1322 15348 87.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.18 Å2 / Biso mean: 55.874 Å2 / Biso min: 34.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.43 Å2-0 Å20 Å2
2--1.96 Å2-0 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→54.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3367 0 1 91 3459
Biso mean--57.19 54.48 -
残基数----413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0143444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0781.6634644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8471.6337070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6175412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32720.818220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.21515603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2191536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02664
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.08236448
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free44.532549
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded30.17656414
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.574 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 28 -
Rwork0.273 571 -
obs--45.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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