PDB-7ui3: Apo-form of Human Tryptophan 2,3-Dioxygenase Induced by NADH Binding

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ui3

タイトル

Apo-form of Human Tryptophan 2,3-Dioxygenase Induced by NADH Binding

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Tryptophan 2 / 3-Dioxygenase / apo-form / NADH / OXYGEN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitroglycerin / L-tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.18 Å

データ登録者

Yeh, S.-R. / Geeraerts, Z.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM115773	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM126297	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo-form of Human Tryptophan 2,3-Dioxygenase Induced by NADH Binding
著者: Yeh, S.-R. / Geeraerts, Z.

履歴

登録	2022年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ui3.cif.gz	447.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ui3.ent.gz	355 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ui3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ui3_validation.pdf.gz	480.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ui3_full_validation.pdf.gz	496.7 KB	表示
XML形式データ	7ui3_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	7ui3_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7ui3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7ui3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pyzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

182 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.855, 156.264, 88.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-ZIQ / alpha-methyl-L-tryptophan / α-メチル-L-トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: 50 mM Sodium Citrate, pH 5.6 2% Tacsimate PEG 3350 (4-12%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.54975 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
詳細: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54975 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.18→19.974 Å / Num. obs: 34269 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
10.55-19.97	13.2	0.032	893	1	0.012	0.034
3.18-3.34	13.8	2.888	4497	0.644	1.163	3.115

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6PYZ

6pyz

解像度: 3.18→19.974 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.26 / WR_factor R_work: 0.227 / SU B: 28.651 / SU ML: 0.452 / Average fsc free: 0.8269 / Average fsc work: 0.8441 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.479 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	1774	5.191 %
R_work	0.2441	32399	-
all	0.246	-	-
obs	-	34173	99.199 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.274 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.966 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.308 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.18→19.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9040	0	64	0	9104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	9295
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.276	1.633	12634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	1.578	18356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.737	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.81	22.5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.577	15	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.111	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	8137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	4646
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4251
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.302	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.702	12.555	4811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.702	12.554	4810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.57	18.818	5984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.57	18.819	5985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.457	12.353	4484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.455	12.352	4483
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.336	18.473	6650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.335	18.473	6651
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.605	230.64	39228
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.605	230.636	39229
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.129	0.05	8569
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.124	0.05	8152
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.122	0.05	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.111	0.05	8250
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.136	0.05	8448
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.119	0.05	8003

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.18-3.263	0.433	126	0.36	2375	X-RAY DIFFRACTION	99.8802
3.263-3.352	0.409	121	0.346	2292	X-RAY DIFFRACTION	99.7932
3.352-3.449	0.359	133	0.328	2255	X-RAY DIFFRACTION	99.7494
3.449-3.555	0.347	114	0.32	2208	X-RAY DIFFRACTION	99.7851
3.555-3.672	0.357	121	0.324	2107	X-RAY DIFFRACTION	99.8655
3.672-3.801	0.339	101	0.29	2064	X-RAY DIFFRACTION	99.586
3.801-3.944	0.308	113	0.27	1978	X-RAY DIFFRACTION	99.5714
3.944-4.105	0.306	105	0.258	1915	X-RAY DIFFRACTION	99.3117
4.105-4.287	0.305	106	0.251	1813	X-RAY DIFFRACTION	99.1731
4.287-4.496	0.25	104	0.241	1764	X-RAY DIFFRACTION	99.3617
4.496-4.739	0.266	90	0.206	1680	X-RAY DIFFRACTION	99.8308
4.739-5.027	0.241	94	0.199	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
5.027-5.373	0.29	54	0.222	1531	X-RAY DIFFRACTION	100
5.373-5.803	0.285	69	0.243	1425	X-RAY DIFFRACTION	99.9331
5.803-6.356	0.355	51	0.285	1318	X-RAY DIFFRACTION	99.5636
6.356-7.105	0.317	84	0.268	1167	X-RAY DIFFRACTION	99.6813
7.105-8.201	0.264	67	0.238	1054	X-RAY DIFFRACTION	99.7331
8.201-10.038	0.194	76	0.193	879	X-RAY DIFFRACTION	99.8954
10.038-14.166	0.187	32	0.167	723	X-RAY DIFFRACTION	100
14.166-19.974	0.267	13	0.261	269	X-RAY DIFFRACTION	61.5721

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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