PDB-7ui2: The crystal structure of 15kDa Phlebotomus papatasi salivary prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ui2

タイトル

The crystal structure of 15kDa Phlebotomus papatasi salivary protein Ppsp15.

要素

SP15 protein

キーワード

PROTEIN BINDING / SALIVARY / SANDFLY / VACCINE / LEISHMANIA

機能・相同性

Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / extracellular region / ACETATE ION / SP15 protein

機能・相同性情報

生物種

Phlebotomus papatasi (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Tolbert, W.D. / Pazgier, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of 15kDa Phlebotomus papatasi salivary protein Ppsp15.
著者: Tolbert, W.D. / Pazgier, M.

履歴

登録	2022年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ui2.cif.gz	125.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ui2.ent.gz	96 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ui2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7ui2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7ui2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ozdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SP15 protein

B: SP15 protein

ヘテロ分子

30.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SP15 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SP15 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.380, 54.610, 61.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SP15 protein 分子量: 15174.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phlebotomus papatasi (昆虫) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F8R290
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.47 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350 0.2 M sodium chloride 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 128818 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.976 / R_pim(I) all: 0.066 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 2.4
反射シェル	解像度: 1.19→1.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 9811 / CC_1/2: 0.423 / R_pim(I) all: 0.484 / R_sym value: 0.75 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OZD

4ozd

解像度: 1.19→40.87 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.49 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	6931	5.38 %
R_work	0.2116	-	-
obs	0.2133	128818	90.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→40.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2085	0	4	351	2440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2146
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	2879
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.762	285
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	303
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	371

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.19-1.22	0.347	307	0.3774	5954	X-RAY DIFFRACTION	84
1.22-1.24	0.3732	311	0.3612	5906	X-RAY DIFFRACTION	83
1.24-1.26	0.3608	333	0.3477	5921	X-RAY DIFFRACTION	84
1.26-1.29	0.293	266	0.3279	5956	X-RAY DIFFRACTION	83
1.29-1.32	0.3002	251	0.3043	5697	X-RAY DIFFRACTION	81
1.32-1.35	0.2561	294	0.283	6121	X-RAY DIFFRACTION	87
1.35-1.38	0.3132	346	0.2812	6086	X-RAY DIFFRACTION	85
1.38-1.42	0.3282	293	0.2753	6181	X-RAY DIFFRACTION	87
1.42-1.46	0.271	331	0.2601	5997	X-RAY DIFFRACTION	85
1.46-1.51	0.295	289	0.2551	5902	X-RAY DIFFRACTION	82
1.51-1.56	0.2443	337	0.2282	6023	X-RAY DIFFRACTION	85
1.56-1.62	0.2168	304	0.2251	6304	X-RAY DIFFRACTION	88
1.62-1.7	0.2423	378	0.2184	6165	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7-1.79	0.2654	345	0.2342	6328	X-RAY DIFFRACTION	88
1.79-1.9	0.2232	322	0.2248	5884	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9-2.04	0.2285	315	0.2123	6476	X-RAY DIFFRACTION	91
2.04-2.25	0.243	314	0.2006	6431	X-RAY DIFFRACTION	91
2.25-2.57	0.2021	341	0.1898	6394	X-RAY DIFFRACTION	89
2.57-3.24	0.1848	330	0.1736	6301	X-RAY DIFFRACTION	89
3.24-40.87	0.195	409	0.1623	6375	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6652	0.5774	-0.5093	2.5893	-0.1947	1.9971	-0.105	0.0007	0.0324	-0.0064	-0.0127	-0.0155	0.1778	-0.1438	0.0495	0.1048	-0.0119	0.0048	0.0713	0.0095	0.0488	-13.1317	-9.895	-18.6437
2	2.1015	-0.2964	0.4673	2.35	-0.0731	2.0387	-0.1	-0.1442	0.057	-0.0609	0.1099	0.0075	-0.0469	-0.0424	0.0428	0.0571	-0.0227	0.0087	0.0496	0.0026	0.058	-30.6306	-32.6232	-12.2482

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid -1 through 122)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid -4 through 122)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)