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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uhs | ||||||
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タイトル | SSX Structure of Metallo Beta-Lactamase L1 with Two Water Molecules in the Active Site | ||||||
![]() | Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase) | ||||||
![]() | HYDROLASE / metallo beta lactamase / moxalactam / serial crystallography / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilamowski, M. / Kim, Y. / Sherrell, D.A. / Lavens, A. / Henning, R. / Maltseva, N. / Endres, M. / Babnigg, G. / Srajer, V. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Time-resolved beta-lactam cleavage by L1 metallo-beta-lactamase. 著者: Wilamowski, M. / Sherrell, D.A. / Kim, Y. / Lavens, A. / Henning, R.W. / Lazarski, K. / Shigemoto, A. / Endres, M. / Maltseva, N. / Babnigg, G. / Burdette, S.C. / Srajer, V. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7l91C ![]() 7uhhC ![]() 7uhiC ![]() 7uhjC ![]() 7uhkC ![]() 7uhlC ![]() 7uhmC ![]() 7uhnC ![]() 7uhoC ![]() 7uhpC ![]() 7uhqC ![]() 7uhrC ![]() 7uhtC ![]() 7l52S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29243.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: K279a / 遺伝子: Smlt2667 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: batch mode 詳細: Batch crystallization done in polypropylene tubes. 200 ul of the L1 (48 mg/ml) in a buffer 0.015 Tris, 0.1 M KCl, 1.5 mM TCEP, 5 mM ZnCl2 pH 7.0 was added to 200 ul of 0.15 M sodium malonate ...詳細: Batch crystallization done in polypropylene tubes. 200 ul of the L1 (48 mg/ml) in a buffer 0.015 Tris, 0.1 M KCl, 1.5 mM TCEP, 5 mM ZnCl2 pH 7.0 was added to 200 ul of 0.15 M sodium malonate pH 8.0, 20% (w/v) PEG3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→46.8 Å / Num. obs: 17385 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 76.5 % / Biso Wilson estimate: 34.26 Å2 / CC1/2: 0.95 / R split: 0.25 / Net I/σ(I): 2.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 865 / CC1/2: 0.41 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 解説: Nylon Mesh / 手法: fixed target |
Serial crystallography sample delivery fixed target | 解説: ALEX mesh holder Motion control: SmarAct Motors viaPMAC start/stop raster over area Sample holding: nylon mesh / Support base: xyz stage |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 5191 / Frames indexed: 4550 / Frames total: 38500 / Lattices indexed: 4550 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7L52 解像度: 2.2→46.8 Å / SU ML: 0.3157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6289 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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