PDB-7uhe: Taf14 ET domain in complex with C-terminal tail of Taf2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uhe

タイトル

Taf14 ET domain in complex with C-terminal tail of Taf2

要素

C-terminal tail of Transcription initiation factor TFIID subunit 2
Transcription initiation factor TFIID subunit 14

キーワード

TRANSCRIPTION / AHD / Preinitiation complex (PIC) / Chromatin-modification / DNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / transcription factor TFIIF complex / Ino80 complex / mediator complex / SWI/SNF complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Klein, B.J. / Kutateladze, T.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Taf2 mediates DNA binding of Taf14.
著者: Klein, B.J. / Feigerle, J.T. / Zhang, J. / Ebmeier, C.C. / Fan, L. / Singh, R.K. / Wang, W.W. / Schmitt, L.R. / Lee, T. / Hansen, K.C. / Liu, W.R. / Wang, Y.X. / Strahl, B.D. / Anthony Weil, ...

履歴

登録	2022年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uhe.cif.gz	97.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uhe.ent.gz	61.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/7uhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/7uhe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6lqzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (5) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription initiation factor TFIID subunit 14

B: C-terminal tail of Transcription initiation factor TFIID subunit 2

C: Transcription initiation factor TFIID subunit 14

D: C-terminal tail of Transcription initiation factor TFIID subunit 2

19.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, HSQC NMR titration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.889, 52.714, 121.507
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-345- HOH
2	1	A-359- HOH
3	1	A-364- HOH
4	1	B-1505- HOH
5	1	C-363- HOH
6	1	C-368- HOH

#1: タンパク質	Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling ...Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit TAF14 / SWI/SNF complex 29 kDa subunit / SWI/SNF complex subunit TAF14 / TBP-associated factor 14 / TBP-associated factor 30 kDa / Transcription factor G 30 kDa subunit / Transcription initiation factor TFIIF 30 kDa subunit 分子量: 8369.418 Da / 分子数: 2 / 断片: ET domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces (菌類) / 遺伝子: TAF14, ANC1, CST10, SWP29, TAF30, TFG3, YPL129W / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: P35189
#2: タンパク質・ペプチド	C-terminal tail of Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / TAFII-150 / TBP-associated factor 150 kDa / TBP-associated factor 2 / TSM-1 分子量: 1470.783 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal tail / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces (菌類) / 参照: UniProt: P23255
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.87 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 18278 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.55 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 48.5
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Num. unique obs: 734 / CC_1/2: 0.943 / R_pim(I) all: 0.108

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LQZ

6lqz

解像度: 1.66→35.45 Å / SU ML: 0.2081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.6618
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	1806	9.98 %
R_work	0.1905	16288	-
obs	0.1948	18094	97.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→35.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1296	0	0	157	1453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	1310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8653	1765
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0566	213
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	220
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.599	493

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.71	0.2752	107	0.2201	998	X-RAY DIFFRACTION	78.09
1.71-1.76	0.2754	135	0.2144	1188	X-RAY DIFFRACTION	94.64
1.76-1.81	0.2752	137	0.2275	1237	X-RAY DIFFRACTION	98.28
1.81-1.88	0.2917	140	0.2074	1284	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.88-1.95	0.2763	138	0.2052	1237	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.95-2.04	0.2349	138	0.1915	1260	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.04-2.15	0.2595	142	0.1839	1272	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.15-2.28	0.2227	141	0.195	1273	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.28-2.46	0.2398	142	0.1902	1276	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.46-2.71	0.2694	146	0.2063	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.71-3.1	0.2501	142	0.2008	1283	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.1-3.9	0.1923	146	0.1757	1318	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.9-35.45	0.2126	152	0.1762	1363	X-RAY DIFFRACTION	98.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.07355210097	0.545504394827	0.416088844857	0.334170816547	0.276826777915	1.08438891309	-0.229784966502	-0.256292515204	0.133466689557	0.0324686249513	0.246735699828	-0.182333708868	-0.18559641521	-0.179984746745	0.00827406803192	0.130903046322	-0.00771230563074	-0.0259019804068	0.175202756268	-0.0139248508502	0.201942972738	5.389	28.195	47.9
2	0.229635617792	-0.083067902653	-0.0120554146732	0.636612540275	0.146235775821	0.388789138333	0.11572392259	-0.192018431858	-0.148230219771	0.173714177944	-0.058047038182	0.151759915468	0.42425992671	-0.332781909032	-0.0069412322007	0.254578147621	-0.00741909717644	0.0183844056899	0.175696969358	0.0356864508333	0.207741130031	-2.404	17.4	45.335
3	1.77672943493	0.869663193312	0.450468707568	1.85643755183	1.76825715686	1.97810749179	-0.0103099292884	0.510991854504	0.00368320007038	-0.0131903526876	0.235884018359	0.122638419037	-0.121575185826	-0.70505542122	1.07628322987	0.151710790826	0.0438163506712	0.00406230390009	0.254057540127	0.049520605742	0.137382084549	-4.728	23.53	33.234
4	1.24313542081	0.03318051659	0.023414932038	0.51740048261	-0.0988178832527	0.0206638183862	-0.699464262733	0.130269860733	-0.494033834426	-1.08393596302	0.061677901021	-0.08754039153	0.434027197261	0.413966763073	-0.177284902211	0.402970186396	0.0668482158241	0.0454939560839	0.251247759173	0.0637544170863	0.324034369532	6.388	11.573	35.804
5	0.327355056358	0.107356992297	0.0481396230466	0.148602106444	0.0407100384198	0.0917904928224	-0.121469474197	-0.245768295464	-0.0679284837806	0.0252326747431	0.252156211983	-0.101930279221	-0.0980622250126	-0.0745110748517	-9.90399362509E-6	0.180278398653	0.013594055854	-0.0193949239044	0.185014817949	0.0247164425029	0.163231053936	0.137	26.753	38.057
6	0.391653140029	0.0242081499516	0.0924766803293	0.606891599943	0.10360404022	0.509277421233	-0.100222235971	-0.48700249306	0.138264898459	0.148614095942	0.102095495612	0.0802703537826	0.0449776917718	-0.304869185009	0.0122959683804	0.190919225355	0.0457489030155	0.00339006490184	0.240292535106	-0.0294702992252	0.174066986335	-1.698	26.543	51.307
7	0.582201744762	0.586671545221	0.0122887642832	0.6328393384	0.333581546311	0.317706846806	0.0535825625674	0.129012365823	-0.220079280372	-0.126496738336	-0.157330535223	-0.224699682053	0.134482052575	0.650776045617	0.0024235671603	0.283858192425	0.0286309201088	-0.0654456317038	0.236662799595	0.0232627995947	0.243003837743	7.733	23.951	37.918
8	1.08335548645	0.528564586828	-0.48477593768	1.53272878051	-0.18182407031	1.10197332388	0.0845844758294	-0.117674785291	0.151326221584	-0.063449950568	0.144409479746	0.196901441181	-0.0345613373664	0.0161102502957	0.104187704099	0.165923895543	0.00165390673574	0.0525704013049	0.131371604994	0.0211114118767	0.251588030562	27.401	32.68	44.109
9	0.187078236012	0.00295359203548	0.199215226311	0.44712287733	0.105169590379	0.323152978844	-0.0349799178356	-0.205879704439	-0.131046724789	-0.183716239424	0.125589090037	-0.0310724567895	0.213197084008	0.055987539113	-8.97445571523E-5	0.183224963738	-0.024237342319	-0.0386652754976	0.208077380304	0.00973457151408	0.208233883501	16.682	23.931	45.641
10	0.711635854519	0.880131318393	0.770900696212	1.15862819251	1.14006682415	1.36124738808	-0.121005315945	0.0256090866573	0.00570145668113	-0.180186590085	-0.0287276160951	0.0543306751998	0.00360248336147	-0.126005151183	-0.0911906382958	0.161931247286	0.0139483217389	-0.034680316125	0.17726007908	0.019828838979	0.15971488336	20.15	27.424	54.951
11	0.479887689018	0.102743431491	-0.112409828678	0.348757474677	-0.392358230754	0.455499254101	0.0294208544012	0.324364260059	-0.0664136550893	-0.134242699157	0.097953955534	-0.0257792509683	0.133165280458	-0.315450432561	0.0247871913078	0.225998098661	0.0383561345078	0.0196157575067	0.196016328224	0.00588095333584	0.16208000216	25.981	25.506	40.018
12	0.999710751984	0.227260503101	-0.900625749461	2.01586647629	0.355982351803	0.967141553267	-0.0481700176814	0.0937198773327	0.277450518737	-0.248504936892	0.100220020814	-0.037194415033	-0.0188967971194	0.220109833825	0.19010311154	0.2514224421	-0.0332567296254	-0.0144077398378	0.218339854717	0.0687696711071	0.184519535913	23.874	34.135	53.662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 172:189 )	A	172 - 189
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 190:203 )	A	190 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 204:209 )	A	204 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 210:217 )	A	210 - 217
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 218:227 )	A	218 - 227
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 228:241 )	A	228 - 241
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1393:1401 )	B	1393 - 1401
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 170:189 )	C	170 - 189
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 190:203 )	C	190 - 203
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 204:227 )	C	204 - 227
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 228:241 )	C	228 - 241
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 1392:1401 )	D	1392 - 1401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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