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- PDB-7ugl: Bromodomain of CBP liganded with BMS-536924 and SGC-CBP30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ugl
タイトルBromodomain of CBP liganded with BMS-536924 and SGC-CBP30
要素Histone acetyltransferase
キーワードTRANSCRIPTION / bromodomain / small molecule ligand / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / chromatin DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / nuclear body / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein ...Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LO / Chem-N6I / histone acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schonbrunn, E. / Bikowitz, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of CBP and EP300 interaction with kinase inhibitors
著者: Schonbrunn, E. / Bikowitz, M.
履歴
登録2022年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase
B: Histone acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6746
ポリマ－27,6962
非ポリマー1,9784
水5,098283
1
A: Histone acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8373
ポリマ－13,8481
非ポリマー9892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8373
ポリマ－13,8481
非ポリマー9892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.080, 59.490, 57.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase


分子量: 13847.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3L466, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-N6I / (3M)-4-{[(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]amino}-3-[4-methyl-6-(morpholin-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]pyridin-2(1H)-one / BMS-536924


分子量: 479.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H26ClN5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-2LO / 2-[2-(3-chloro-4-methoxyphenyl)ethyl]-5-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-[(2S)-2-(morpholin-4-yl)propyl]-1H-benzimidazole / CBP-30


分子量: 509.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H33ClN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1 M DL-Alanine; 0.1 M Glycine; 0.1 M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1 M DL-Serine, 0.1 M Imidazole, 0.1 M MES monohydrate (pH 6.5), 12 % (v/v) Ethylene ...詳細: 0.1 M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1 M DL-Alanine; 0.1 M Glycine; 0.1 M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1 M DL-Serine, 0.1 M Imidazole, 0.1 M MES monohydrate (pH 6.5), 12 % (v/v) Ethylene glycol, 6% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40.54 Å / Num. obs: 43721 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 3213 / CC1/2: 0.865 / Rrim(I) all: 0.818

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KPY

7kpy


解像度: 1.5→40.54 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1811 1747 4 %
Rwork0.1604 41964 -
obs0.1613 43711 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.31 Å2 / Biso mean: 20.4804 Å2 / Biso min: 9.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→40.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1935 0 203 283 2421
Biso mean--26.98 29.28 -
残基数----231
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.540.26681430.26993458360199
1.54-1.590.21221460.214635043650100
1.59-1.650.20171440.182434543598100
1.65-1.720.21450.170834733618100
1.72-1.80.1771460.167635073653100
1.8-1.890.17931440.174134613605100
1.89-2.010.20931460.159134943640100
2.01-2.160.17231460.14835123658100
2.16-2.380.16511460.137835063652100
2.38-2.720.15981460.144434953641100
2.73-3.430.17721460.15935073653100
3.43-40.540.1791490.15735933742100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.3893 Å / Origin y: 14.4327 Å / Origin z: -20.5116 Å
111213212223313233
T0.1193 Å2-0.0053 Å20.0089 Å2-0.094 Å2-0.0042 Å2--0.1373 Å2
L1.092 °2-0.0552 °20.3968 °2-0.2164 °2-0.0762 °2--0.6412 °2
S0.0265 Å °-0.011 Å °-0.0308 Å °0.0003 Å °-0.0099 Å °0.0066 Å °-0.005 Å °-0.0088 Å °-0.0152 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1082 - 1197
2X-RAY DIFFRACTION1allB1083 - 1197
3X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 2
5X-RAY DIFFRACTION1allQ1 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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