PDB-7ug8: Crystal structure of a solute receptor from Synechococcus CC9311 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ug8

タイトル

Crystal structure of a solute receptor from Synechococcus CC9311 in complex with alpha-ketovaleric and calcium

要素

Ketoacid-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Substrate-binding protein / marine cyanobacteria / ketoacid-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

organic acid transport / tripartite ATP-independent periplasmic transporter complex / organic acid binding / transmembrane transport / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.796 Å

データ登録者

Shah, B.S. / Mikolajek, H. / Orr, C.M. / Mykhaylyk, V. / Owens, R.J. / Paulsen, I.T.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a solute receptor from Synechococcus CC9311 in complex with alpha-ketovaleric and calcium
著者: Shah, B.S. / Mikolajek, H. / Orr, C.M. / Mykhaylyk, V. / Owens, R. / Paulsen, I.T.

履歴

登録	2022年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ug8.cif.gz	264.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ug8.ent.gz	209.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ug8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ug8_validation.pdf.gz	491 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ug8_full_validation.pdf.gz	496.9 KB	表示
XML形式データ	7ug8_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	7ug8_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ug8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ug8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ketoacid-binding protein

B: Ketoacid-binding protein

ヘテロ分子

77.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.680, 54.750, 61.150
Angle α, β, γ (deg.)	69.649, 77.732, 67.267
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 7 - 334 / Label seq-ID: 7 - 334

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Ketoacid-binding protein 分子量: 38460.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus sp. (strain CC9311) (バクテリア) 株: CC9311 / 遺伝子: sync_2776 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo 21 (DE3) / 参照: UniProt: Q0I6F8
#2: 化合物	ChemComp-69O / 2-oxopentanoic acid / 2-Ketopentanoic acid / 2-オキソ吉草酸分子量: 116.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02 M Sodium/Potassium Phosphate, 0.1M Bis Tris propane 7.5, 20% Peg 3350 Cryo: 30 % Peg 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 50 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I23 / 波長: 2.7552, 3.1790, 3.4925, 4.7686

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	2.7552	1
2	3.179	1
3	3.4925	1
4	4.7686	1

反射

Entry-ID: 7UG8

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.796-50.277	50762	90.9	13.6	0.999	0.068	0.024	0.073	1	16.8
2.07-50.08	132084	75.7	4.7	0.998				2	17.3
2.28-50.15	95359	73.3	4.7	0.997				3	19.1
3.5-57.16	31661	81.9	5	0.99				4	14

反射シェル

解像度: 9.06→50.23 Å / 冗長度: 23.3 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Num. unique obs: 451 / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.012 / R_rim(I) all: 0.041

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.796→50.277 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 3.728 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1898	2454	4.834 %
R_work	0.1687	48308	-
all	0.17	-	-
obs	-	50762	89.014 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.394 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.341 Å²	-1.224 Å²	-0.948 Å²
2-	-	-1.642 Å²	1.715 Å²
3-	-	-	-0.183 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.796→50.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5159	0	26	255	5440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5356
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.643	7258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.375	1.578	11483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.345	5	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.739	21.391	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.109	15	851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.801	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.263	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.873	4.377	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.867	4.375	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.008	6.539	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.008	6.542	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.753	4.852	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.748	4.85	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.79	7.066	3941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.79	7.066	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.05	50.073	6111
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.054	49.96	6080
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.097	0.05	10497

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09743	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09743	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.796-1.843	0.374	147	0.383	2702	X-RAY DIFFRACTION	67.3682
1.843-1.893	0.324	157	0.343	3246	X-RAY DIFFRACTION	82.1187
1.893-1.948	0.321	183	0.315	3148	X-RAY DIFFRACTION	83.5675
1.948-2.008	0.325	164	0.274	3050	X-RAY DIFFRACTION	83.9165
2.008-2.073	0.252	142	0.238	3112	X-RAY DIFFRACTION	86.153
2.073-2.146	0.215	152	0.209	2982	X-RAY DIFFRACTION	86.6464
2.146-2.227	0.225	141	0.188	2954	X-RAY DIFFRACTION	87.9012
2.227-2.318	0.209	146	0.175	2871	X-RAY DIFFRACTION	89.0759
2.318-2.421	0.193	131	0.156	2797	X-RAY DIFFRACTION	90.2033
2.421-2.539	0.206	139	0.149	2710	X-RAY DIFFRACTION	92.0517
2.539-2.676	0.23	128	0.168	2617	X-RAY DIFFRACTION	93.1772
2.676-2.838	0.208	132	0.155	2486	X-RAY DIFFRACTION	94.7864
2.838-3.033	0.195	134	0.158	2433	X-RAY DIFFRACTION	96.2505
3.033-3.275	0.203	117	0.178	2235	X-RAY DIFFRACTION	98.2456
3.275-3.587	0.173	88	0.167	2159	X-RAY DIFFRACTION	99.778
3.587-4.008	0.185	92	0.152	1932	X-RAY DIFFRACTION	100
4.008-4.624	0.142	96	0.128	1704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.624-5.654	0.158	75	0.148	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
5.654-7.957	0.194	51	0.172	1114	X-RAY DIFFRACTION	100

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