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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ug6 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of pre-60S ribosomal subunit, unmethylated G2922 | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / ribosome biogenesis / rRNA modification / methylation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / 7S RNA binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol ...protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / 7S RNA binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor activity / nuclear periphery / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / protein transport / ribosome biogenesis / ATPase binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Yelland, J.N. / Bravo, J.P.K. / Black, J.J.B. / Taylor, D.W. / Johnson, A.W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A single 2'-O-methylation of ribosomal RNA gates assembly of a functional ribosome. 著者: James N Yelland / Jack P K Bravo / Joshua J Black / David W Taylor / Arlen W Johnson / ![]() 要旨: RNA modifications are widespread in biology and abundant in ribosomal RNA. However, the importance of these modifications is not well understood. We show that methylation of a single nucleotide, in ...RNA modifications are widespread in biology and abundant in ribosomal RNA. However, the importance of these modifications is not well understood. We show that methylation of a single nucleotide, in the catalytic center of the large subunit, gates ribosome assembly. Massively parallel mutational scanning of the essential nuclear GTPase Nog2 identified important interactions with rRNA, particularly with the 2'-O-methylated A-site base Gm2922. We found that methylation of G2922 is needed for assembly and efficient nuclear export of the large subunit. Critically, we identified single amino acid changes in Nog2 that completely bypass dependence on G2922 methylation and used cryoelectron microscopy to directly visualize how methylation flips Gm2922 into the active site channel of Nog2. This work demonstrates that a single RNA modification is a critical checkpoint in ribosome biogenesis, suggesting that such modifications can play an important role in regulation and assembly of macromolecular machines. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
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CIF形式データ | ![]() | 432.5 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26485MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 123
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 831416132 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1489318609 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1329886537 |
+60S ribosomal protein ... , 36種, 36分子 7ABCDEFGHJLMNOPQRSTUVXYZadefgh...
-タンパク質 , 5種, 5分子 Iswyz
#13: タンパク質 | 分子量: 18561.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08004 |
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#46: タンパク質 | 分子量: 57798.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40010 |
#49: タンパク質 | 分子量: 23001.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08746 |
#51: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 |
#52: タンパク質 | 分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38202 |
-Ribosome assembly ... , 2種, 2分子 Wx
#26: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33201 |
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#50: タンパク質 | 分子量: 56975.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25382 |
-Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 bm
#31: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02892 |
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#42: タンパク質 | 分子量: 59606.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NOG2, YNR053C, N3484 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-Ribosome biogenesis protein ... , 4種, 4分子 cruv
#32: タンパク質 | 分子量: 19322.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47019 |
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#45: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40078 |
#47: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07915 |
#48: タンパク質 | 分子量: 39665.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36160 |
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#53: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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#54: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Nucle(ol)ar intermediate of large ribosomal subunit biogenesis, immunopurified by Nog2-3xFLAG タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: One blotting step of 2 seconds at force 0 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15954 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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