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- PDB-7ug2: Crystal structure of the coiled-coil domain of TRIM75 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ug2
タイトルCrystal structure of the coiled-coil domain of TRIM75
要素Tripartite motif-containing protein 75
キーワードLIGASE (リガーゼ) / TRIM75 / tetramerization / E3 ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / Ubiquitination (ユビキチン) / coiled-coil (コイルドコイル)
機能・相同性
機能・相同性情報


female meiosis I / spindle / ubiquitin protein ligase activity / 遺伝子発現の調節 / protein ubiquitination / 自然免疫系 / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TRIM75, PRY/SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain ...TRIM75, PRY/SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
アセチル基 / 2-プロパノール / Tripartite motif-containing protein 75
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Lou, X.H. / Ma, B.B. / Zhuang, Y. / Li, X.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI080779 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI148215 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Structural studies of the coiled-coil domain of TRIM75 reveal a tetramer architecture facilitating its E3 ligase complex.
著者: Lou, X. / Ma, B. / Zhuang, Y. / Xiao, X. / Minze, L.J. / Xing, J. / Zhang, Z. / Li, X.C.
履歴
登録2022年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9664
ポリマ－6,8181
非ポリマー1483
水54030
1
A: Tripartite motif-containing protein 75
ヘテロ分子

A: Tripartite motif-containing protein 75
ヘテロ分子

A: Tripartite motif-containing protein 75
ヘテロ分子

A: Tripartite motif-containing protein 75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,86316
ポリマ－27,2714
非ポリマー59312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
Buried area9800 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.070, 43.070, 134.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

ACE

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要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 75


分子量: 6817.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trim75, Gm794 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3UWZ0
#2: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド / アセチル基


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Acetate pH 4.6 20% Isopropanol 0.2 M Calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→8 Å / Num. obs: 4039 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.248 / Num. unique obs: 594 / CC1/2: 0.913

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SI8

7si8
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.052→7.985 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.22 / Average fsc free: 0.9037 / Average fsc work: 0.929 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 317 7.85 %Random selectoin
Rwork0.2114 3721 --
all0.215 ---
obs-4038 94.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 53.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.407 Å20 Å20 Å2
2--1.407 Å20 Å2
3----2.814 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→7.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数410 0 0 30 440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.012471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.647631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.61922.28635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.7811596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.087156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.280.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2580.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3280.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1660.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3644.887227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0637.237287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.6835.59243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.0218.083340
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it14.92891.2072027
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.052-2.1020.224310.243245X-RAY DIFFRACTION98.9247
2.102-2.1550.357210.23257X-RAY DIFFRACTION99.2857
2.155-2.2130.2240.216242X-RAY DIFFRACTION99.2537
2.213-2.2760.306200.219247X-RAY DIFFRACTION98.524
2.276-2.3440.14140.239240X-RAY DIFFRACTION99.2188
2.344-2.4190.289160.218230X-RAY DIFFRACTION97.2332
2.419-2.5010.423170.237211X-RAY DIFFRACTION95.3975
2.501-2.5930.389170.228205X-RAY DIFFRACTION94.0678
2.593-2.6960.314240.231206X-RAY DIFFRACTION99.1379
2.696-2.8110.359130.219203X-RAY DIFFRACTION98.1818
2.811-2.9430.306220.225189X-RAY DIFFRACTION98.5981
2.943-3.0960.365110.228191X-RAY DIFFRACTION97.5845
3.096-3.2750.294200.241163X-RAY DIFFRACTION96.8254
3.275-3.4890.233140.211163X-RAY DIFFRACTION95.6757
3.489-3.7510.22290.164144X-RAY DIFFRACTION90.5325
3.751-4.0830.16390.161146X-RAY DIFFRACTION93.3735
4.083-4.5220.157120.147127X-RAY DIFFRACTION93.2886
4.522-5.1430.20970.173125X-RAY DIFFRACTION94.2857
5.143-6.1180.18980.259108X-RAY DIFFRACTION93.5484
6.118-7.9850.43780.42179X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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