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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uf8 | |||||||||
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タイトル | Structure of CtdP in complex with penicimutamide E and NADP+ | |||||||||
要素 | CtdP | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Diels-Alderase / oxidioreductase / NmrA-like | |||||||||
機能・相同性 | Penicimutamide E / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Penicillium citrinum (シトリナム黄変米菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Rivera, S. / Liu, Z. / Newmister, S.A. / Gao, X. / Sherman, D.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023 タイトル: An NmrA-like enzyme-catalysed redox-mediated Diels-Alder cycloaddition with anti-selectivity. 著者: Liu, Z. / Rivera, S. / Newmister, S.A. / Sanders, J.N. / Nie, Q. / Liu, S. / Zhao, F. / Ferrara, J.D. / Shih, H.W. / Patil, S. / Xu, W. / Miller, M.D. / Phillips, G.N. / Houk, K.N. / Sherman, D.H. / Gao, X. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uf8.cif.gz | 601.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uf8.ent.gz | 414.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uf8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uf8_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uf8_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uf8_validation.xml.gz | 50.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uf8_validation.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7uf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/7uf8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39013.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Penicillium citrinum (シトリナム黄変米菌) 遺伝子: ctdP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75 詳細: 0.1 M BisTris pH 6.75, 25% PEG monomethyl ether 2000, 0.1 M CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→48.36 Å / Num. obs: 55814 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.13 % / Biso Wilson estimate: 60.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 2.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 16814 / CC1/2: 0.826 / Rrim(I) all: 2.85 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.36 Å / SU ML: 0.3985 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.7196 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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