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- PDB-7ueh: Pyruvate kinase from Zymomonas mobilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ueh
タイトルPyruvate kinase from Zymomonas mobilis
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / pyruvate kinase / allosterism
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McFarlane, J.S. / Meneely, K.M. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127655 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118585 米国
American Heart AssociationPRE33960374 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008545 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2023
タイトル: The 2.4 angstrom structure of Zymomonas mobilis pyruvate kinase: Implications for stability and regulation.
著者: Meneely, K.M. / McFarlane, J.S. / Wright, C.L. / Vela, K. / Swint-Kruse, L. / Fenton, A.W. / Lamb, A.L.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Pyruvate kinase
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,34921
ポリマ－412,1298
非ポリマー1,22013
水12,881715
1
G: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5918
ポリマ－103,0322
非ポリマー5586
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area31950 Å2
手法PISA
2
A: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3145
ポリマ－103,0322
非ポリマー2823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area36080 Å2
手法PISA
3
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2224
ポリマ－103,0322
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area36000 Å2
手法PISA
4
H: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2224
ポリマ－103,0322
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area32410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.929, 256.126, 82.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 51516.125 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 遺伝子: pyk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O86020, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 65 mM potassium thiocyanate, 29.5% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→161.4 Å / Num. obs: 170665 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 28.69 Å2 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.442 Å / Num. unique obs: 8504 / Rpim(I) all: 0.382 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2E28

2e28


解像度: 2.4→96.33 Å / SU ML: 0.3005 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.0867
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 7840 4.93 %
Rwork0.1852 151176 -
obs0.1882 159016 91.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→96.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27334 0 70 715 28119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01327857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.268837798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06084466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094913
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.551410523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.430.3452210.2424602X-RAY DIFFRACTION84.04
2.43-2.460.30462220.22564483X-RAY DIFFRACTION82.97
2.46-2.490.27012420.21134624X-RAY DIFFRACTION85.31
2.49-2.520.2562430.20944685X-RAY DIFFRACTION86.03
2.52-2.550.30342560.2094678X-RAY DIFFRACTION87.25
2.55-2.590.30152770.21044735X-RAY DIFFRACTION87.35
2.59-2.620.28382370.20454774X-RAY DIFFRACTION88.36
2.62-2.660.27422450.21154892X-RAY DIFFRACTION88.88
2.66-2.70.31972640.22994758X-RAY DIFFRACTION88.96
2.7-2.750.28922530.20954950X-RAY DIFFRACTION90.52
2.75-2.80.29062720.20124941X-RAY DIFFRACTION91.31
2.8-2.850.27852830.20644984X-RAY DIFFRACTION91.41
2.85-2.90.26942480.19684957X-RAY DIFFRACTION92.17
2.9-2.960.28632510.20065037X-RAY DIFFRACTION91.65
2.96-3.020.28532340.20375050X-RAY DIFFRACTION92.51
3.02-3.090.27152410.21045141X-RAY DIFFRACTION93.98
3.09-3.170.28962910.23235208X-RAY DIFFRACTION95.32
3.17-3.260.27852640.2115172X-RAY DIFFRACTION95.4
3.26-3.350.2782730.20155267X-RAY DIFFRACTION96.38
3.35-3.460.28642750.19014854X-RAY DIFFRACTION88.43
3.46-3.590.25492720.1825347X-RAY DIFFRACTION97.47
3.59-3.730.23922670.18095333X-RAY DIFFRACTION97.63
3.73-3.870.23632230.17434447X-RAY DIFFRACTION95.5
3.9-4.10.20542680.15865175X-RAY DIFFRACTION96.64
4.1-4.360.21242850.14655458X-RAY DIFFRACTION98.74
4.36-4.70.17213140.13245410X-RAY DIFFRACTION99.07
4.7-5.170.1862540.14465552X-RAY DIFFRACTION98.79
5.17-5.920.22022870.17575386X-RAY DIFFRACTION96.74
5.92-7.460.22282790.18645577X-RAY DIFFRACTION98.77
7.46-96.330.20322990.18175699X-RAY DIFFRACTION96.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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