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- PDB-7ueb: Photosynthetic assembly of Chlorobaculum tepidum (RC-FMO2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ueb
タイトルPhotosynthetic assembly of Chlorobaculum tepidum (RC-FMO2)
要素
  • (Photosystem P840 reaction ...) x 2
  • Bacteriochlorophyll ...バクテリオクロロフィル
  • Cytochrome cシトクロムc
  • P840 reaction center 17 kDa protein
  • PscE
  • PscF
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / FMO / reaction center / single-particle cryo-EM / bacteriochlorophyll (バクテリオクロロフィル) / electron transport chain (電子伝達系) / energy transfer (エネルギー)
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / bacteriochlorophyll binding / iron-sulfur cluster binding / 光合成 / electron transfer activity / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Proteolipid membrane potential modulator / Proteolipid membrane potential modulator / Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB ...Proteolipid membrane potential modulator / Proteolipid membrane potential modulator / Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
バクテリオクロロフィル / Chem-F26 / Chem-F39 / Chlorophyll A ester / Bacteriochlorophyll A isomer / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / 鉄・硫黄クラスター / シトクロムc / Bacteriochlorophyll a protein ...バクテリオクロロフィル / Chem-F26 / Chem-F39 / Chlorophyll A ester / Bacteriochlorophyll A isomer / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / 鉄・硫黄クラスター / シトクロムc / Bacteriochlorophyll a protein / Photosystem P840 reaction center, large subunit / Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein / Uncharacterized protein / P840 reaction center 17 kDa protein / Ric1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Puskar, R. / Truong, C.D. / Swain, K. / Li, S. / Cheng, K.-W. / Wang, T.Y. / Poh, Y.-P. / Liu, H. / Chou, T.-F. / Nannenga, B. / Chiu, P.-L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other governmentW911NF2010321
National Science Foundation (NSF, United States)NSF MRI 1531991 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular asymmetry of a photosynthetic supercomplex from green sulfur bacteria.
著者: Ryan Puskar / Chloe Du Truong / Kyle Swain / Saborni Chowdhury / Ka-Yi Chan / Shan Li / Kai-Wen Cheng / Ting Yu Wang / Yu-Ping Poh / Yuval Mazor / Haijun Liu / Tsui-Fen Chou / Brent L Nannenga / Po-Lin Chiu /
要旨: The photochemical reaction center (RC) features a dimeric architecture for charge separation across the membrane. In green sulfur bacteria (GSB), the trimeric Fenna-Matthews-Olson (FMO) complex ...The photochemical reaction center (RC) features a dimeric architecture for charge separation across the membrane. In green sulfur bacteria (GSB), the trimeric Fenna-Matthews-Olson (FMO) complex mediates the transfer of light energy from the chlorosome antenna complex to the RC. Here we determine the structure of the photosynthetic supercomplex from the GSB Chlorobaculum tepidum using single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and identify the cytochrome c subunit (PscC), two accessory protein subunits (PscE and PscF), a second FMO trimeric complex, and a linker pigment between FMO and the RC core. The protein subunits that are assembled with the symmetric RC core generate an asymmetric photosynthetic supercomplex. One linker bacteriochlorophyll (BChl) is located in one of the two FMO-PscA interfaces, leading to differential efficiencies of the two energy transfer branches. The two FMO trimeric complexes establish two different binding interfaces with the RC cytoplasmic surface, driven by the associated accessory subunits. This structure of the GSB photosynthetic supercomplex provides mechanistic insight into the light excitation energy transfer routes and a possible evolutionary transition intermediate of the bacterial photosynthetic supercomplex from the primitive homodimeric RC.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem P840 reaction center, large subunit
a: Photosystem P840 reaction center, large subunit
B: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
C: Cytochrome c
c: Cytochrome c
D: P840 reaction center 17 kDa protein
E: PscE
F: PscF
U: Bacteriochlorophyll a protein
V: Bacteriochlorophyll a protein
W: Bacteriochlorophyll a protein
X: Bacteriochlorophyll a protein
Y: Bacteriochlorophyll a protein
Z: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)593,506120
ポリマ－504,20514
非ポリマー89,301106
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem P840 reaction ... , 2種, 3分子 AaB

#1: タンパク質 Photosystem P840 reaction center, large subunit


分子量: 81784.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KAY0
#2: タンパク質 Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein


分子量: 23540.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KAY1

-
タンパク質 , 4種, 5分子 CcDEF

#3: タンパク質 Cytochrome c / シトクロムc / Cytochrome c-z / Cyt c-z / Photosystem P840 reaction center cytochrome c-551


分子量: 22741.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: O07091
#4: タンパク質 P840 reaction center 17 kDa protein


分子量: 16633.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KEP5
#5: タンパク質 PscE


分子量: 6690.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KDI3
#6: タンパク質 PscF


分子量: 6227.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KG87

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Bacteriochlorophyll ... , 1種, 6分子 UVWXYZ

#7: タンパク質
Bacteriochlorophyll a protein / バクテリオクロロフィル / BCP / BChl a protein / Fenna-Matthews-Olson protein / FMO protein


分子量: 40343.430 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q46393

-
非ポリマー , 9種, 106分子

#8: 化合物 ChemComp-GS0 / Bacteriochlorophyll A isomer


分子量: 911.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-G2O / Chlorophyll A ester


分子量: 891.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル


分子量: 911.504 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-F39 / [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate


分子量: 895.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H86O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-F26 / 2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene / クロロバクテン


分子量: 532.841 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosynthetic assembly (RC-FMO2) / タイプ: COMPLEX
詳細: Photosynthetic assembly from Chlorobaculum tepidum (RC-FMO2)
Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.504 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 細胞内の位置: Membrane
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-ClTris-Cl1
2200 mMNaCl塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.17 mMDDMDDM1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 47259 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 45.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 32898
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 30

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5粒子像選択
2SerialEM3.9画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
9cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.1分類
12cryoSPARC3.3.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1938908
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157486 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 44.07 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6M32

6m32


Accession code: 6M32 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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