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- PDB-7ue9: Structure of anti-C3d Fab(3d8b) in complex with C3d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ue9
タイトルStructure of anti-C3d Fab(3d8b) in complex with C3d
要素
  • Complement C3dg fragment
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / C3d
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / blood microparticle / secretory granule lumen / G alpha (i) signalling events / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain ...Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Immunoglobulin-like fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Olland, A.M. / White, A. / Suto, R.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Development and Optimization of Bifunctional Fusion Proteins to Locally Modulate Complement Activation in Diseased Tissue.
著者: Fahnoe, K.C. / Liu, F. / Morgan, J.G. / Ryan, S.T. / Storek, M. / Stark, E.G. / Taylor, F.R. / Holers, V.M. / Thurman, J.M. / Wawersik, S. / Kalled, S.L. / Violette, S.M.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain
C: Complement C3dg fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,91713
ポリマ－110,9973
非ポリマー92110
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.372, 62.229, 85.547
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab light chain


分子量: 26545.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: humanized
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 49720.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: humanized
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Complement C3dg fragment


分子量: 34729.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C3, CPAMD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01024
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 15% PEG 10,000, 0.1 M bicine pH 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0. 979257
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
101
29792571
反射解像度: 1.75→49.47 Å / Num. obs: 73836 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.71 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.23
反射 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Num. unique obs: 11680 / CC1/2: 0.699

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ONT

4ont


解像度: 1.75→49.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.212 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2014 3673 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.1725 70146 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.18 Å2 / Biso mean: 21.725 Å2 / Biso min: 12.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å2-0 Å2-0.22 Å2
2---0.12 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5741 0 60 500 6301
Biso mean--42.07 29.31 -
残基数----744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0136021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8481.6438188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.491.57713056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7715771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15823.285274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.351151000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6991525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021350
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 238 -
Rwork0.392 4984 -
obs--96.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63930.0219-0.43320.2724-0.11371.2381-0.00370.01230.0126-0.0077-0.01090.05960.03150.00960.01450.0106-0.00160.01720.0033-0.0030.0515-17.24415.65531.378
20.92740.27120.33850.4809-0.08570.47560.011-0.0014-0.0776-0.0143-0.055-0.03490.00010.04450.0440.01650.00260.01970.01130.00920.0589-7.8113.69935.239
30.1130.0208-0.11150.1720.06340.673-0.0004-0.00490.0461-0.01320.0028-0.0020.04220.0275-0.00240.01580.01590.01790.0210.01750.039844.31635.141-2.063
40.93660.3217-0.65480.2153-0.03120.85650.0452-0.07210.00120.0055-0.0784-0.0201-0.044-0.00040.03320.07360.05450.01260.1090.08880.138215.6431.47524.902
50.20890.0498-0.13540.0518-0.03970.11320.00110.00410.0423-0.00360.00990.01980.02050.0064-0.0110.01810.00840.01520.02160.0050.028115.95325.69119.388
60.62650.2402-0.45120.1564-0.20671.229-0.0229-0.06390.02810.00090.034-0.00990.09480.0716-0.01110.02230.01860.01830.0618-0.01770.051119.65126.24837.496
70.99550.43340.63590.71440.15281.1847-0.05010.08640.0484-0.07520.11720.0365-0.0385-0.0328-0.06710.0159-0.01090.0120.0270.01440.039611.43932.0217.51
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L112 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2H112 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 310
4X-RAY DIFFRACTION4C401 - 404
5X-RAY DIFFRACTION4H501 - 503
6X-RAY DIFFRACTION4L301 - 303
7X-RAY DIFFRACTION5C501 - 661
8X-RAY DIFFRACTION5H601 - 775
9X-RAY DIFFRACTION5L401 - 564
10X-RAY DIFFRACTION6H1 - 111
11X-RAY DIFFRACTION7L1 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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