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- PDB-7udq: Crystal structure of COQ8A-CA157 inhibitor complex in space group P1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udq
タイトルCrystal structure of COQ8A-CA157 inhibitor complex in space group P1
要素Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CoQ biosynthesis / kinase-like / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquinol biosynthesis / ubiquinone biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / phosphorylation / ADP binding / kinase activity / mitochondrion / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / : / ABC1 atypical kinase-like domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MVS / Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Murray, N. / Smith, R.W. / Pagliarini, D.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131795 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008505 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1747503 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Small-molecule inhibition of the archetypal UbiB protein COQ8.
著者: Murray, N.H. / Asquith, C.R.M. / Fang, Z. / East, M.P. / Ptak, N. / Smith, R.W. / Vasta, J.D. / Zimprich, C.A. / Corona, C.R. / Robers, M.B. / Johnson, G.L. / Bingman, C.A. / Pagliarini, D.J.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
B: Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2136
ポリマ－90,4962
非ポリマー7174
水4,792266
1
A: Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6294
ポリマ－45,2481
非ポリマー3813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5832
ポリマ－45,2481
非ポリマー3351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.273, 54.859, 80.012
Angle α, β, γ (deg.)109.790, 94.620, 92.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Atypical kinase COQ8A, mitochondrial / Chaperone activity of bc1 complex-like / Chaperone-ABC1-like / Coenzyme Q protein 8A / aarF domain- ...Chaperone activity of bc1 complex-like / Chaperone-ABC1-like / Coenzyme Q protein 8A / aarF domain-containing protein kinase 3


分子量: 45247.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COQ8A, ADCK3, CABC1, PP265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NI60, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-MVS / 4-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)amino]quinoline-7-carbonitrile


分子量: 335.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a STP Labtech Mosquito. Protein at 17.89 mg/ml (390 uM) was incubated with 500 uM CA157 for 30 min at ambient temperature prior to setup. The ...詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a STP Labtech Mosquito. Protein at 17.89 mg/ml (390 uM) was incubated with 500 uM CA157 for 30 min at ambient temperature prior to setup. The drop producing this data set was 200 nL protein-CA157 solution was mixed with 300 nL of 0.6 M sodium succinate, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033149 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033149 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.72 Å / Num. obs: 58799 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.601 % / Biso Wilson estimate: 41.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.901 / Net I/σ(I): 9.45 / Num. measured all: 211758 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.953.7171.2361.1115985447643010.4731.44596.1
1.95-23.6770.891.6115595439642410.6321.04496.5
2-2.063.6120.6532.214720422640750.7420.76996.4
2.06-2.123.4380.4752.8513684412739800.8180.56696.4
2.12-2.193.6030.3733.7814034402838950.8920.43996.7
2.19-2.273.5620.34.5113283383137290.9190.35597.3
2.27-2.363.7890.225.9913769373936340.9610.25797.2
2.36-2.453.7640.187.1113060356534700.9720.2197.3
2.45-2.563.7040.1478.4412546348133870.980.17297.3
2.56-2.693.6710.1229.9911824330132210.9850.14397.6
2.69-2.833.5690.09811.8810917312930590.9880.11697.8
2.83-33.3520.08113.829649297128790.9890.09796.9
3-3.213.430.06516.429313280327150.9910.07796.9
3.21-3.473.5740.05619.398957257325060.9940.06697.4
3.47-3.83.6470.05121.518443236823150.9960.0697.8
3.8-4.253.5850.0522.077589217121170.9940.05997.5
4.25-4.913.5380.04722.696539188118480.9950.05598.2
4.91-6.013.3380.04821.775237162515690.9940.05796.6
6.01-8.53.5090.04622.784183122711920.9960.05597.1
8.5-38.723.650.04424.3624316856660.9960.05297.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
JBluIce-EPICS2019-3データ収集
XDS20210205データ削減
autoPROC1.0.5 (20210224)データスケーリング
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i35

5i35


解像度: 1.9→38.72 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 2463 4.2 %
Rwork0.1916 56247 -
obs0.1935 58710 97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.33 Å2 / Biso mean: 61.8219 Å2 / Biso min: 27.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→38.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6036 0 86 266 6388
Biso mean--42.31 51.31 -
残基数----747
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.940.3251430.32323101324496
1.94-1.980.34321450.28053044318996
1.98-2.020.28891380.26913132327096
2.02-2.070.27981340.25263115324996
2.07-2.120.27921300.24093143327397
2.12-2.170.30891240.2243133325797
2.17-2.240.26771410.22353089323097
2.24-2.310.29511470.2163127327497
2.31-2.390.24611300.21163167329797
2.39-2.490.27561490.21193112326197
2.49-2.60.28491280.21273125325397
2.6-2.740.26731200.22783192331298
2.74-2.910.2581170.21963122323997
2.91-3.140.26291290.21463113324296
3.14-3.450.25341420.20393135327797
3.45-3.950.20931530.17183129328298
3.95-4.980.1911480.14593145329398
4.98-38.720.22511450.1713123326897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8013-2.5777-0.1513.07561.26081.784-0.4743-0.6648-0.38020.9040.52510.20580.37570.2002-0.12890.5796-0.02430.08820.73650.04910.40627.972424.249963.9305
24.9529-1.9801-1.12542.24320.35543.07660.02740.098-0.1321-0.095-0.1495-0.0876-0.13560.17350.12940.2998-0.07170.01060.3235-0.00640.269925.032430.990159.1738
33.74443.25040.14136.57730.76790.6982-0.014-0.21220.07480.0839-0.04730.212-0.1198-0.08650.06370.26170.0565-0.02440.40710.00020.25885.901727.092857.1327
41.8522-0.5186-0.34783.15581.17444.5259-0.08610.096-0.0722-0.20710.0769-0.08070.19760.2170.02440.3510.02580.00480.37250.01860.30917.32959.579545.2338
53.86562.8342-2.00463.4071-2.77232.5963-0.25010.1394-0.0571-0.33860.18360.19680.1509-0.33670.02690.4093-0.02670.00680.3583-0.06320.3425-30.698555.914711.9408
60.7912-0.1299-0.03482.1515-1.22121.75-0.0701-0.0908-0.00970.0415-0.0178-0.0265-0.00470.03880.09740.3307-0.04350.00310.3785-0.03130.2779-15.313443.300324.9575
76.17630.01241.53778.6418-3.81163.37880.01840.2617-0.45410.1792-0.1526-0.1885-0.26650.22670.11030.3809-0.0372-0.04740.3612-0.07830.4312.8332.289262.6925
85.00270.5015-2.53774.37710.87932.40520.01910.20520.05990.01520.0411-0.1155-0.02530.173-0.05790.2998-0.033-0.06280.33740.00710.4555-17.916758.610511.396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 261 through 320 )A261 - 320
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 321 through 406 )A321 - 406
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 407 through 505 )A407 - 505
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 506 through 646 )A506 - 646
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 258 through 381 )B258 - 381
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 382 through 644 )B382 - 644
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and resid 701A701
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and resid 701B701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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