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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ud8 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of carbon monoxy Hemoglobin in complex with 5HMF at 1.8 Angstrom | ||||||||||||
要素 | (Hemoglobin subunit ...) x 2 | ||||||||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / hemoglobin / sickle cell disease / antisickling / NO release / oxygen equilibrium | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / platelet aggregation / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Donkor, A.K. / Musayev, F.N. / Safo, M.S. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022 タイトル: Design, Synthesis, and Antisickling Investigation of a Nitric Oxide-Releasing Prodrug of 5HMF for the Treatment of Sickle Cell Disease. 著者: Alhashimi, R.T. / Ghatge, M.S. / Donkor, A.K. / Deshpande, T.M. / Anabaraonye, N. / Alramadhani, D. / Danso-Danquah, R. / Huang, B. / Zhang, Y. / Musayev, F.N. / Abdulmalik, O. / Safo, M.K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ud8.cif.gz | 142.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ud8.ent.gz | 110.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ud8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ud8_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ud8_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ud8_validation.xml.gz | 31.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ud8_validation.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/7ud8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/7ud8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ud7C 3ic0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 15281.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 16021.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 |
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-非ポリマー , 4種, 659分子
#3: 化合物 | ChemComp-OXY / #4: 化合物 | ChemComp-HEM / #5: 化合物 | 分子量: 112.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O2 詳細: The ligand MW0 is an aromatic aldehyde. The aldehyde moiety reacts with the N-terminal amine of Val1 of Hb forming a Schiff-base. That is C1 makes a double bond interaction with the amine ...詳細: The ligand MW0 is an aromatic aldehyde. The aldehyde moiety reacts with the N-terminal amine of Val1 of Hb forming a Schiff-base. That is C1 makes a double bond interaction with the amine nitrogen of hemoglobin. The leaving group is water. タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3.2-3.6M Sulfate/phosphate precipitant, pH 6.5, ferrous citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月15日 / 詳細: VariMax TM-VHF Arc)Sec Confocal Optical System | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→28.39 Å / Num. obs: 66309 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 28.8 / Num. measured all: 716379 / Scaling rejects: 443 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3IC0 解像度: 1.8→28.386 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.48 Å2 / Biso mean: 27.2803 Å2 / Biso min: 10.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→28.386 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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