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- PDB-7ud8: Crystal structure of carbon monoxy Hemoglobin in complex with 5HM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ud8
タイトルCrystal structure of carbon monoxy Hemoglobin in complex with 5HMF at 1.8 Angstrom
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / hemoglobin / sickle cell disease / antisickling / NO release / oxygen equilibrium
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (5-methylfuran-2-yl)methanol / OXYGEN MOLECULE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Donkor, A.K. / Musayev, F.N. / Safo, M.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)R01MD009124 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R61HL156158 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10OD021756 米国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Design, Synthesis, and Antisickling Investigation of a Nitric Oxide-Releasing Prodrug of 5HMF for the Treatment of Sickle Cell Disease.
著者: Alhashimi, R.T. / Ghatge, M.S. / Donkor, A.K. / Deshpande, T.M. / Anabaraonye, N. / Alramadhani, D. / Danso-Danquah, R. / Huang, B. / Zhang, Y. / Musayev, F.N. / Abdulmalik, O. / Safo, M.K.
履歴
登録2022年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,42414
ポリマ－62,6064
非ポリマー2,81810
水11,692649
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11560 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area23550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.234, 92.234, 144.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15281.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16021.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

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非ポリマー , 4種, 659分子

#3: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MW0 / (5-methylfuran-2-yl)methanol


分子量: 112.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O2
詳細: The ligand MW0 is an aromatic aldehyde. The aldehyde moiety reacts with the N-terminal amine of Val1 of Hb forming a Schiff-base. That is C1 makes a double bond interaction with the amine ...詳細: The ligand MW0 is an aromatic aldehyde. The aldehyde moiety reacts with the N-terminal amine of Val1 of Hb forming a Schiff-base. That is C1 makes a double bond interaction with the amine nitrogen of hemoglobin. The leaving group is water.
タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3.2-3.6M Sulfate/phosphate precipitant, pH 6.5, ferrous citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月15日 / 詳細: VariMax TM-VHF Arc)Sec Confocal Optical System
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.39 Å / Num. obs: 66309 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 28.8 / Num. measured all: 716379 / Scaling rejects: 443
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.845.30.7962083638960.750.3710.882299.7
9-28.3910.70.02638659610.0060.021105.997.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisPro41.64.69aデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IC0

3ic0


解像度: 1.8→28.386 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 3361 5.08 %
Rwork0.1859 62737 -
obs0.188 66098 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.48 Å2 / Biso mean: 27.2803 Å2 / Biso min: 10.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→28.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 196 653 5233
Biso mean--24.63 35.42 -
残基数----574
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.82570.25551480.2376254199
1.8257-1.8530.29491270.2412593100
1.853-1.88190.29011150.2539261799
1.8819-1.91280.28571470.2668254099
1.9128-1.94570.35261340.25822590100
1.9457-1.98110.27611370.24232594100
1.9811-2.01920.23281200.20872616100
2.0192-2.06040.23531350.19792610100
2.0604-2.10520.25841330.19032607100
2.1052-2.15420.24511480.19182562100
2.1542-2.2080.2591590.2107255799
2.208-2.26770.26011540.2266255899
2.2677-2.33440.23131540.2028255698
2.3344-2.40970.23381320.17682622100
2.4097-2.49580.22361240.17442641100
2.4958-2.59560.19631390.17932601100
2.5956-2.71370.24521420.18372635100
2.7137-2.85660.2381580.18262597100
2.8566-3.03540.22081740.182576100
3.0354-3.26940.18961460.17852639100
3.2694-3.59790.21941590.16912647100
3.5979-4.11710.18211270.14552674100
4.1171-5.1820.19071060.16142744100
5.182-28.3860.23341430.19062820100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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