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- PDB-7ud1: The Crystal Structure of Apo Monomer F57:H:H:H:R58 HCRBPII with H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ud1
タイトルThe Crystal Structure of Apo Monomer F57:H:H:H:R58 HCRBPII with Histidine Insertion in the Hinge Loop Region at 1.3 Angstrom Resolution
要素Retinol-binding protein 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LBP / CRBPII
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinol-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Ghanbarpour, A. / Geiger, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Apo Monomer F57:H:H:H:R58 HCRBPII with Histidine Insertion in the Hinge Loop Region at 1.3 Angstrom Resolution
著者: Ghanbarpour, A. / Geiger, J.
履歴
登録2022年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 2
B: Retinol-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0242
ポリマ－32,0242
非ポリマー00
水6,107339
1
A: Retinol-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0121
ポリマ－16,0121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Retinol-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0121
ポリマ－16,0121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.525, 47.815, 53.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.615, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 2 / Cellular retinol-binding protein II / CRBP-II


分子量: 16011.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2
発現宿主: Bacterial expression vector pBEN1-SGC (その他)
参照: UniProt: P50120
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Sodium acetate, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→29.09 Å / Num. obs: 55379 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.964→2.035 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 5345 / Rrim(I) all: 0.602 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RCQ

2rcq


解像度: 1.32→29.09 Å / SU ML: 0.1369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4963
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2125 2009 3.63 %
Rwork0.1866 53370 -
obs0.1876 55379 96.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 0 339 2589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80173095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0895329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.993294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.32-1.350.25671330.25193635X-RAY DIFFRACTION91.63
1.35-1.390.28221420.23783713X-RAY DIFFRACTION94.55
1.39-1.430.27581300.22413649X-RAY DIFFRACTION92.94
1.43-1.480.24711350.20363697X-RAY DIFFRACTION94.01
1.48-1.530.1921500.19193878X-RAY DIFFRACTION98.75
1.53-1.590.2181520.18823885X-RAY DIFFRACTION99.02
1.59-1.660.21771520.18153882X-RAY DIFFRACTION98.27
1.66-1.750.23611420.18343876X-RAY DIFFRACTION98.6
1.75-1.860.20181410.18813850X-RAY DIFFRACTION97.89
1.86-20.22051390.1793886X-RAY DIFFRACTION98.08
2-2.20.17121520.17873825X-RAY DIFFRACTION96.86
2.2-2.520.19521420.18063640X-RAY DIFFRACTION91.66
2.52-3.180.22721470.19333941X-RAY DIFFRACTION99.22
3.18-29.090.20821520.17634013X-RAY DIFFRACTION98.81
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.0223476086 Å / Origin y: -20.5987725934 Å / Origin z: 13.7485355522 Å
111213212223313233
T0.0928346754422 Å2-0.00563208114726 Å20.000468689497538 Å2-0.0879654451474 Å2-0.00505793444003 Å2--0.0963321211167 Å2
L0.127807829534 °2-0.0184410256678 °2-0.0225880463436 °2-0.094144479117 °20.222287814417 °2--0.497494369354 °2
S0.0274720394872 Å °0.0083850123413 Å °0.00654590738282 Å °0.00456597534063 Å °-0.00797395987155 Å °0.00369482892816 Å °-0.0158088320186 Å °0.0257925468076 Å °0.00876578597191 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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