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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ucz | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Apo Monomer F57:H:H:H:H:H:H:R58 Mutant of HCRBPII with Histidine Insertion in the Hinge Loop Region at 1.1 Angstrom Resolution | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 2 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / LBP / CRBPII | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å | ||||||
データ登録者 | Ghanbarpour, A. / Geiger, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The Crystal Structure of Domain-Sawpped Dimer Q108K:T51D:A28C:L36C:F57:H:R58 Mutant of hCRBPII with a Histidine Insertion in the Hinge Loop Region at 1.96 Angstrom Resolution 著者: Ghanbarpour, A. / Geiger, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ucz.cif.gz | 161 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ucz.ent.gz | 104.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ucz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7ucz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16426.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 発現宿主: Bacterial expression vector pBEN1-SGC (その他) 参照: UniProt: P50120 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.42 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.079→27.06 Å / Num. obs: 101925 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/av σ(I): 33.3 / Net I/σ(I): 33.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 9597 / Rrim(I) all: 0.593 / % possible all: 89.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2RCQ 解像度: 1.08→27.06 Å / SU ML: 0.0941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.5672 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.08→27.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.8636865831 Å / Origin y: 24.8288324346 Å / Origin z: 6.80792523658 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |