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- PDB-7uck: 80S translation initiation complex with ac4c(-1) mRNA and Harring... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uck
タイトル80S translation initiation complex with ac4c(-1) mRNA and Harringtonine
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 26
  • (60S ribosomal protein ...) x 38
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • 18S rRNA
  • 28s rRNA
  • 40S_SA_C domain-containing protein
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • P-site tRNA
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ribosomal_L18_c domain-containing protein
  • eL41
  • eS21
  • eS26
  • mRNA
キーワードRIBOSOME/INHIBITOR / Mammalian / 80S / initiation / complex / mRNA modification / mRNA acetylation / Harringtonine / RIBOSOME-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal subunit / exit from mitosis / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity ...ribosomal subunit / exit from mitosis / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spindle / mRNA 5'-UTR binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rRNA processing / rhythmic process / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / retina development in camera-type eye / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / perikaryon / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / apoptotic process / synapse / dendrite / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L28e/Mak16 ...40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ
類似検索 - ドメイン・相同性
Harringtonine / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 ...Harringtonine / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / 40S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / 40S ribosomal protein SA / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yang, R. / Arango, D. / Sturgill, D. / Oberdoerffer, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Direct epitranscriptomic regulation of mammalian translation initiation through N4-acetylcytidine.
著者: Daniel Arango / David Sturgill / Renbin Yang / Tapan Kanai / Paulina Bauer / Jyoti Roy / Ziqiu Wang / Masaki Hosogane / Sarah Schiffers / Shalini Oberdoerffer /
要旨: mRNA function is influenced by modifications that modulate canonical nucleobase behavior. We show that a single modification mediates distinct impacts on mRNA translation in a position-dependent ...mRNA function is influenced by modifications that modulate canonical nucleobase behavior. We show that a single modification mediates distinct impacts on mRNA translation in a position-dependent manner. Although cytidine acetylation (ac4C) within protein-coding sequences stimulates translation, ac4C within 5' UTRs impacts protein synthesis at the level of initiation. 5' UTR acetylation promotes initiation at upstream sequences, competitively inhibiting annotated start codons. Acetylation further directly impedes initiation at optimal AUG contexts: ac4C within AUG-flanking Kozak sequences reduced initiation in base-resolved transcriptome-wide HeLa results and in vitro utilizing substrates with site-specific ac4C incorporation. Cryo-EM of mammalian 80S initiation complexes revealed that ac4C in the -1 position adjacent to an AUG start codon disrupts an interaction between C and hypermodified t6A at nucleotide 37 of the initiator tRNA. These findings demonstrate the impact of RNA modifications on nucleobase function at a molecular level and introduce mRNA acetylation as a factor regulating translation in a location-specific manner.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: P-site tRNA
1: mRNA
5: 28s rRNA
7: 5S rRNA
8: 5.8S rRNA
9: 18S rRNA
A: 60S ribosomal protein L8
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L4
D: Ribosomal_L18_c domain-containing protein
E: 60S ribosomal protein L6
F: 60S ribosomal protein L7
G: 60S ribosomal protein L7a
H: 60S ribosomal protein L9
I: Ribosomal protein L10
J: 60S ribosomal protein L11
L: 60S ribosomal protein L13
M: 60S ribosomal protein L14
N: 60S ribosomal protein L15
O: 60S ribosomal protein L13a
P: 60S ribosomal protein L17
Q: 60S ribosomal protein L18
R: 60S ribosomal protein L19
S: 60S ribosomal protein L18a
T: 60S ribosomal protein L21
U: 60S ribosomal protein L22
V: 60S ribosomal protein L23
W: Ribosomal protein L24
X: 60S ribosomal protein L23a
Y: 60S ribosomal protein L26
Z: 60S ribosomal protein L27
a: 60S ribosomal protein L27a
b: 60S ribosomal protein L29
c: 60S ribosomal protein L30
d: 60S ribosomal protein L31
e: 60S ribosomal protein L32
f: 60S ribosomal protein L35a
g: 60S ribosomal protein L34
h: 60S ribosomal protein L35
i: 60S ribosomal protein L36
j: 60S ribosomal protein L37
k: 60S ribosomal protein L38
l: 60S ribosomal protein L39
m: 60S ribosomal protein L40
n: eL41
o: 60S ribosomal protein L36a
p: 60S ribosomal protein L37a
r: 60S ribosomal protein L28
AA: 40S_SA_C domain-containing protein
BB: 40S ribosomal protein S3a
CC: 40S ribosomal protein S2
DD: 40S ribosomal protein S3
EE: 40S ribosomal protein S4
FF: Ribosomal protein S5
GG: 40S ribosomal protein S6
HH: 40S ribosomal protein S7
II: 40S ribosomal protein S8
JJ: 40S ribosomal protein S9
KK: 40S ribosomal protein S10
LL: 40S ribosomal protein S11
NN: 40S ribosomal protein S13
OO: 40S ribosomal protein S14
PP: 40S ribosomal protein S15
QQ: 40S ribosomal protein S16
RR: 40S ribosomal protein S17
SS: 40S ribosomal protein S18
TT: 40S ribosomal protein S19
UU: 40S ribosomal protein S20
VV: eS21
WW: 40S ribosomal protein S15a
XX: 40S ribosomal protein S23
YY: 40S ribosomal protein S24
ZZ: 40S ribosomal protein S25
Aa: eS26
Bb: 40S ribosomal protein S27
Cc: 40S ribosomal protein S28
Dd: 40S ribosomal protein S29
Ee: 40S ribosomal protein S30
Gg: Receptor of activated protein C kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,113,436384
ポリマ－3,105,22879
非ポリマー8,208305
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 215789

#1: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24721.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: RNA鎖 mRNA


分子量: 1957.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: RNA鎖 28s rRNA


分子量: 1150751.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: X06789.1
#5: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 49540.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#6: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 548640.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
60S ribosomal protein ... , 38種, 38分子 ABCEFGHJLMNOPQRSTUVXYZabcdefgh...

#7: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 26998.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 40912.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9DCT1
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 28818.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 26658.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 26766.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 19399.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24200.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV0
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KNW6
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23144.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 17758.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SCJ6
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21568.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TYL6
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 11367.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 13727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 13401.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 10914.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L37


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#43: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39


分子量: 6324.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L40


分子量: 6083.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L36a


分子量: 12070.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T040
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 14220.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1

-
タンパク質 , 5種, 5分子 DAAVVAaGg

#10: タンパク質 Ribosomal_L18_c domain-containing protein


分子量: 33935.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#49: タンパク質 40S_SA_C domain-containing protein


分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJH8
#69: タンパク質 eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82
#74: タンパク質 eS26 / 40S ribosomal protein S26


分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFE8
#79: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 IWFF

#15: タンパク質 Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#28: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 14131.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#54: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 n

#45: タンパク質・ペプチド eL41 / 60s ribosomal protein l41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

+
40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 BBCCDDEEGGHHIIJJKKLLNNOOPPQQRRSSTTUUWWXXYYZZBbCcDdEe

#50: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 24759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 24441.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUT9
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 25215.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TA47
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21629.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 11529.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 17586.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U472
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 14246.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16032.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 15250.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 16898.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 15611.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 11395.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 14432.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6317.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2

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非ポリマー , 3種, 305分子

#80: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#81: 化合物 ChemComp-MQ6 / Harringtonine / (9R)-O~3~-[(2S)-2,5-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-5-methylhexanoyl]cephalotaxine


分子量: 531.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H37NO9
#82: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S translation initiation complex with ac4C(-1) mRNA and Harringtonine
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487+SVN精密化
PHENIX1.20.1_4487+SVN精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107057 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 81.66 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0034225505
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6261331366
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.040341117
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005421124
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.116678968

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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