PDB-7uc3: Intramolecular ester bond-containing repeat domain from G. berger...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uc3

タイトル

Intramolecular ester bond-containing repeat domain from G. bergeri adhesin

要素

Adhesin

キーワード

CELL ADHESION / Repeat domain / adhesin / intramolecular ester bond / Ig-like fold

機能・相同性

T-Q ester bond containing domain / T-Q ester bond containing domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold / membrane / Putative Cna protein B-type domain protein

機能・相同性情報

生物種

Gemella bergeri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.442 Å

データ登録者

Wardega, J.K. / Squire, C.J. / Young, P.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Intramolecular ester bond-containing repeat domain from G. bergeri adhesin
著者: Wardega, J.K. / Squire, C.J. / Young, P.G.

履歴

登録	2022年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uc3.cif.gz	74 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uc3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uc3_validation.pdf.gz	416.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uc3_full_validation.pdf.gz	416.7 KB	表示
XML形式データ	7uc3_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	7uc3_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7uc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7uc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ni6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adhesin

ヘテロ分子

17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.542, 46.647, 48.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.594, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Adhesin 分子量: 17036.812 Da / 分子数: 1 / 断片: Repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gemella bergeri (バクテリア) / 遺伝子: HMPREF1983_01328 / プラスミド: pProEXHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2Q1B9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris Cl, and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.442→48.533 Å / Num. obs: 24975 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 26.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.52 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 16.7 % / Num. unique obs: 713 / CC_1/2: 0.479 / R_pim(I) all: 0.354 / % possible all: 58.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ni6

4ni6

解像度: 1.442→48.533 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.055 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2226	1229	4.921 %	Random selection
R_work	0.1679	23746	-	-
all	0.171	-	-	-
obs	-	24975	97.788 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.569 Å²	-0 Å²	-2.71 Å²
2-	-	2.654 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.166 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.442→48.533 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1101	0	1	153	1255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.646	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.288	1.596	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.277	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.855	27.551	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.535	15	195
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.355	1.91	581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.337	1.905	580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.875	2.874	725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.883	2.878	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.591	2.154	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.59	2.16	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.936	3.101	798
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.935	3.107	799
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.312	23.758	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.156	23.445	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.839	3	2156

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.442-1.479	0.312	83	0.262	1554	0.265	1873	0.797	0.844	87.3999	0.202
1.479-1.519	0.246	83	0.19	1690	0.193	1826	0.895	0.913	97.0975	0.155
1.519-1.563	0.229	82	0.168	1673	0.17	1796	0.911	0.937	97.7171	0.131
1.563-1.612	0.214	107	0.156	1577	0.16	1720	0.942	0.946	97.907	0.123
1.612-1.664	0.213	80	0.138	1566	0.142	1683	0.941	0.955	97.8015	0.114
1.664-1.723	0.274	62	0.129	1516	0.134	1602	0.926	0.957	98.5019	0.111
1.723-1.788	0.208	61	0.177	1462	0.178	1551	0.828	0.854	98.1947	0.158
1.788-1.861	0.222	77	0.193	1433	0.194	1533	0.707	0.799	98.4997	0.176
1.861-1.943	0.209	75	0.138	1355	0.141	1446	0.935	0.944	98.8935	0.134
1.943-2.038	0.188	94	0.13	1259	0.134	1367	0.955	0.964	98.9759	0.124
2.038-2.148	0.201	69	0.143	1243	0.145	1326	0.943	0.958	98.9442	0.144
2.148-2.278	0.188	40	0.152	1186	0.153	1236	0.957	0.955	99.1909	0.148
2.278-2.435	0.276	57	0.158	1129	0.163	1196	0.926	0.957	99.1639	0.154
2.435-2.629	0.225	52	0.175	1030	0.177	1089	0.939	0.948	99.3572	0.173
2.629-2.879	0.222	42	0.181	970	0.182	1015	0.946	0.946	99.7044	0.179
2.879-3.218	0.224	56	0.171	859	0.175	917	0.939	0.953	99.7819	0.176
3.218-3.713	0.2	40	0.182	761	0.183	801	0.954	0.96	100	0.19
3.713-4.541	0.197	33	0.154	660	0.156	693	0.961	0.969	100	0.166
4.541-6.394	0.331	23	0.185	522	0.189	545	0.903	0.961	100	0.202
6.394-48.533	0.188	13	0.22	301	0.218	314	0.944	0.926	100	0.226

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関連情報:EMDBヘッダ

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