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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ubz | ||||||
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タイトル | Chymotrypsin digested toxin/immunity complex for a T6SS lipase effector from E. cloacae | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN/IMMUNE SYSTEM / lipase / toxin / immunity / methylglyoxal / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold / CITRATE ANION / methylglyoxal / Uncharacterized protein / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Cuthbert, B.J. / Jensen, S.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Toxin/immunity complex for a T6SS lipase effector from E. cloacae 著者: Cuthbert, B.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ubz.cif.gz | 212.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ubz.ent.gz | 164 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ubz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ubz_validation.pdf.gz | 1008.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ubz_full_validation.pdf.gz | 1021.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ubz_validation.xml.gz | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ubz_validation.cif.gz | 70.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uc0 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 25497.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: I6L61_16350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F3KJ65 #2: タンパク質 | 分子量: 33826.016 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 172-472 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Treated with chymotrypsin during crystallization 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: NCTC10005_04014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M7ENE2 |
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-非ポリマー , 4種, 1142分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-FLC / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.25 M sodium citrate, 22% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→38.88 Å / Num. obs: 130201 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 37.1 % / Biso Wilson estimate: 28.19 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 23.2 / Num. measured all: 4829779 / Scaling rejects: 2012 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 29.3 % / Rmerge(I) obs: 2.725 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5526 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.497 / Rrim(I) all: 2.772 / % possible all: 85.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 7UC0 7uc0 解像度: 1.75→38.76 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 252.18 Å2 / Biso mean: 33.335 Å2 / Biso min: 15.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→38.76 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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