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- PDB-7ub2: Structure of RecT protein from Listeria innoccua phage A118 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ub2
タイトルStructure of RecT protein from Listeria innoccua phage A118 in complex with 83-mer annealed duplex
要素
  • (DNA (49-mer)) x 2
  • RecT
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Recombination / DNA Annealing / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性DNA single-strand annealing protein RecT / RecT family / RecT family / DNA metabolic process / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / Recombinase [Bacteriophage A118]
機能・相同性情報
生物種Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
Escherichia virus M13 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bell, C.E. / Caldwell, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1616105 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of a RecT/Redβ family recombinase in complex with a duplex intermediate of DNA annealing.
著者: Brian J Caldwell / Andrew S Norris / Caroline F Karbowski / Alyssa M Wiegand / Vicki H Wysocki / Charles E Bell /
要旨: Some bacteriophage encode a recombinase that catalyzes single-stranded DNA annealing (SSA). These proteins are apparently related to RAD52, the primary human SSA protein. The best studied protein, ...Some bacteriophage encode a recombinase that catalyzes single-stranded DNA annealing (SSA). These proteins are apparently related to RAD52, the primary human SSA protein. The best studied protein, Redβ from bacteriophage λ, binds weakly to ssDNA, not at all to dsDNA, but tightly to a duplex intermediate of annealing formed when two complementary DNA strands are added to the protein sequentially. We used single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a 3.4 Å structure of a Redβ homolog from a prophage of Listeria innocua in complex with two complementary 83mer oligonucleotides. The structure reveals a helical protein filament bound to a DNA duplex that is highly extended and unwound. Native mass spectrometry confirms that the complex seen by cryo-EM is the predominant species in solution. The protein shares a common core fold with RAD52 and a similar mode of ssDNA-binding. These data provide insights into the mechanism of protein-catalyzed SSA.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: RecT
F: RecT
G: RecT
H: RecT
I: RecT
J: RecT
K: RecT
L: RecT
M: RecT
N: RecT
Y: DNA (49-mer)
Z: DNA (49-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,55412
ポリマ－339,55412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, The components of the complex in solution were validated by native mass spectrometry.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "I"
d_2ens_1chain "F"
d_3ens_1chain "G"
d_4ens_1chain "H"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "J"
d_7ens_1chain "K"
d_8ens_1chain "L"
d_9ens_1chain "M"
d_10ens_1chain "N"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAGLNE1 - 191
d_21ens_1ALAGLNB1 - 191
d_31ens_1ALAGLNC1 - 191
d_41ens_1ALAGLND1 - 191
d_51ens_1ALAGLNA1 - 191
d_61ens_1ALAGLNF1 - 191
d_71ens_1ALAGLNG1 - 191
d_81ens_1ALAGLNH1 - 191
d_91ens_1ALAGLNI1 - 191
d_101ens_1ALAGLNJ1 - 191

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.259471050623, -0.674008968341, 0.691655032863), (0.805108267153, -0.244566252467, -0.540359164182), (0.533362402171, 0.69706474502, 0.479192330072)70.9717758994, 128.651182027, -116.651000834
2given(0.615552903544, -0.682645116708, 0.393815016947), (0.749733001406, 0.353227372582, -0.559580959166), (0.242888965458, 0.639707798837, 0.729231707049)72.6934191064, 60.8606594945, -96.3233640437
3given(0.89455871663, -0.426658572495, 0.133143400205), (0.445128287168, 0.823591935978, -0.351506942967), (0.0403176197707, 0.373709493468, 0.926669144856)44.8697598141, 11.6316162461, -53.0881035145
4given(-0.0371204889288, -0.403741855299, 0.914119567443), (0.59039614233, -0.746895125321, -0.305908592383), (0.806259551524, 0.52833718973, 0.266092746096)37.1706212372, 190.451669009, -109.802830713
5given(0.893018765408, 0.447951203254, 0.0430952913052), (-0.42940885893, 0.819553729525, 0.379393880149), (0.134631038406, -0.357311354319, 0.924231074771)-43.5569253898, 29.6288821697, 47.9944244944
6given(0.612938963924, 0.750255322346, 0.247836191457), (-0.682500210803, 0.344681342205, 0.644506194377), (0.398119691498, -0.564191211938, 0.723318040432)-67.2871784214, 90.4111703146, 76.172550916
7given(0.259750899447, 0.801656015234, 0.538402362064), (-0.668707193833, -0.25291165302, 0.699189805906), (0.696677945074, -0.541648713657, 0.470379115014)-60.0415766192, 160.829547107, 76.6381819331
8given(-0.0366965995054, 0.580890424184, 0.813154151853), (-0.393086757834, -0.756498733104, 0.52267816831), (0.918768828596, -0.300459617758, 0.256101264534)-22.3268434051, 215.880475125, 53.0832677401
9given(-0.173645233714, 0.175570856924, 0.969031582048), (0.0355922946478, -0.982218252019, 0.184337988385), (0.984164885256, 0.0664994706667, 0.164308548259)34.8705320284, 236.299143425, 17.0800541798

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要素

#1: タンパク質
RecT


分子量: 30939.100 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: lin0085 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: Q92FL9
#2: DNA鎖 DNA (49-mer)


分子量: 15302.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (49-mer)


分子量: 14860.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
配列の詳細The sample sequence for chain Y was modeled as dA49 because the actual sequence could not be fit to ...The sample sequence for chain Y was modeled as dA49 because the actual sequence could not be fit to the density, and only the central portion of it was modeled. The actual sample sequence is a naturally occurring 83-mer sequence from M13 DNA (5'-TTGATAAGAGGTCATTTTTGCGGATGGCTTAGAGCTTAATTGCTGAATCTGGTGCTGTAGCTCAACATGTTTTAAATATGCAA-3'). The sequence for chain Z was modeled as dT49 because the density was not clear enough to read the sequence, and only the central portion was modeled. The true sample sequence is an 83-mer naturally occurring sequence from M13 DNA (5'-TTGATAAGAGGTCATTTTTGCGGATGGCTTAGAGCTTAATTGCTGAATCTGGTGCTGTAGCTCAACATGTTTTAAATATGCAA-3')

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with two complementary strands of ssDNA that were added to the protein sequentially
タイプ: COMPLEX
詳細: The protein was purified by Nickel affinity and anion exchange chromatography. The DNA was chemically synthesized and HPLC purified.
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.602 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 6
詳細: The LiRecT protein was mixed at 37C with two oligonucleotides added sequentially, and placed on ice for 90 min. Then immediately prior to vitrification, 1 ul of 1.5 mM n-dodecyl-beta- ...詳細: The LiRecT protein was mixed at 37C with two oligonucleotides added sequentially, and placed on ice for 90 min. Then immediately prior to vitrification, 1 ul of 1.5 mM n-dodecyl-beta-maltoside (Anatrace) was added (0.5 CMC).
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMPotassium phosphateKH2PO41
210 mMMagnesium chlorideMgCl21
30.075 mMn-dodecyl-beta-maltoside1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持詳細: 20 mA with Pelco easiGlow / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 1.5 second blot time. Ted Pella 595 filter paper.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影平均露光時間: 2.7 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2038 / 詳細: 36 fractions, 24.28 e-/A2/s
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: Cs corrector was used
画像スキャン横: 6000 / 縦: 4000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARC2.15.0CTF補正
7Coot0.8.7モデルフィッティング
12cryoSPARC2.15.0３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正詳細: Patch CTD estimation was implemented in cryoSPARC with am amplitude contrast of 0.1
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 390000
詳細: Tight Mask FSC resolution was 3.4; No mask FSC resolution was 4.3
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
詳細: Phenix Real Space Refinement included secondary restraints and 10-fold NCS constraints.
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 77.3 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002418152
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.505624901
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03932722
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00222758
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.62593054
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.02942571261E-11
ens_1d_3EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.6368129568E-11
ens_1d_4EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.32084566718E-13
ens_1d_5EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.35537735419E-13
ens_1d_6EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.42014494917E-10
ens_1d_7EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.36488793504E-10
ens_1d_8EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.27353138599E-13
ens_1d_9EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.87187036224E-13
ens_1d_10EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.81513537199E-11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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