PDB-7uav: Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in apo state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uav

タイトル

Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in apo state

要素

ABC transporter ATPase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Anti-Thoeris / Immune Evasion / signal sequestration

機能・相同性

ABC transporter ATPase

機能・相同性情報

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lu, A. / Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Amitai, G. / Garb, J. / Morehouse, B.R. / Hobbs, S.J. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Viruses inhibit TIR gcADPR signalling to overcome bacterial defence.
著者: Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Amitai, G. / Lu, A. / Garb, J. / Herbst, E. / Morehouse, B.R. / Hobbs, S.J. / Antine, S.P. / Sun, Z.J. / Kranzusch, P.J. / Sorek, R.

履歴

登録	2022年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uav.cif.gz	301.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uav.ent.gz	210.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7uav_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uav_full_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示
XML形式データ	7uav_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	7uav_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/7uav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/7uav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7uawC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter ATPase

B: ABC transporter ATPase

C: ABC transporter ATPase

D: ABC transporter ATPase

E: ABC transporter ATPase

72.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter ATPase

B: ABC transporter ATPase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ABC transporter ATPase

D: ABC transporter ATPase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: ABC transporter ATPase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.954, 155.954, 161.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-228- HOH

#1: タンパク質	ABC transporter ATPase / Tad1 分子量: 14518.660 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: FDB51_07880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A846JTD7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5 and 40% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.67 Å / Num. obs: 38341 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.5 % / B_iso Wilson estimate: 50.31 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 3296 / CC_1/2: 0.705 / R_pim(I) all: 0.793

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.67 Å / SU ML: 0.2863 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8744
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	1999	5.22 %
R_work	0.2009	36303	-
obs	0.2033	38302	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4696	0	0	114	4810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	4761
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3998	6369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0394	668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.819	1866

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.2928	139	0.2953	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.26-2.32	0.3473	141	0.2865	2561	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.32-2.38	0.2892	143	0.2605	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.38-2.46	0.2914	140	0.2578	2566	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.46-2.55	0.2962	143	0.2545	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.65	0.2736	142	0.2427	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.65-2.77	0.2777	141	0.2392	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.77-2.92	0.2544	143	0.229	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.1	0.3111	143	0.2394	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.1-3.34	0.2588	142	0.2233	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.68	0.2645	144	0.1957	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.68-4.21	0.251	144	0.1787	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-5.3	0.1848	144	0.1596	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3-48.67	0.2296	150	0.181	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.307597478	0.0407749683798	-0.945367058566	5.56726566653	0.00975742111162	2.8414450456	0.0891888776645	0.557177128571	-0.955288623746	-1.12173267731	0.228887757912	0.308355153996	1.17722208743	-0.180496334834	-0.184257070019	0.678644787907	0.00332673544247	-0.0736738164244	0.507216706685	-0.191402023885	0.673625977099	28.5048219204	100.527336989	34.4215961808
2	3.94243513699	2.35960623368	0.127320157881	6.40071683217	-2.78913905046	2.6197276467	-0.0116713222595	0.789115108245	-0.231027204542	-0.960848954726	0.0158935357567	-0.172768013713	0.443217291554	0.371177182322	0.0194598299874	0.551152388938	0.0390337988295	0.0227969184933	0.55550402818	-0.0553738618124	0.319995215858	26.2670428322	113.685658031	28.7576287356
3	5.67740007747	-1.35115198377	3.56123319354	5.87607441572	0.60847592344	8.58329187907	0.307780593892	1.06107995978	-4.47201554755	-2.77222721941	0.657041870809	1.22536632183	1.82625061606	-1.59025855228	-0.60400035684	1.44906114024	-0.119870679584	-0.359813039745	1.02810822668	-0.221670134502	1.3656288628	12.3691143402	99.4768103764	27.2012455295
4	5.65507835372	-0.295388969656	1.16997513107	3.6996373992	1.74165476856	4.2343779934	-0.484415414878	1.13062639589	0.295980679333	-0.612079242116	1.06844293872	1.74782637027	0.257348523323	-0.0729197568226	-0.239808708863	0.397064808568	-0.0456925898657	0.00126509403155	0.52256613937	0.0439940244626	0.393640262748	20.5633208412	119.285829514	31.6639739063
5	7.31276743324	2.13464644725	0.941406692399	2.44301307744	2.30659086755	6.73265609515	0.00995618473013	0.550342302136	0.881784676888	0.157025393859	-0.162625963938	1.15712743343	-1.58949070258	0.13430476696	0.00490705851518	0.595924589904	0.0520764546078	-0.0217041170225	0.375763997516	0.00740397834839	0.425692292874	20.971649507	130.641035767	32.3977360086
6	8.48537249079	-0.993900601749	0.965644066571	1.08373722104	1.66633687956	2.65767467982	-0.115693421484	-0.44131362054	-0.503262312591	0.231748725225	-0.000712592350948	0.0251976198807	0.22921253025	-0.122905178498	0.0750645562457	0.469002774665	0.00236315192557	0.0101190775699	0.404962786878	0.018817200904	0.358438875498	24.5437292175	109.705444014	51.71257387
7	5.92023241319	-1.1260028891	0.438013078008	7.84956694092	-0.663964486631	3.90110247854	-0.100448462567	0.189236276803	0.708413189391	0.105877857754	-0.123975120596	0.00400801377372	-0.550907021981	0.0669237989196	0.146772551854	0.551393547194	0.0408113037757	-0.0620913189708	0.572220981832	8.32773697318E-6	0.497533022044	33.6746110111	130.049193475	47.4455836247
8	3.25820089169	1.78421113033	0.518933668917	1.71858681123	0.223511597616	0.199798488627	-0.331564726607	-0.110096184759	0.383750663262	0.904708132822	0.322469421603	0.71693284118	-0.355140109042	-0.307704839584	0.139640755023	0.69590519095	0.107415429942	-0.0347681571773	0.635777437414	-0.00139653459476	0.566918833423	19.602633779	125.563983932	50.0873431948
9	4.36053122055	0.121132564916	1.03774949605	7.7926150072	-1.50964779305	8.47723503573	0.0960360417877	-0.113127900891	0.0433098856193	0.933317754748	-0.0324289603093	0.857416010762	-0.809353952029	-0.572076636337	-0.057706052541	0.251160063471	0.0501918371285	0.0847122290088	0.536662150386	-0.0732370198855	0.312689860938	11.3849495965	120.574872096	43.4116454856
10	2.23444233646	0.207226675343	-1.94339654039	7.92334029931	2.69385009289	2.65245193656	0.165124433792	0.190316690482	-0.665341697201	-1.08022245289	-0.332470503594	1.76086410306	0.462967307895	-0.657584057818	0.202488086313	0.63864915893	-0.0852378660902	-0.137199044913	0.610716631381	0.0358823207052	0.618354776134	11.2984560546	104.451163352	39.3434672854
11	2.05435428419	0.11833666071	1.6003602379	0.988447706007	0.592630585967	4.29300718541	-0.0484523976539	0.0953350800698	-0.111183463133	-0.0571955627097	0.108459699703	-0.198763395421	0.210184637001	0.40139797563	-0.104111964917	0.396651149569	0.0684521959767	0.00955000446081	0.353927925642	-0.0316827577174	0.350172348933	31.6177252241	113.533991452	39.7465218086
12	5.20848531852	0.721420027686	0.442929891906	8.35727221425	3.82252716671	4.24707513702	0.404076559001	-0.260449119995	-1.32477837657	0.759146650843	0.0943805119789	0.999725672955	0.852521885162	-0.15726861905	-0.538815353979	0.733306574684	0.0425771433764	-0.0988754082214	0.539062130815	0.0883444107629	0.850027536208	29.0403518528	96.6403359408	46.9777227278
13	2.67137614762	-1.25437852461	-0.792920590159	2.71097970655	-2.87582101639	5.63429373599	0.494655989402	0.327624238187	0.977520275469	-0.188218293478	0.0197489971785	-0.72183191682	-1.24601707231	0.39322232311	-0.62809431602	0.682663800965	-0.117724579732	0.00705790309007	0.494644925922	-0.155507531459	1.0016346062	16.5135826568	107.958646099	79.7159047591
14	3.9720216673	-1.18359097432	-2.5094475193	3.04109096593	-1.20763011607	4.3663912779	0.541806366095	-1.08163870931	1.30538340242	0.974382629145	0.260556061116	0.0785893878942	-0.219867584355	0.912716054485	-0.878769655499	0.904608816734	-0.087729249677	0.110055603274	0.739077391662	-0.309254141003	1.03660301394	6.16579793032	116.44773565	87.925838971
15	5.06036223612	0.745787401679	1.13854510154	2.10274822795	2.40644670346	2.75746734201	1.30939554789	-0.613191244676	1.48208509253	0.383018171435	-0.831403707876	1.31035234907	-1.60194250735	1.60525798246	-0.638216258641	1.23983274476	-0.299406400533	0.333737723842	0.925866491568	-0.28450106945	1.18465554039	17.9647513693	125.959816979	74.7530753719
16	8.10978059035	1.22503849961	-2.30075211881	1.81411903234	-0.107935232237	2.0095482807	0.116312282923	-0.0569498840167	1.20419354223	0.486330380586	0.0845787017052	-0.317649510549	0.0545184094492	-0.0189558091352	-0.298595431363	0.796231400008	-0.035490061179	0.20118508589	0.528290209962	-0.133116658553	1.0515618861	-0.458704836765	120.321725795	84.1629637762
17	3.58501876052	3.3748947422	1.7313241499	3.24446361265	1.98858807998	2.09336964722	0.253533570066	-1.35355998006	1.18245651826	0.726450699373	0.000193368462983	0.000760117097298	-1.15339012344	-1.10551303832	0.122606060634	0.919450668325	0.12890687811	0.251079218902	0.985962677467	-0.0643059316608	1.14433723484	-10.8371908006	121.661646849	87.7921347374
18	2.48279211803	0.377663248334	-0.00945317735171	3.69661334021	0.193445952509	5.88055083312	0.223853015929	0.366253816336	0.707621387994	-0.0225818735023	0.0286818717842	0.659215794579	-0.831527893136	-1.3471145968	-0.306578784502	0.542666788651	0.0456513165388	0.0945972958596	0.418873208358	0.0407416424942	0.697398368226	-1.41813105992	107.411328456	70.1716996957
19	3.70968852809	1.2044836438	-1.82232725473	4.38873486029	-2.19806849746	5.5111627128	0.184377353667	-0.316088416103	0.449501679093	-0.219996050733	0.204695696394	0.313299660421	0.0718180116204	0.039868787484	-0.213399385515	0.495372982354	-0.0280180850825	0.0473848811791	0.424264395806	-0.00240755458434	0.537939860862	-0.457283302007	99.2271653565	71.8518681836
20	5.97398151957	-0.0489161003275	-1.69458289197	5.47810906816	-0.710723293067	4.12940023691	0.471262062245	-2.11315145321	-0.810980020373	1.5432717355	-0.144265881627	1.2914691419	-0.302977980669	-0.248776392015	-0.525728039396	0.906522686025	-0.0346321377364	0.351042600849	0.990975079397	-0.04464486144	1.16419630526	-17.0305557989	102.697977704	87.7208877115
21	3.1242375809	-1.19614510475	0.246222126118	6.84203559833	2.56202394192	1.11571396066	0.712008328511	0.629997685622	1.0742376719	-0.914393878206	-0.00772893499424	0.707721599031	-0.822420417007	-0.612576452898	-0.542231341714	0.772894134243	0.157423445514	0.158972783643	0.525663424485	0.167827874686	0.905088822173	-7.14403368814	114.03316317	69.4781779759
22	9.15897673562	0.973236905995	0.58414441204	1.21461089343	0.00635259301991	0.350078875943	0.0846919102167	-0.360341804052	2.01156846905	-0.633443613627	-0.714199394231	0.503254679247	-1.96256054455	-0.952621466366	0.405224129569	1.20914200656	0.165600846827	-0.0313097612008	0.750033899923	-0.0344693495702	1.55847012124	-14.8075026111	127.303939512	76.8857246797
23	1.73391709766	0.559768018365	0.454251027543	4.17512953419	-0.935742040068	1.79481796967	0.262620502062	-0.246879500091	0.584760899103	0.149097007017	0.0970382253415	-0.122696087919	-0.345019725564	0.191321262429	-0.355072668004	0.604058621504	-0.00907082228675	0.134586983633	0.445821408489	-0.105446426046	0.690142328412	4.88276146719	108.54323802	78.5613596175
24	6.59110865854	4.47111911046	-4.11727942568	2.9796535386	-2.67166197805	2.72888418932	0.288160969959	1.78811357653	-0.602695916781	-1.51831360942	-0.441745642492	-0.570908559947	-0.442312204849	-0.656454947785	0.216871376617	1.05223075408	-0.0136299227822	0.134693146993	0.822449515924	-0.0867531303654	1.14224985474	19.1391001441	100.582227995	68.0807806204
25	5.12509788961	-2.15811132542	-2.10265770186	2.07186130928	-0.442508980899	2.6663280043	-0.3739228071	-0.396740782591	-0.260597065544	1.29227058318	-0.11490981577	-1.94868925357	0.319679690798	1.44712221402	0.552738215365	0.723949611111	0.156033001848	-0.229521767168	0.759848078025	-0.0979033436364	1.11586842459	61.1595031403	100.244390047	61.8578897222
26	4.01166026458	0.678156805306	2.79296490648	2.96373252291	0.447328974359	3.88128732095	0.177568085656	1.41188814721	-2.02081419755	-0.870113516335	0.575832300966	-1.21789747802	0.793782917352	2.03681799377	0.174651522691	0.44905531359	0.415766424543	0.0238171579135	0.823078331588	-0.185195695338	1.44993836498	62.5526536642	93.020579391	49.2199949438
27	3.27502477414	-4.52905387179	4.01016761476	6.49700544945	-5.68283897637	5.09978304037	0.563524407901	-0.442529812106	0.463519143936	-0.0113991558111	-0.354108716959	-0.73467099767	-0.406706287602	1.4515909212	0.196279096511	1.03461818881	0.263037661591	-0.189420530697	1.12217537787	0.0929088046048	1.64992572064	67.4097487355	84.1785688419	66.3885521387
28	4.3733595086	2.6394298638	1.26663095942	1.87380759337	1.01883534075	2.86715411887	-0.165602572586	0.453768666615	-0.694686538732	0.372466155358	0.873057986337	-1.06929431199	1.33761331451	0.391963408316	-0.906816953065	0.804813696063	0.378981498343	0.0291251527972	0.668467422511	-0.147486166302	1.40056114969	55.9982203268	84.6585084566	41.9503429147
29	3.25694192813	0.575927530132	-0.117251812416	4.36334631127	1.11334479957	5.54832395125	-0.00974680032123	0.0507563813006	-0.809151828622	0.0605828806115	-0.00488667543322	-0.102570171847	0.501782384392	0.0815100903244	0.185226081932	0.46646680717	0.104002269206	-0.0279965604874	0.307220181212	0.00842294098557	0.718423408807	43.069746896	95.3185774273	55.5538845858
30	2.3267891941	-3.26599222685	-3.25941135805	6.66013350813	6.16932835888	6.1172174359	0.824134314843	0.866915087129	0.0613481662107	-1.59046321185	-0.640576456901	0.20392671339	-0.681971457806	1.36188431634	0.251142355211	1.07051524549	0.251289370326	0.0452483490047	1.00967008132	-0.232051799314	0.803480575817	41.2116053591	97.7891738103	34.359516005

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 13 )	A	A	2 - 13	1 - 12
2	2	chain 'A' and (resid 14 through 35 )	A	A	14 - 35	13 - 34
3	3	chain 'A' and (resid 36 through 46 )	A	A	36 - 46	35 - 45
4	4	chain 'A' and (resid 47 through 56 )	A	A	47 - 56	46 - 55
5	5	chain 'A' and (resid 57 through 67 )	A	A	57 - 67	56 - 66
6	6	chain 'A' and (resid 68 through 102 )	A	A	68 - 102	67 - 101
7	7	chain 'A' and (resid 103 through 119 )	A	A	103 - 119	102 - 118
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 13 )	B	B	1 - 13	1 - 13
9	9	chain 'B' and (resid 14 through 46 )	B	B	14 - 46	14 - 46
10	10	chain 'B' and (resid 47 through 61 )	B	B	47 - 61	47 - 61
11	11	chain 'B' and (resid 62 through 102 )	B	B	62 - 102	62 - 102
12	12	chain 'B' and (resid 103 through 116 )	B	B	103 - 116	103 - 116
13	13	chain 'C' and (resid 3 through 13 )	C	C	3 - 13	1 - 11
14	14	chain 'C' and (resid 14 through 35 )	C	C	14 - 35	12 - 33
15	15	chain 'C' and (resid 36 through 46 )	C	C	36 - 46	34 - 44
16	16	chain 'C' and (resid 47 through 56 )	C	C	47 - 56	45 - 54
17	17	chain 'C' and (resid 57 through 67 )	C	C	57 - 67	55 - 65
18	18	chain 'C' and (resid 68 through 84 )	C	C	68 - 84	66 - 82
19	19	chain 'C' and (resid 85 through 107 )	C	C	85 - 107	83 - 105
20	20	chain 'C' and (resid 108 through 117 )	C	C	108 - 117	106 - 115
21	21	chain 'D' and (resid 2 through 35 )	D	D	2 - 35	1 - 34
22	22	chain 'D' and (resid 36 through 46 )	D	D	36 - 46	35 - 45
23	23	chain 'D' and (resid 47 through 107 )	D	D	47 - 107	46 - 106
24	24	chain 'D' and (resid 108 through 117 )	D	D	108 - 117	107 - 116
25	25	chain 'E' and (resid 2 through 13 )	E	E	2 - 13	1 - 12
26	26	chain 'E' and (resid 14 through 35 )	E	E	14 - 35	13 - 34
27	27	chain 'E' and (resid 36 through 46 )	E	E	36 - 46	35 - 45
28	28	chain 'E' and (resid 47 through 61 )	E	E	47 - 61	46 - 60
29	29	chain 'E' and (resid 62 through 107 )	E	E	62 - 107	61 - 106
30	30	chain 'E' and (resid 108 through 117 )	E	E	108 - 117	107 - 116

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)