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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u9b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of indoline 7 with KPC-2 | ||||||
要素 | Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-lactamase / tetrazole / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Akhtar, A. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Probing the binding hot spots of KPC-2 carbapenemase using reversible tetrazole-based inhibitors 著者: DeFrees, K. / Cambeis, E.M. / Chen, Y. / Renslo, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u9b.cif.gz | 68.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u9b.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u9b_validation.pdf.gz | 731.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u9b_full_validation.pdf.gz | 733.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7u9b_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u9b_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/7u9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/7u9b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28450.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-M2I / [( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M Ammonium Sulfate, 5%(v/v) Ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月12日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→36.055 Å / Num. obs: 37090 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C5A 解像度: 1.95→36.055 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.99 Å2 / Biso mean: 25.4387 Å2 / Biso min: 8.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→36.055 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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