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- PDB-7u8m: Crystal structure of chimeric hemagglutinin cH15/3 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u8m
タイトルCrystal structure of chimeric hemagglutinin cH15/3 in complex with broad protective antibodies 31.a.83 and FluA-20
要素
  • (antibody FluA-20 Fab ...) x 2
  • (hemagglutinin ...) x 2
  • Antibody 31.a.83 Fab light chain
  • antibody 31.a.83 Fab heavy chain
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Universal vaccine design / chimeric influenza hemagglutinin / HA trimer interface and stem / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.39 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93109C00051 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Influenza chimeric hemagglutinin structures in complex with broadly protective antibodies to the stem and trimer interface.
著者: Xueyong Zhu / Julianna Han / Weina Sun / Eduard Puente-Massaguer / Wenli Yu / Peter Palese / Florian Krammer / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: Influenza virus hemagglutinin (HA) has been the primary target for influenza vaccine development. Broadly protective antibodies targeting conserved regions of the HA unlock the possibility of ...Influenza virus hemagglutinin (HA) has been the primary target for influenza vaccine development. Broadly protective antibodies targeting conserved regions of the HA unlock the possibility of generating universal influenza immunity. Two group 2 influenza A chimeric HAs, cH4/3 and cH15/3, were previously designed to elicit antibodies to the conserved HA stem. Here, we show by X-ray crystallography and negative-stain electron microscopy that a broadly protective antistem antibody can stably bind to cH4/3 and cH15/3 HAs, thereby validating their potential as universal vaccine immunogens. Furthermore, flexibility was observed in the head domain of the chimeric HA structures, suggesting that antibodies could also potentially interact with the head interface epitope. Our structural and binding studies demonstrated that a broadly protective antihead trimeric interface antibody could indeed target the more open head domain of the cH15/3 HA trimer. Thus, in addition to inducing broadly protective antibodies against the conserved HA stem, chimeric HAs may also be able to elicit antibodies against the conserved trimer interface in the HA head domain, thereby increasing the vaccine efficacy.
履歴
登録2022年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemagglutinin HA1 subunit
B: hemagglutinin HA2 subunit
L: Antibody 31.a.83 Fab light chain
H: antibody 31.a.83 Fab heavy chain
C: hemagglutinin HA1 subunit
D: hemagglutinin HA2 subunit
E: Antibody 31.a.83 Fab light chain
F: antibody 31.a.83 Fab heavy chain
G: hemagglutinin HA1 subunit
I: hemagglutinin HA2 subunit
J: Antibody 31.a.83 Fab light chain
K: antibody 31.a.83 Fab heavy chain
N: antibody FluA-20 Fab heavy chain
O: antibody FluA-20 Fab light chain
Q: antibody FluA-20 Fab heavy chain
R: antibody FluA-20 Fab light chain
T: antibody FluA-20 Fab heavy chain
U: antibody FluA-20 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)458,95718
ポリマ－458,95718
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)272.922, 155.729, 156.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain G
12chain B
22chain D
32chain I
13chain E
23chain J
33chain L
14chain F
24chain H
34chain K
15chain N
25chain Q
35chain T
16chain O
26chain R
36chain U

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLUGLUchain AAA11 - 3254 - 329
21ALAALAGLUGLUchain CCE11 - 3254 - 329
31ALAALAGLUGLUchain GGI11 - 3254 - 329
12GLYGLYILEILEchain BBB1 - 1731 - 173
22GLYGLYILEILEchain DDF1 - 1731 - 173
32GLYGLYILEILEchain IIJ1 - 1731 - 173
13GLUGLUCYSCYSchain EEG1 - 2141 - 214
23GLUGLUCYSCYSchain JJK1 - 2141 - 214
33GLUGLUCYSCYSchain LLC1 - 2141 - 214
14GLUGLULYSLYSchain FFH1 - 2281 - 232
24GLUGLULYSLYSchain HHD1 - 2281 - 232
34GLUGLULYSLYSchain KKL1 - 2281 - 232
15GLNGLNLYSLYSchain NNM1 - 2141 - 227
25GLNGLNLYSLYSchain QQO1 - 2141 - 227
35GLNGLNLYSLYSchain TTQ1 - 2141 - 227
16ASPASPGLUGLUchain OON1 - 2131 - 213
26ASPASPGLUGLUchain RRP1 - 2131 - 213
36ASPASPGLUGLUchain UUR1 - 2131 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACGBDI

#1: タンパク質 hemagglutinin HA1 subunit


分子量: 36593.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: タンパク質 hemagglutinin HA2 subunit


分子量: 20152.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2Z4LK48

-
抗体 , 4種, 12分子 LEJHFKNQTORU

#3: 抗体 Antibody 31.a.83 Fab light chain


分子量: 23512.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 antibody 31.a.83 Fab heavy chain


分子量: 24894.752 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 antibody FluA-20 Fab heavy chain


分子量: 24325.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#6: 抗体 antibody FluA-20 Fab light chain


分子量: 23508.186 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2 LiSO4, and 30% (w/v) polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.39→49.94 Å / Num. obs: 21811 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.56 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 5.39→5.59 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1941 / CC1/2: 0.589 / Rpim(I) all: 0.42 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TG8,4WE8,5KAQ,6OCB

5tg8

4we8

5kaq

6ocb


解像度: 5.39→49.94 Å / SU ML: 1.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 40.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 1073 4.93 %
Rwork0.3041 20713 -
obs0.306 21786 95.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 404.55 Å2 / Biso mean: 312.0282 Å2 / Biso min: 213.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 5.39→49.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31560 0 0 0 31560
残基数----4103
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1221X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
12C1221X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
13G1221X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
21B2571X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
22D2571X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
23I2571X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
31E3018X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
32J3018X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
33L3018X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
41F3075X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
42H3075X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
43K3075X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
51N3015X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
52Q3015X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
53T3015X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
61O3081X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
62R3081X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
63U3081X-RAY DIFFRACTION0.035TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
5.39-5.640.4011040.36682279238384
5.64-5.930.40891150.3542464257992
5.93-6.310.37891380.34652664280299
6.31-6.790.4161540.34712639279399
6.79-7.470.36141560.3482582273897
7.47-8.550.29871320.28642681281399
8.55-10.750.28471370.260627002837100
10.75-49.940.35661370.29622704284197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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