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- PDB-7u8e: Crystal structure of antibody Ab246 in complex with SARS-CoV-2 re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u8e
タイトルCrystal structure of antibody Ab246 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain
要素
  • (Antibody Ab246 Fab ...) x 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / Ab246 / receptor binding domain / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-18-2-0040 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Antibody targeting of conserved sites of vulnerability on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Chen, W.H. / Bai, H. / Martinez, E.J. / Jensen, J.L. / Rees, P.A. / Hajduczki, A. / Chang, W.C. / Choe, M. / Yan, L. / Sterling, S.L. / Swafford, I. / Kuklis, C. ...著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Chen, W.H. / Bai, H. / Martinez, E.J. / Jensen, J.L. / Rees, P.A. / Hajduczki, A. / Chang, W.C. / Choe, M. / Yan, L. / Sterling, S.L. / Swafford, I. / Kuklis, C. / Soman, S. / King, J. / Corbitt, C. / Zemil, M. / Peterson, C.E. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Donofrio, G.C. / Lal, K.G. / Tran, U. / Green, E.C. / Smith, C. / de Val, N. / Laing, E.D. / Broder, C.C. / Currier, J.R. / Gromowski, G.D. / Wieczorek, L. / Rolland, M. / Paquin-Proulx, D. / van Dyk, D. / Britton, Z. / Rajan, S. / Loo, Y.M. / McTamney, P.M. / Esser, M.T. / Polonis, V.R. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Modjarrad, K. / Joyce, M.G.
履歴
登録2022年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: Antibody Ab246 Fab heavy chain
L: Antibody Ab246 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,66311
ポリマ－70,8543
非ポリマー8098
水3,603200
1
H: Antibody Ab246 Fab heavy chain
L: Antibody Ab246 Fab light chain
ヘテロ分子

A: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,66311
ポリマ－70,8543
非ポリマー8098
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.797, 41.603, 98.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Antibody Ab246 Fab heavy chain


分子量: 24152.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment antigen-binding (Fab) heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Antibody Ab246 Fab light chain


分子量: 23628.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment antigen-binding (Fab) light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23073.766 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain (RBD) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Viral protein
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 207分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 33571 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 26.02 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.148 / Rsym value: 0.124 / Χ2: 0.92 / Net I/av σ(I): 9.78 / Net I/σ(I): 9.78
反射 シェル解像度: 2.29→2.38 Å / Num. unique obs: 3156 / CC1/2: 0.897 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H0E

6h0e


解像度: 2.29→19.899 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 1433 5 %
Rwork0.204 27223 -
obs0.2062 28656 82.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.62 Å2 / Biso mean: 44.9468 Å2 / Biso min: 11.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→19.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4841 0 51 200 5092
Biso mean--52.07 38.67 -
残基数----636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6776852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.932983
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.29-2.37160.3366910.2457171652
2.3716-2.46640.28381040.2392198061
2.4664-2.57840.31561190.2388225769
2.5784-2.7140.31381280.2398244875
2.714-2.88360.26521470.239277884
2.8836-3.10550.30531630.2294310694
3.1055-3.41660.25181700.2111323898
3.4166-3.90770.2331670.1891318096
3.9077-4.9110.18091720.1638326298
4.911-19.8990.24091720.1959325895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70960.0007-0.69892.39851.28080.86120.09530.2350.0199-0.71520.0092-0.7048-0.40660.8144-0.17180.38310.09050.19810.89870.11220.5102-9.572514.602821.2964
22.8215-1.5163-2.6642.75622.67483.36110.24950.52340.2998-0.86060.2142-0.4542-0.55570.7393-0.44110.73710.08420.36470.78770.16590.6578-14.026416.486612.954
31.9699-1.04611.99025.2783-4.49844.51840.22760.9169-0.8238-0.9929-0.1102-0.70621.4531.2077-0.06760.53550.30650.17061.01960.05590.7285-11.54110.658716.2828
46.4873-0.02931.88718.7212-2.20028.7821-0.13940.7722-0.6298-1.02810.136-0.75950.87950.80430.01830.37920.12880.09080.5364-0.04440.4347-21.86064.172512.7203
54.5529-0.3775-0.96791.6886-0.43642.37140.1267-0.0984-0.0036-0.030.0746-0.0011-0.0775-0.20980.08660.05930.14460.10550.80910.08320.4573-18.131910.2128.2807
61.4883-0.3709-0.00430.518-0.09810.0378-0.0341-0.64010.3307-0.01130.0065-0.2319-0.16680.14230.02970.17630.23820.04741.1309-0.05330.3015-20.303315.057234.6341
72.40472.0762-1.60182.9193-0.39751.9281-0.2886-1.1020.9080.52910.11180.3266-0.3257-0.28760.07370.35720.0618-0.02721.4107-0.29930.6729-20.555223.30249.7947
83.9872-0.2154-0.34951.23860.7362.910.0173-0.7103-0.11570.10970.1246-0.1703-0.1146-0.1716-0.01230.21210.11770.04030.92510.15730.4003-12.62116.918632.3115
93.8402-0.5603-3.0284.69770.57855.36740.47261.33880.0868-2.2668-0.2320.6835-0.6187-0.7567-0.21581.3550.08410.02321.3680.1640.523-22.148513.32834.1376
102.1789-1.0464-0.04052.7059-0.79781.351-0.1338-0.0840.0287-0.0817-0.2018-0.1602-0.00160.21520.12270.3060.09940.0322-0.09250.09720.2201-49.35845.438811.3482
112.44810.786-0.26550.67580.60771.481-0.07310.0313-0.146-0.07040.0984-0.06350.15890.228-0.0710.24330.05640.04870.05140.0440.1816-45.44864.051710.5512
121.765-1.4567-0.2412.11580.09220.97150.0119-0.08280.37820.0132-0.13110.1009-0.34850.13620.06160.3518-0.01310.00770.1102-0.01740.2932-67.332523.668618.8345
131.35590.09510.22250.1798-0.13211.2097-0.1159-0.9895-0.36030.3373-0.0154-0.09480.47820.3035-0.0230.31720.29-0.07590.61780.23380.0689-45.24750.496232.6259
141.9556-0.76960.95681.3905-0.28270.4922-0.016-0.7260.26640.0294-0.05610.02540.09750.24840.0670.21090.08480.00830.659-0.0360.1871-74.745921.224632.7957
151.9635-1.41591.14124.41420.06023.93540.1694-0.5921-0.22380.1905-0.29840.26680.0936-0.00810.08820.2189-0.02720.01220.5449-0.01120.2135-80.963720.912733.2167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 333 through 353 )A333 - 353
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 354 through 364 )A354 - 364
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 365 through 375 )A365 - 375
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 376 through 393 )A376 - 393
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 394 through 409 )A394 - 409
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 410 through 479 )A410 - 479
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 480 through 494 )A480 - 494
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 495 through 516 )A495 - 516
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 517 through 530 )A517 - 530
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 1 through 66 )H1 - 66
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 67 through 100F)H67 - 100
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 100G through 213 )H100
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 2 through 104 )L2 - 104
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 105 through 153 )L105 - 153
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 154 through 211 )L154 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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