PDB-7u8a: Product of 14mer primer with activated G monomer diastereomer 2

キーワード

RNA / RNA duplex / Phosphorothioate / Non-enzymatic RNA extension

機能・相同性

Chem-LXI / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Fang, Z. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Catalytic Metal Ion-Substrate Coordination during Nonenzymatic RNA Primer Extension.
著者: Fang, Z. / Pazienza, L.T. / Zhang, J. / Tam, C.P. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2022年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7u8a_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u8a_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7u8a_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	7u8a_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7u87C 7u88C 7u89C 8vawC 8vaxC 6c8oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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類似性 (1)
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リシン (Ricin)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*(LKC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*(G46))-3')

B: RNA (5'-R(*(LKC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*(G46))-3')

ヘテロ分子

10.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.873, 42.873, 82.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-102- MG
2	1	B-102- MG
3	1	A-211- HOH
4	1	B-207- HOH
5	1	B-212- HOH

#1: RNA鎖	RNA (5'-R((LKC)P(LCC)P(LCC)P(LCG)PAPCPUPUPAPAPGPUPCPGP(G46))-3') 分子量: 4794.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-LXI / 5'-O-[(R)-(2-amino-1H-imidazol-1-yl)(sulfanyl)phosphoryl]guanosine 分子量: 444.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇N₈O₆PS
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM PIPES pH 7.0, 65 mM Magnesium chloride, 1 mM Cobalt (III) Hexamine chloride, 26% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 5553 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 273 / CC_1/2: 0.935 / CC star: 0.983 / R_pim(I) all: 0.175 / R_rim(I) all: 0.556 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6C8O

6c8o

解像度: 2.1→41.416 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 4.933 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.229 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2818	291	5.248 %
R_work	0.1991	5254	-
all	0.203	-	-
obs	-	5545	99.659 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.632 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	-0.002 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	424	283	54	761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.038	0.018	788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.025	0.023	354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.706	2.288	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.49	2.486	832
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.194	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.604	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.023	136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.142	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.246	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.242	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.26	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.068	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.14	2.46	787
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.139	2.469	788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.041	3.676	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.039	3.684	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.8	23.485	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.773	23.366	1108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.303	21	0.213	371	X-RAY DIFFRACTION	97.5124
2.15-2.209	0.315	23	0.206	356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.273	0.304	15	0.199	378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.273-2.343	0.257	21	0.206	332	X-RAY DIFFRACTION	99.7175
2.343-2.42	0.261	17	0.193	348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.505	0.313	18	0.218	332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.505-2.599	0.36	8	0.23	319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.599-2.705	0.473	10	0.252	323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.705-2.825	0.415	16	0.3	292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.825-2.963	0.332	19	0.256	272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.963-3.123	0.332	27	0.19	266	X-RAY DIFFRACTION	99.6599
3.123-3.312	0.238	24	0.197	247	X-RAY DIFFRACTION	99.6324
3.312-3.541	0.154	13	0.19	242	X-RAY DIFFRACTION	99.6094
3.541-3.824	0.268	13	0.149	226	X-RAY DIFFRACTION	99.5833
3.824-4.188	0.299	9	0.151	217	X-RAY DIFFRACTION	100
4.188-4.681	0.298	15	0.141	197	X-RAY DIFFRACTION	100
4.681-5.402	0.148	10	0.191	174	X-RAY DIFFRACTION	100
5.402-6.609	0.186	4	0.193	154	X-RAY DIFFRACTION	100
6.609-9.317	0.678	3	0.239	132	X-RAY DIFFRACTION	100
9.317-41.416	0.328	5	0.187	76	X-RAY DIFFRACTION	95.2941

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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