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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u84 | ||||||||||||
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タイトル | Human DNA polymerase eta-DNA-dGMPNPP ternary mismatch complex in 6.0 mM Mn2+ for 600s | ||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / Polymerase / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / regulation of DNA repair / error-prone translesion synthesis / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / regulation of DNA repair / error-prone translesion synthesis / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chang, C. / Gao, Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: In crystallo observation of three metal ion promoted DNA polymerase misincorporation. 著者: Chang, C. / Lee Luo, C. / Gao, Y. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 805.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 811.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7u72C ![]() 7u73C ![]() 7u74C ![]() 7u75C ![]() 7u76C ![]() 7u77C ![]() 7u78C ![]() 7u79C ![]() 7u7aC ![]() 7u7bC ![]() 7u7cC ![]() 7u7dC ![]() 7u7eC ![]() 7u7fC ![]() 7u7gC ![]() 7u7iC ![]() 7u7jC ![]() 7u7kC ![]() 7u7lC ![]() 7u7rC ![]() 7u7sC ![]() 7u7tC ![]() 7u7uC ![]() 7u7vC ![]() 7u7wC ![]() 7u7xC ![]() 7u7yC ![]() 7u7zC ![]() 7u80C ![]() 7u81C ![]() 7u82C ![]() 7u83C ![]() 4ecqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#2: DNA鎖 | 分子量: 3637.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 419分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/XG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/XG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-XG4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10% PEG2000 MME, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年2月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.71→41.95 Å / Num. obs: 65683 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.743 % / Biso Wilson estimate: 30.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.856 / Net I/σ(I): 11.88 / Num. measured all: 541269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4ECQ 解像度: 1.71→41.95 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.76 Å2 / Biso mean: 36.1577 Å2 / Biso min: 16.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.71→41.95 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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