PDB-7u7h: Cysteate acyl-ACP transferase from Alistipes finegoldii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u7h

タイトル

Cysteate acyl-ACP transferase from Alistipes finegoldii

要素

7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

キーワード

TRANSFERASE / sulfonolipid biosynthesis / acyltransferase / Aminotransferase class I and II / Aminotran_1_2 / PLP-dependent alpha-oxoamine synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Alistipes finegoldii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Radka, C.D. / Miller, D.J. / Frank, M.W. / Rock, C.O.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1K99AI166116-01	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5R01GM034496-38	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Biochemical characterization of the first step in sulfonolipid biosynthesis in Alistipes finegoldii.
著者: Radka, C.D. / Miller, D.J. / Frank, M.W. / Rock, C.O.

履歴

登録	2022年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u7h.cif.gz	943.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u7h.ent.gz	796.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7u7h_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u7h_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7u7h_validation.xml.gz	86.8 KB	表示
CIF形式データ	7u7h_validation.cif.gz	116.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/7u7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/7u7h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3a2bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

B: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

C: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

D: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

E: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

F: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

ヘテロ分子

301 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

B: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

F: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
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3

D: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

E: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.516, 127.516, 177.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme 分子量: 50036.500 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alistipes finegoldii (strain DSM 17242 / JCM 16770 / CCUG 46020 / CIP 107999 / KCTC 15236 / AHN 2437) (バクテリア) 株: DSM 17242 / JCM 16770 / CCUG 46020 / CIP 107999 / KCTC 15236 / AHN 2437 遺伝子: Alfi_1224 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3YKQ4
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG 8000, 100 mM sodium cacodylate, 100 mM calcium acetate PH範囲: 5.0 - 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→29.55 Å / Num. obs: 71215 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 22569 / CC_1/2: 0.782 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A2B

3a2b

解像度: 2.9→29.55 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	3557	5 %
R_work	0.2181	67521	-
obs	0.2206	71215	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 285.12 Å² / B_iso mean: 100.0168 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18469	0	30	0	18499
B_iso mean	-	-	61.86	-	-
残基数	-	-	-	-	2492

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9-2.94	0.3746	133	0.3531	2538	2671	96
2.94-2.98	0.3535	146	0.3189	2778	2924	100
2.98-3.03	0.3541	142	0.3015	2691	2833	100
3.03-3.07	0.3313	144	0.2971	2718	2862	100
3.07-3.12	0.3544	142	0.3072	2688	2830	99
3.12-3.18	0.3346	143	0.2902	2708	2851	100
3.18-3.24	0.3322	139	0.26	2672	2811	100
3.24-3.3	0.2994	144	0.2595	2723	2867	100
3.3-3.37	0.288	142	0.2592	2683	2825	100
3.37-3.44	0.2806	142	0.249	2691	2833	100
3.44-3.52	0.3506	145	0.2461	2744	2889	99
3.52-3.61	0.2827	141	0.2413	2663	2804	100
3.61-3.7	0.3163	143	0.2414	2750	2893	100
3.7-3.81	0.2666	142	0.2275	2683	2825	100
3.81-3.93	0.2534	143	0.2074	2707	2850	100
3.94-4.08	0.2625	142	0.1952	2705	2847	100
4.08-4.24	0.2318	144	0.1909	2736	2880	100
4.24-4.43	0.2351	143	0.1877	2709	2852	100
4.43-4.66	0.2238	141	0.1789	2679	2820	100
4.66-4.95	0.2357	144	0.1765	2726	2870	100
4.95-5.33	0.2472	142	0.2014	2710	2852	100
5.34-5.87	0.2897	143	0.2281	2706	2849	100
5.87-6.71	0.2704	144	0.2307	2724	2868	100
6.71-8.42	0.2388	142	0.2163	2702	2844	100
8.42-29.55	0.2408	141	0.1777	2687	2828	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2891	0.1399	0.5109	0.3998	0.0092	1.0754	-0.375	-0.5947	0.2173	0.329	0.366	0.1713	-0.5191	-0.7916	-0.0249	0.8465	0.4474	0.1235	0.63	0.0821	0.6081	-8.7041	52.8048	-19.9524
2	1.6857	0.3381	0.0951	1.1258	-0.0733	3.3612	-0.2184	0.0142	-0.0888	0.1618	0.2306	0.2148	0.5283	0.0021	-0.0284	0.5361	0.0063	0.0443	0.236	0.056	0.5806	0.3415	28.9736	-31.174
3	0.4139	0.0798	0.0936	1.3971	0.2438	2.4134	-0.2002	-0.0142	-0.1063	0.2494	0.2421	0.3493	1.1512	-0.4243	-0.0573	0.787	-0.1658	0.0988	0.3027	0.1161	0.6358	-6.1845	20.702	-31.2605
4	0.8437	0.0216	0.4378	1.5394	1.2452	1.9554	0.1231	-0.6011	-0.0176	0.6225	-0.2192	-0.0778	0.3786	-0.2808	0.0496	1.0062	0.1996	0.1036	0.4877	0.0989	0.5787	0.6496	31.2896	-6.9423
5	1.0426	0.2051	0.0347	0.5059	0.1145	1.0157	0.1549	-0.5958	0.1574	0.5665	0.2035	-0.0538	-0.3941	0.3225	-0.2311	1.1665	0.2544	0.0899	0.5361	0.0478	0.536	3.4503	39.782	-4.2906
6	0.3366	0.2304	-0.5918	0.2702	-0.256	1.2795	-0.3517	0.7313	-0.3747	0.0696	0.1941	0.3497	0.3503	-0.7068	0.0463	0.991	-0.441	-0.1993	1.0881	0.1792	0.9166	-13.8255	18.1255	-49.434
7	1.1926	0.2203	0.2966	1.2146	0.1597	3.199	-0.2289	-0.0475	0.0768	-0.2495	0.2565	0.1591	-0.4026	0.2298	-0.0004	0.4488	-0.0505	-0.0421	0.2122	0.0607	0.5056	3.1568	42.5188	-40.7824
8	1.9281	0.6522	-0.6733	0.8298	-0.0191	0.2966	-0.3461	0.3177	-0.1973	-0.3843	0.2981	0.7402	-0.4173	-1.3591	0.0497	0.7243	0.308	-0.1681	0.914	0.296	1.0536	-19.0782	52.2302	-46.4123
9	0.8041	-0.1145	0.2612	1.5271	0.1832	1.8155	-0.3042	0.4831	0.1417	-0.5887	0.3705	0.0502	-1.3505	-0.0478	-0.0472	0.8664	-0.0078	-0.161	0.0103	0.2207	0.5321	-0.2659	50.2069	-47.2542
10	0.4061	-0.0916	-0.059	1.6099	0.3672	1.5353	0.0483	0.5347	-0.1795	-0.6675	0.0759	0.1132	0.2055	0.126	-0.0838	1.0253	-0.264	-0.1132	0.5669	0.0315	0.6367	1.7469	33.9636	-66.0747
11	1.1435	0.6056	-0.4041	0.3537	-0.4235	1.6005	-0.0522	-0.4416	-0.0594	-0.1268	-0.2209	0.0062	0.6745	1.1915	0.0962	1.2007	0.0226	0.0351	0.8466	0.0516	0.7355	36.716	63.702	-77.302
12	1.6168	0.1743	-0.3714	2.0803	-0.5792	3.6797	-0.2258	0.2741	-0.1007	-0.2857	0.1426	-0.0634	0.9072	-0.5206	0.0848	1.0028	-0.396	0.0839	0.6145	0.0723	0.5914	20.914	65.5593	-95.3545
13	1.2286	0.0512	0.3538	0.5285	-0.8279	1.4263	-0.0277	0.0029	0.0036	-0.1357	0.0462	-0.0262	0.646	-0.278	-0.0655	1.1779	-0.2324	0.14	0.5183	0.0231	0.6143	23.21	62.2445	-76.1848
14	1.5547	-0.0978	0.2797	0.2793	0.4101	1.8531	-0.0627	-0.3316	0.3201	-0.285	0.1947	-0.1218	0.0546	0.3792	-0.1234	1.038	-0.3804	0.1123	0.8019	0.0129	0.6657	24.0461	71.9907	-62.5841
15	0.26	0.4675	-0.1315	0.7561	-0.2221	0.0618	-0.0549	0.2079	-0.3048	-0.0778	0.4611	-0.427	-0.4939	-0.2845	-0.0178	1.599	0.1736	-0.1019	1.2369	-0.0281	0.9627	-19.9507	36.5264	-112.7436
16	1.1774	0.1486	0.5209	1.2334	0.5401	4.122	0.1083	-0.0711	-0.0155	0.4085	-0.176	0.1691	0.9285	-0.8152	0.0305	0.9594	-0.3965	0.0038	0.6513	-0.0843	0.5682	-21.3338	13.7783	-98.3077
17	1.4895	-0.5965	-0.7039	1.4538	-0.6096	1.6065	0.2407	0.0026	0.2767	-0.4495	-0.1545	-0.3118	-0.065	0.115	-0.1213	1.0153	-0.3431	0.0788	0.7265	-0.1471	0.6868	-12.4554	19.6079	-126.0893
18	1.0904	0.2983	0.0773	0.9179	0.0805	0.4002	0.1214	-0.9966	0.1004	0.901	-0.1041	0.4196	0.0709	-1.2323	-0.0197	1.1662	-0.3407	0.2668	1.5358	-0.2398	0.7807	-37.5693	20.8871	-82.119
19	0.7181	-0.943	0.6791	1.7489	-0.3101	1.3075	0.4316	0.5039	0.9002	-0.3157	-0.1706	-0.0945	-0.1387	0.2131	-0.1672	0.993	-0.173	-0.1315	1.6166	0.0349	1.3655	-36.6453	27.1573	-109.7518
20	2.3827	0.7039	-0.7358	2.5175	0.0727	3.1678	0.3553	-0.5445	0.4629	0.6406	-0.3897	0.6014	-0.8929	-1.0822	0.0176	1.2126	0.1039	0.138	1.2244	-0.2804	0.927	-33.0083	38.9345	-86.8499
21	1.7455	0.0657	-0.3102	0.5878	-0.471	0.4443	-0.2093	0.8919	0.5431	-1.0722	0.2076	-0.0888	-1.0383	0.6813	0.0696	1.3282	-0.292	-0.124	1.7327	0.3729	0.8596	64.3332	6.2872	-48.469
22	0.7947	-0.8948	0.3397	1.4725	0.3584	1.3673	-0.3265	-0.3396	0.4558	-0.0678	0.5771	1.069	-0.4796	-0.8356	-0.169	1.4604	-0.4028	-0.0883	1.4274	0.0919	1.2066	58.3071	8.5902	-20.6619
23	2.6384	0.334	-0.2577	2.0489	-0.1804	1.8779	0.0159	0.8385	0.7778	-0.0197	0.0236	0.528	-0.9063	-0.5044	-0.0355	1.0537	0.2994	-0.1468	1.2351	0.1947	0.9184	37.6018	7.0226	-38.1862
24	1.3179	0.0724	0.1263	0.952	-0.2685	1.1341	0.0365	0.7802	0.5715	-0.5812	0.0344	-0.2522	-1.1908	0.3739	-0.0079	2.005	-0.3111	-0.0193	1.3649	0.3771	1.0886	57.5152	16.5088	-49.8406

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 32 )	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 163 )	A	33 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 164 through 301 )	A	164 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 302 through 373 )	A	302 - 373
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 374 through 423 )	A	374 - 423
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 22 )	B	1 - 22
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 23 through 148 )	B	23 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 149 through 199 )	B	149 - 199
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 200 through 354 )	B	200 - 354
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 355 through 423 )	B	355 - 423
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 75 )	C	1 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 76 through 272 )	C	76 - 272
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 273 through 354 )	C	273 - 354
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 355 through 411 )	C	355 - 411
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1 through 47 )	D	1 - 47
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 48 through 321 )	D	48 - 321
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 322 through 410 )	D	322 - 410
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 1 through 61 )	E	1 - 61
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 62 through 90 )	E	62 - 90
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 91 through 423 )	E	91 - 423
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 61 )	F	1 - 61
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 62 through 90 )	F	62 - 90
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 91 through 272 )	F	91 - 272
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 273 through 423 )	F	273 - 423

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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