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- PDB-7u7h: Cysteate acyl-ACP transferase from Alistipes finegoldii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u7h
タイトルCysteate acyl-ACP transferase from Alistipes finegoldii
要素7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
キーワードTRANSFERASE / sulfonolipid biosynthesis / acyltransferase / Aminotransferase class I and II / Aminotran_1_2 / PLP-dependent alpha-oxoamine synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / transferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Alistipes finegoldii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Radka, C.D. / Miller, D.J. / Frank, M.W. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1K99AI166116-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM034496-38 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Biochemical characterization of the first step in sulfonolipid biosynthesis in Alistipes finegoldii.
著者: Radka, C.D. / Miller, D.J. / Frank, M.W. / Rock, C.O.
履歴
登録2022年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
B: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
C: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
D: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
E: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
F: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,7138
ポリマ－300,2196
非ポリマー4942
水00
1
A: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
B: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5674
ポリマ－100,0732
非ポリマー4942
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10340 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area28420 Å2
手法PISA
2
C: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme

F: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0732
ポリマ－100,0732
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_664-x+y+1,-x+1,z-1/31
Buried area7740 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area29970 Å2
手法PISA
3
D: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme
E: 7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0732
ポリマ－100,0732
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.516, 127.516, 177.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
7-keto-8-aminopelargonate synthetase-like enzyme


分子量: 50036.500 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alistipes finegoldii (strain DSM 17242 / JCM 16770 / CCUG 46020 / CIP 107999 / KCTC 15236 / AHN 2437) (バクテリア)
株: DSM 17242 / JCM 16770 / CCUG 46020 / CIP 107999 / KCTC 15236 / AHN 2437
遺伝子: Alfi_1224 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3YKQ4
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% PEG 8000, 100 mM sodium cacodylate, 100 mM calcium acetate
PH範囲: 5.0 - 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月21日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.55 Å / Num. obs: 71215 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 22569 / CC1/2: 0.782 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.19.1_4122位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A2B

3a2b


解像度: 2.9→29.55 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 3557 5 %
Rwork0.2181 67521 -
obs0.2206 71215 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 285.12 Å2 / Biso mean: 100.0168 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18469 0 30 0 18499
Biso mean--61.86 --
残基数----2492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.940.37461330.35312538267196
2.94-2.980.35351460.318927782924100
2.98-3.030.35411420.301526912833100
3.03-3.070.33131440.297127182862100
3.07-3.120.35441420.30722688283099
3.12-3.180.33461430.290227082851100
3.18-3.240.33221390.2626722811100
3.24-3.30.29941440.259527232867100
3.3-3.370.2881420.259226832825100
3.37-3.440.28061420.24926912833100
3.44-3.520.35061450.24612744288999
3.52-3.610.28271410.241326632804100
3.61-3.70.31631430.241427502893100
3.7-3.810.26661420.227526832825100
3.81-3.930.25341430.207427072850100
3.94-4.080.26251420.195227052847100
4.08-4.240.23181440.190927362880100
4.24-4.430.23511430.187727092852100
4.43-4.660.22381410.178926792820100
4.66-4.950.23571440.176527262870100
4.95-5.330.24721420.201427102852100
5.34-5.870.28971430.228127062849100
5.87-6.710.27041440.230727242868100
6.71-8.420.23881420.216327022844100
8.42-29.550.24081410.17772687282899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28910.13990.51090.39980.00921.0754-0.375-0.59470.21730.3290.3660.1713-0.5191-0.7916-0.02490.84650.44740.12350.630.08210.6081-8.704152.8048-19.9524
21.68570.33810.09511.1258-0.07333.3612-0.21840.0142-0.08880.16180.23060.21480.52830.0021-0.02840.53610.00630.04430.2360.0560.58060.341528.9736-31.174
30.41390.07980.09361.39710.24382.4134-0.2002-0.0142-0.10630.24940.24210.34931.1512-0.4243-0.05730.787-0.16580.09880.30270.11610.6358-6.184520.702-31.2605
40.84370.02160.43781.53941.24521.95540.1231-0.6011-0.01760.6225-0.2192-0.07780.3786-0.28080.04961.00620.19960.10360.48770.09890.57870.649631.2896-6.9423
51.04260.20510.03470.50590.11451.01570.1549-0.59580.15740.56650.2035-0.0538-0.39410.3225-0.23111.16650.25440.08990.53610.04780.5363.450339.782-4.2906
60.33660.2304-0.59180.2702-0.2561.2795-0.35170.7313-0.37470.06960.19410.34970.3503-0.70680.04630.991-0.441-0.19931.08810.17920.9166-13.825518.1255-49.434
71.19260.22030.29661.21460.15973.199-0.2289-0.04750.0768-0.24950.25650.1591-0.40260.2298-0.00040.4488-0.0505-0.04210.21220.06070.50563.156842.5188-40.7824
81.92810.6522-0.67330.8298-0.01910.2966-0.34610.3177-0.1973-0.38430.29810.7402-0.4173-1.35910.04970.72430.308-0.16810.9140.2961.0536-19.078252.2302-46.4123
90.8041-0.11450.26121.52710.18321.8155-0.30420.48310.1417-0.58870.37050.0502-1.3505-0.0478-0.04720.8664-0.0078-0.1610.01030.22070.5321-0.265950.2069-47.2542
100.4061-0.0916-0.0591.60990.36721.53530.04830.5347-0.1795-0.66750.07590.11320.20550.126-0.08381.0253-0.264-0.11320.56690.03150.63671.746933.9636-66.0747
111.14350.6056-0.40410.3537-0.42351.6005-0.0522-0.4416-0.0594-0.1268-0.22090.00620.67451.19150.09621.20070.02260.03510.84660.05160.735536.71663.702-77.302
121.61680.1743-0.37142.0803-0.57923.6797-0.22580.2741-0.1007-0.28570.1426-0.06340.9072-0.52060.08481.0028-0.3960.08390.61450.07230.591420.91465.5593-95.3545
131.22860.05120.35380.5285-0.82791.4263-0.02770.00290.0036-0.13570.0462-0.02620.646-0.278-0.06551.1779-0.23240.140.51830.02310.614323.2162.2445-76.1848
141.5547-0.09780.27970.27930.41011.8531-0.0627-0.33160.3201-0.2850.1947-0.12180.05460.3792-0.12341.038-0.38040.11230.80190.01290.665724.046171.9907-62.5841
150.260.4675-0.13150.7561-0.22210.0618-0.05490.2079-0.3048-0.07780.4611-0.427-0.4939-0.2845-0.01781.5990.1736-0.10191.2369-0.02810.9627-19.950736.5264-112.7436
161.17740.14860.52091.23340.54014.1220.1083-0.0711-0.01550.4085-0.1760.16910.9285-0.81520.03050.9594-0.39650.00380.6513-0.08430.5682-21.333813.7783-98.3077
171.4895-0.5965-0.70391.4538-0.60961.60650.24070.00260.2767-0.4495-0.1545-0.3118-0.0650.115-0.12131.0153-0.34310.07880.7265-0.14710.6868-12.455419.6079-126.0893
181.09040.29830.07730.91790.08050.40020.1214-0.99660.10040.901-0.10410.41960.0709-1.2323-0.01971.1662-0.34070.26681.5358-0.23980.7807-37.569320.8871-82.119
190.7181-0.9430.67911.7489-0.31011.30750.43160.50390.9002-0.3157-0.1706-0.0945-0.13870.2131-0.16720.993-0.173-0.13151.61660.03491.3655-36.645327.1573-109.7518
202.38270.7039-0.73582.51750.07273.16780.3553-0.54450.46290.6406-0.38970.6014-0.8929-1.08220.01761.21260.10390.1381.2244-0.28040.927-33.008338.9345-86.8499
211.74550.0657-0.31020.5878-0.4710.4443-0.20930.89190.5431-1.07220.2076-0.0888-1.03830.68130.06961.3282-0.292-0.1241.73270.37290.859664.33326.2872-48.469
220.7947-0.89480.33971.47250.35841.3673-0.3265-0.33960.4558-0.06780.57711.069-0.4796-0.8356-0.1691.4604-0.4028-0.08831.42740.09191.206658.30718.5902-20.6619
232.63840.334-0.25772.0489-0.18041.87790.01590.83850.7778-0.01970.02360.528-0.9063-0.5044-0.03551.05370.2994-0.14681.23510.19470.918437.60187.0226-38.1862
241.31790.07240.12630.952-0.26851.13410.03650.78020.5715-0.58120.0344-0.2522-1.19080.3739-0.00792.005-0.3111-0.01931.36490.37711.088657.515216.5088-49.8406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 32 )A1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 163 )A33 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 164 through 301 )A164 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 302 through 373 )A302 - 373
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 374 through 423 )A374 - 423
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 22 )B1 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 23 through 148 )B23 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 149 through 199 )B149 - 199
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 200 through 354 )B200 - 354
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 355 through 423 )B355 - 423
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 75 )C1 - 75
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 76 through 272 )C76 - 272
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 273 through 354 )C273 - 354
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 355 through 411 )C355 - 411
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 47 )D1 - 47
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 48 through 321 )D48 - 321
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 322 through 410 )D322 - 410
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 61 )E1 - 61
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 62 through 90 )E62 - 90
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 91 through 423 )E91 - 423
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 61 )F1 - 61
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 62 through 90 )F62 - 90
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 91 through 272 )F91 - 272
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 273 through 423 )F273 - 423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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