PDB-7u71: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC13-15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u71

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC13-15

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / kinocilium / photoreceptor ribbon synapse / inner ear auditory receptor cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.975 Å

データ登録者

De La Torre, P. / Sandhu, J.S. / Velez-Cortes, F. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC13-15
著者: De La Torre, P. / Sandhu, J.S. / Velez-Cortes, F. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2022年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u71.cif.gz	85.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u71.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7u71_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u71_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	7u71_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7u71_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/7u71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/7u71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k8rS 5wj8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

AAA: Cadherin-23

ヘテロ分子

36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.898, 44.047, 133.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.586, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 36255.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residuess 1308-1628 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH7.5 0.2 M NaOAc 20% PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.975→100 Å / Num. obs: 22984 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.425
反射シェル	解像度: 1.975→2.01 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 9.44 / Num. unique obs: 1134 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5K8R,5WJ8

5k8r

5wj8

解像度: 1.975→44.548 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 3.2 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	1104	4.903 %
R_work	0.175	21412	-
all	0.177	-	-
obs	-	22516	97.637 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.908 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.423 Å²	-0 Å²	-0.206 Å²
2-	-	1.055 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.591 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.975→44.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2304	0	10	228	2542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.644	3195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.581	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.829	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.056	22.96	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.386	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.357	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.09	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.075	2.056	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.075	2.055	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.157	3.043	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.156	3.045	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.972	2.481	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.971	2.481	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.699	3.561	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.698	3.561	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.585	24.85	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.56	24.613	2478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.975-2.026	0.272	75	0.172	1480	X-RAY DIFFRACTION	92.1755
2.026-2.081	0.223	91	0.166	1506	X-RAY DIFFRACTION	97.6161
2.081-2.142	0.211	74	0.161	1555	X-RAY DIFFRACTION	98.9071
2.142-2.208	0.241	76	0.164	1418	X-RAY DIFFRACTION	98.6139
2.208-2.28	0.204	69	0.152	1428	X-RAY DIFFRACTION	99.2048
2.28-2.36	0.206	77	0.147	1380	X-RAY DIFFRACTION	97.7852
2.36-2.449	0.226	75	0.158	1291	X-RAY DIFFRACTION	98.0617
2.449-2.549	0.26	54	0.169	1292	X-RAY DIFFRACTION	97.3247
2.549-2.662	0.267	60	0.179	1185	X-RAY DIFFRACTION	98.4968
2.662-2.792	0.24	62	0.19	1202	X-RAY DIFFRACTION	98.5959
2.792-2.943	0.212	61	0.186	1086	X-RAY DIFFRACTION	98.2862
2.943-3.122	0.245	61	0.187	1072	X-RAY DIFFRACTION	98.6075
3.122-3.337	0.208	44	0.185	977	X-RAY DIFFRACTION	98.6473
3.337-3.604	0.253	51	0.183	898	X-RAY DIFFRACTION	94.995
3.604-3.948	0.231	23	0.171	894	X-RAY DIFFRACTION	97.4495
3.948-4.413	0.156	40	0.165	761	X-RAY DIFFRACTION	98.767
4.413-5.095	0.182	43	0.158	682	X-RAY DIFFRACTION	98.6395
5.095-6.238	0.255	28	0.196	589	X-RAY DIFFRACTION	98.2484
6.238-8.812	0.21	27	0.215	454	X-RAY DIFFRACTION	94.685
8.812-44.548	0.227	13	0.232	262	X-RAY DIFFRACTION	97.5177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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