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- PDB-7u6l: Pseudooxynicotine amine oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u6l
タイトルPseudooxynicotine amine oxidase
要素Amine oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / oxidoreductase / monoamine oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Flavin amine oxidase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Amine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Choudhary, V. / Stull, F. / Wu, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM139069-01A1 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The enzyme pseudooxynicotine amine oxidase from Pseudomonas putida S16 is not an oxidase, but a dehydrogenase.
著者: Choudhary, V. / Wu, K. / Zhang, Z. / Dulchavsky, M. / Barkman, T. / Bardwell, J.C.A. / Stull, F.
履歴
登録2022年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase
B: Amine oxidase
C: Amine oxidase
D: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,2288
ポリマ－201,0864
非ポリマー3,1424
水6,738374
1
A: Amine oxidase
ヘテロ分子

D: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1144
ポリマ－100,5432
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
2
B: Amine oxidase
C: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1144
ポリマ－100,5432
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.990, 50.340, 150.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 13 through 57 or (resid 58...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 13 through 57 or (resid 58...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 13 through 97 or (resid 98...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 13 through 58 or resid 62...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALLEUA1 - 46
d_12ens_1LYSGLUA48 - 434
d_13ens_1FADFADB
d_21ens_1VALLEUC1 - 46
d_22ens_1LYSGLUC49 - 435
d_23ens_1FADFADD
d_31ens_1VALGLUE1 - 433
d_32ens_1FADFADF
d_41ens_1VALLEUG1 - 46
d_42ens_1LYSGLUG49 - 435
d_43ens_1FADFADH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00886625712259, -0.480459597138, -0.876972043456), (0.49286692614, 0.765177586509, -0.414228746252), (0.870059528195, -0.428557856796, 0.243586906002)-12.9750141798, -57.3125643263, -1.84022030682
2given(0.997527047724, -0.0118074764903, 0.0692847209586), (-0.0131110748699, -0.99974491032, 0.0183905955736), (0.0690499006164, -0.0192535136723, -0.997427397576)-40.2472557612, -7.99404034526, 1.99639507074
3given(-0.0916828954446, 0.516254245784, 0.851513828656), (-0.495149650306, -0.765542249806, 0.410818557959), (0.863956636924, -0.383961739594, 0.325810239316)-26.1818585566, 23.0149548002, -4.90027379135

-
要素

#1: タンパク質
Amine oxidase


分子量: 50271.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
株: S16 / 遺伝子: PPS_4080
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: F8G0P1
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystal condition: 0.18M Potassium Bromide + 29% PEG 4000 + 0.1M TAPS pH 9
Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48 Å / Num. obs: 64436 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.87 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / CC1/2: 0.982 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6c71

6c71


解像度: 2.6→47.99 Å / SU ML: 0.2713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 19.9444
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 1969 3.12 %
Rwork0.1701 61107 -
obs0.1717 63076 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13399 0 212 374 13985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004113945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.744719020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04882110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00582423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.16671897
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.518460162464
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.497974186017
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.513447996317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.670.30691450.22464225X-RAY DIFFRACTION95.19
2.67-2.740.24971200.20694211X-RAY DIFFRACTION95.92
2.74-2.820.28341540.19064227X-RAY DIFFRACTION95.99
2.82-2.910.25611300.18464258X-RAY DIFFRACTION96.52
2.91-3.010.20831470.17634294X-RAY DIFFRACTION97.3
3.01-3.130.2531300.17814350X-RAY DIFFRACTION97.62
3.13-3.280.24471400.17414316X-RAY DIFFRACTION98.08
3.28-3.450.21721320.16394371X-RAY DIFFRACTION98.73
3.45-3.660.20871420.17034386X-RAY DIFFRACTION98.74
3.66-3.950.23231410.16644430X-RAY DIFFRACTION99.18
3.95-4.340.20441460.14884433X-RAY DIFFRACTION99.26
4.34-4.970.16981450.14384486X-RAY DIFFRACTION99.55
4.97-6.260.19191430.17564492X-RAY DIFFRACTION99.14
6.26-47.990.20321540.1654628X-RAY DIFFRACTION99.25
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.917002928699-0.708902369585-0.08735434541972.00918475811-0.9219411054881.804792334370.0259712141322-0.4904411759110.1907658864930.1558597541170.0729643421731-0.0401462790317-0.547257656403-0.139935736286-0.09716870700030.273807545353-0.02045154393430.02266042815650.335741063575-0.04088030299420.14667552978949.74892399868.95104159104-6.92577918847
22.56644870774-0.9512499221390.333315352591.16831747306-0.1197502113531.026914591770.1578168560980.2066762003420.000715472866332-0.114830731088-0.0870167498069-0.1594862285090.1032421338410.26915803991-0.06756647711960.2131113988690.005730580180290.03386899193690.2353677568050.01521975131610.16964738851767.59742717590.862750505658-27.1803407677
32.344328400990.3448822812870.2114146869491.828078881560.2153578597781.577789817290.1249656928480.0308122042307-0.732797696797-0.105196118802-0.000751358402078-0.2498855393360.3874487798230.239655967552-0.1214308430630.280925403780.0669340667388-0.03864543493940.20104068416-0.05367013081590.34085953371170.9402217118-14.0037570182-24.5796685388
41.88239559989-0.291364778858-0.06047964393431.16470421093-0.1976423466691.336584781470.0481779717761-0.0485023492966-0.1261851667630.0891607410859-0.08055023632470.0500160073541-0.0356421440017-0.04408138530190.03294163918120.181490368764-0.0488334105871-0.01399327683720.135340092455-0.03349060275640.16448482325958.59935261672.4525491459-16.3488114323
54.16005917774-0.798661365784-2.065937295892.029051388710.2190727708032.115478036240.165506869598-0.3626437407730.01856431051790.288506865317-0.129483215184-0.0500105212208-0.0526393760617-0.374460130663-0.01665769954950.251733803570.01789851656390.06738432406970.4740281835370.08098786390150.23117481635540.5779453904-0.4709224774461.43021095256
64.682923046820.872208799806-0.5533360790920.2332213762270.4244693721921.47042659311-0.116522949073-0.2434467587980.09359349212730.0935681465570.1507694937320.1658338387080.102209185224-0.0243182742993-0.007745526503020.2331643857080.0384732922733-0.02245682728470.3069915286930.07462748495530.25061383636258.7104765762-6.15318912965-5.25528537253
73.111894783710.28585822529-0.314860777830.91911497784-0.4582062184282.836240946050.004560396766640.013146937380.3119183665820.05318893877260.09984135101680.0961846580279-0.1686210582730.450928373897-0.09452001594020.163448544424-0.0491155036752-0.03401712331420.2598681512260.02078425081680.26091079288379.80259680464.64354767216-14.6232957041
81.7189496698-0.321187861687-0.2928655902360.549167473425-0.1827498324221.434672891330.0302553884205-0.387114528479-0.08994284782810.0226861978716-0.0116821831829-0.1137044932480.17232532436-0.0285925248648-0.001547877367250.197998147703-0.0110877746429-0.03896530177280.1408322684650.01044869976930.23549571027663.6583570895-2.29324240505-10.7506757735
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 13 through 65 )AA13 - 651 - 51
22chain 'A' and (resid 66 through 144 )AA66 - 14452 - 130
33chain 'A' and (resid 145 through 181 )AA145 - 181131 - 167
44chain 'A' and (resid 182 through 246 )AA182 - 246168 - 232
55chain 'A' and (resid 247 through 270 )AA247 - 270233 - 256
66chain 'A' and (resid 271 through 306 )AA271 - 306257 - 292
77chain 'A' and (resid 307 through 355 )AA307 - 355293 - 341
88chain 'A' and (resid 356 through 426 )AA356 - 426342 - 412
99chain 'A' and (resid 427 through 448 )AA427 - 448413 - 434
1010chain 'B' and (resid 13 through 106 )BC13 - 1061 - 93
1111chain 'B' and (resid 107 through 246 )BC107 - 24694 - 233
1212chain 'B' and (resid 247 through 270 )BC247 - 270234 - 257
1313chain 'B' and (resid 271 through 355 )BC271 - 355258 - 342
1414chain 'B' and (resid 356 through 448 )BC356 - 448343 - 435
1515chain 'C' and (resid 13 through 83 )CE13 - 831 - 68
1616chain 'C' and (resid 84 through 199 )CE84 - 19969 - 184
1717chain 'C' and (resid 200 through 270 )CE200 - 270185 - 255
1818chain 'C' and (resid 271 through 355 )CE271 - 355256 - 340
1919chain 'C' and (resid 356 through 450 )CE356 - 450341 - 435
2020chain 'D' and (resid 13 through 64 )DG13 - 641 - 51
2121chain 'D' and (resid 65 through 229 )DG65 - 22952 - 216
2222chain 'D' and (resid 230 through 284 )DG230 - 284217 - 271
2323chain 'D' and (resid 285 through 391 )DG285 - 391272 - 378
2424chain 'D' and (resid 392 through 449 )DG392 - 449379 - 436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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